$stepwise.lda
$stepwise.lda$max.p
[1] 15

$stepwise.lda$errors
 [1] 0.06730769 0.05769231 0.03846154 0.03846154 0.03846154 0.02884615
 [7] 0.02884615 0.02884615 0.02884615 0.02884615 0.04807692 0.04807692
[13] 0.05769231 0.06730769 0.07692308

$stepwise.lda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET MET.CTL
1     1 0.0673076923076923        10        Met4p.1      86       2       5
2     2 0.0576923076923077        13       Met31p.1      86       2       4
3     3 0.0384615384615384        15       Met31p.3      87       1       3
4     4 0.0384615384615384         3        Pho4p.3      87       1       3
5     5 0.0384615384615384         1        Pho4p.1      87       1       3
6     6 0.0288461538461539        14       Met31p.2      88       0       3
7     7 0.0288461538461539         2        Pho4p.2      88       0       3
8     8 0.0288461538461539         8      Pho4p.t.2      88       0       3
9     9 0.0288461538461539         4      Pho4p.g.1      88       0       3
10   10 0.0288461538461539         7      Pho4p.t.1      88       0       3
11   11 0.0480769230769231         6      Pho4p.g.3      87       1       4
12   12 0.0480769230769231        12        Met4p.3      87       1       4
13   13 0.0576923076923077         9      Pho4p.t.3      86       2       4
14   14 0.0673076923076923         5      Pho4p.g.2      86       2       5
15   15 0.0769230769230769        11        Met4p.2      86       2       6
   MET.MET
1       11
2       12
3       13
4       13
5       13
6       13
7       13
8       13
9       13
10      13
11      12
12      12
13      12
14      11
15      10

$stepwise.lda$best.pda
$stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$stepwise.lda$best.pda$posterior
                 CTL          MET
YAL038W 9.998441e-01 1.559445e-04
YAR071W 9.944603e-01 5.539666e-03
YBL005W 9.999845e-01 1.549470e-05
YBL030C 9.999816e-01 1.839188e-05
YBR006W 8.007493e-01 1.992507e-01
YBR018C 9.997546e-01 2.453806e-04
YBR020W 9.997878e-01 2.122091e-04
YBR093C 9.999052e-01 9.478761e-05
YBR115C 9.975078e-01 2.492237e-03
YBR184W 8.941150e-01 1.058850e-01
YBR213W 3.942353e-01 6.057647e-01
YBR296C 9.996461e-01 3.539168e-04
YCL018W 9.997786e-01 2.214325e-04
YDL131W 9.996998e-01 3.002195e-04
YDL182W 9.999807e-01 1.932325e-05
YDL205C 9.999984e-01 1.605257e-06
YDL210W 9.752387e-01 2.476126e-02
YDR011W 9.929356e-01 7.064368e-03
YDR044W 9.999817e-01 1.830839e-05
YDR234W 9.998135e-01 1.865130e-04
YDR285W 9.836691e-01 1.633089e-02
YDR406W 9.999964e-01 3.577037e-06
YDR481C 8.994232e-01 1.005768e-01
YDR502C 3.740198e-04 9.996260e-01
YEL021W 9.997637e-01 2.362789e-04
YEL039C 9.999927e-01 7.332375e-06
YER026C 9.995364e-01 4.636047e-04
YER086W 9.999226e-01 7.741304e-05
YER091C 2.516648e-01 7.483352e-01
YER179W 9.993915e-01 6.084800e-04
YFR030W 4.176241e-02 9.582376e-01
YGL009C 9.998077e-01 1.922671e-04
YGL073W 9.999860e-01 1.395852e-05
YGL213C 9.999999e-01 1.246041e-07
YGR019W 6.503831e-01 3.496169e-01
YGR044C 9.999560e-01 4.400284e-05
YGR088W 9.999932e-01 6.809431e-06
YGR121C 9.999997e-01 3.203614e-07
YGR157W 5.199444e-01 4.800556e-01
YGR233C 9.612763e-01 3.872375e-02
YGR281W 5.060143e-01 4.939857e-01
YHL022C 9.994690e-01 5.309933e-04
YHL036W 8.901186e-03 9.910988e-01
YHR007C 9.975435e-01 2.456511e-03
YHR008C 9.998460e-01 1.540400e-04
YHR014W 9.965702e-01 3.429762e-03
YHR037W 9.999305e-01 6.950261e-05
YHR136C 6.957849e-01 3.042151e-01
YHR153C 9.972171e-01 2.782934e-03
YIL015W 9.853507e-01 1.464928e-02
YIL046W 1.497088e-01 8.502912e-01
YIL072W 9.762086e-01 2.379142e-02
YIR017C 4.274250e-03 9.957257e-01
YIR034C 9.997345e-01 2.655312e-04
YJL106W 9.997735e-01 2.265221e-04
YJL117W 5.907102e-01 4.092898e-01
YJL153C 9.905087e-01 9.491301e-03
YJL219W 9.999389e-01 6.105668e-05
YJR010W 2.770959e-05 9.999723e-01
YJR048W 9.982313e-01 1.768686e-03
YJR073C 9.993986e-01 6.014232e-04
YJR094C 9.999956e-01 4.431541e-06
YJR137C 9.247854e-01 7.521456e-02
YJR152W 9.965560e-01 3.444003e-03
YKL001C 3.409493e-05 9.999659e-01
YKL182W 9.983394e-01 1.660613e-03
YKL216W 9.999746e-01 2.537753e-05
YKR039W 9.999996e-01 3.551050e-07
YKR069W 1.774628e-01 8.225372e-01
YLR081W 6.914409e-01 3.085591e-01
YLR142W 9.816201e-01 1.837985e-02
YLR180W 9.644708e-01 3.552917e-02
YLR263W 9.987588e-01 1.241205e-03
YLR303W 1.663793e-04 9.998336e-01
YLR329W 9.998253e-01 1.747104e-04
YLR420W 9.999935e-01 6.467035e-06
YLR438W 9.999232e-01 7.680542e-05
YML051W 9.999639e-01 3.609612e-05
YML054C 9.982225e-01 1.777451e-03
YML075C 9.998993e-01 1.007467e-04
YML123C 9.999817e-01 1.826131e-05
YMR108W 9.998134e-01 1.866048e-04
YMR133W 9.965078e-01 3.492186e-03
YNL052W 9.970184e-01 2.981647e-03
YNL104C 9.896589e-01 1.034109e-02
YNL142W 9.999974e-01 2.583246e-06
YNL210W 9.994815e-01 5.184689e-04
YNL241C 9.998769e-01 1.231280e-04
YNL277W 1.597830e-05 9.999840e-01
YNR001C 9.999874e-01 1.262737e-05
YNR050C 9.997677e-01 2.322953e-04
YOL006C 9.999818e-01 1.823411e-05
YOR065W 9.983009e-01 1.699120e-03
YOR120W 9.164428e-01 8.355718e-02
YOR153W 9.999435e-01 5.654219e-05
YOR328W 9.999542e-01 4.582466e-05
YOR351C 9.982969e-01 1.703072e-03
YOR375C 9.996983e-01 3.017027e-04
YPL111W 9.999590e-01 4.103924e-05
YPL231W 9.849565e-01 1.504347e-02
YPR065W 7.360097e-01 2.639903e-01
YPR138C 9.999984e-01 1.641831e-06
YPR145W 9.989286e-01 1.071421e-03
YPR167C 1.420426e-01 8.579574e-01

$stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$stepwise.lda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  88   3
   MET   0  13
attr(,"error")
[1] 0.02884615


$stepwise.lda$best.p
[1] 10

$stepwise.lda$best.vars
 [1] 10 13 15  3  1 14  2  8  4  7

$stepwise.lda$best.var.names
 [1] "Met4p.1"   "Met31p.1"  "Met31p.3"  "Pho4p.3"   "Pho4p.1"   "Met31p.2" 
 [7] "Pho4p.2"   "Pho4p.t.2" "Pho4p.g.1" "Pho4p.t.1"

$stepwise.lda$best.error
[1] 0.02884615

$stepwise.lda$pc.transform
[1] FALSE

$stepwise.lda$var.order
 [1] 10 13 15  3  1 14  2  8  4  7  6 12  9  5 11


$pc.stepwise.lda
$pc.stepwise.lda$max.p
[1] 15

$pc.stepwise.lda$errors
 [1] 0.08653846 0.06730769 0.06730769 0.05769231 0.04807692 0.04807692
 [7] 0.04807692 0.03846154 0.02884615 0.02884615 0.03846154 0.03846154
[13] 0.04807692 0.06730769 0.07692308

$pc.stepwise.lda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET MET.CTL
1     1 0.0865384615384616         2         Comp.2      86       2       7
2     2 0.0673076923076923         1         Comp.1      85       3       4
3     3 0.0673076923076923         7         Comp.7      85       3       4
4     4 0.0576923076923077         9         Comp.9      84       4       2
5     5 0.0480769230769231         4         Comp.4      86       2       3
6     6 0.0480769230769231        10        Comp.10      86       2       3
7     7 0.0480769230769231         5         Comp.5      85       3       2
8     8 0.0384615384615384        11        Comp.11      87       1       3
9     9 0.0288461538461539        12        Comp.12      88       0       3
10   10 0.0288461538461539         6         Comp.6      88       0       3
11   11 0.0384615384615384         3         Comp.3      88       0       4
12   12 0.0384615384615384         8         Comp.8      88       0       4
13   13 0.0480769230769231        15        Comp.15      87       1       4
14   14 0.0673076923076923        13        Comp.13      86       2       5
15   15 0.0769230769230769        14        Comp.14      86       2       6
   MET.MET
1        9
2       12
3       12
4       14
5       13
6       13
7       14
8       13
9       13
10      13
11      12
12      12
13      12
14      11
15      10

$pc.stepwise.lda$best.pda
$pc.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$pc.stepwise.lda$best.pda$posterior
                 CTL          MET
YAL038W 9.998339e-01 1.661033e-04
YAR071W 9.932318e-01 6.768232e-03
YBL005W 9.999866e-01 1.336535e-05
YBL030C 9.999876e-01 1.241236e-05
YBR006W 7.688289e-01 2.311711e-01
YBR018C 9.996220e-01 3.779561e-04
YBR020W 9.998926e-01 1.074219e-04
YBR093C 9.999321e-01 6.791595e-05
YBR115C 9.978638e-01 2.136188e-03
YBR184W 8.327391e-01 1.672609e-01
YBR213W 6.834260e-01 3.165740e-01
YBR296C 9.998740e-01 1.260282e-04
YCL018W 9.998309e-01 1.690648e-04
YDL131W 9.998272e-01 1.728173e-04
YDL182W 9.999783e-01 2.169898e-05
YDL205C 9.999975e-01 2.527143e-06
YDL210W 9.782134e-01 2.178660e-02
YDR011W 9.935090e-01 6.491035e-03
YDR044W 9.999923e-01 7.667775e-06
YDR234W 9.999192e-01 8.077635e-05
YDR285W 9.786952e-01 2.130484e-02
YDR406W 9.999913e-01 8.701190e-06
YDR481C 9.418073e-01 5.819265e-02
YDR502C 4.491034e-04 9.995509e-01
YEL021W 9.996263e-01 3.736582e-04
YEL039C 9.999930e-01 6.993776e-06
YER026C 9.997451e-01 2.548612e-04
YER086W 9.999497e-01 5.027220e-05
YER091C 2.114011e-01 7.885989e-01
YER179W 9.996568e-01 3.431571e-04
YFR030W 3.153889e-02 9.684611e-01
YGL009C 9.998217e-01 1.782960e-04
YGL073W 9.999909e-01 9.076405e-06
YGL213C 9.999998e-01 1.801403e-07
YGR019W 7.161813e-01 2.838187e-01
YGR044C 9.999790e-01 2.097096e-05
YGR088W 9.999886e-01 1.142250e-05
YGR121C 9.999998e-01 2.453505e-07
YGR157W 8.339003e-01 1.660997e-01
YGR233C 9.656538e-01 3.434616e-02
YGR281W 5.139125e-01 4.860875e-01
YHL022C 9.994380e-01 5.620168e-04
YHL036W 2.212770e-02 9.778723e-01
YHR007C 9.975319e-01 2.468141e-03
YHR008C 9.999128e-01 8.723157e-05
YHR014W 9.985686e-01 1.431359e-03
YHR037W 9.999435e-01 5.645161e-05
YHR136C 8.146242e-01 1.853758e-01
YHR153C 9.978328e-01 2.167218e-03
YIL015W 9.862375e-01 1.376246e-02
YIL046W 1.271941e-01 8.728059e-01
YIL072W 9.907504e-01 9.249594e-03
YIR017C 9.370859e-03 9.906291e-01
YIR034C 9.997274e-01 2.726484e-04
YJL106W 9.994613e-01 5.387070e-04
YJL117W 6.106474e-01 3.893526e-01
YJL153C 9.943490e-01 5.650961e-03
YJL219W 9.999721e-01 2.790802e-05
YJR010W 1.469336e-04 9.998531e-01
YJR048W 9.992768e-01 7.231621e-04
YJR073C 9.996230e-01 3.769948e-04
YJR094C 9.999947e-01 5.337172e-06
YJR137C 4.744319e-01 5.255681e-01
YJR152W 9.969399e-01 3.060139e-03
YKL001C 1.932690e-05 9.999807e-01
YKL182W 9.987995e-01 1.200507e-03
YKL216W 9.999821e-01 1.794694e-05
YKR039W 9.999996e-01 4.121252e-07
YKR069W 2.500828e-01 7.499172e-01
YLR081W 6.377138e-01 3.622862e-01
YLR142W 9.828035e-01 1.719650e-02
YLR180W 9.336156e-01 6.638441e-02
YLR263W 9.993611e-01 6.389164e-04
YLR303W 1.944610e-05 9.999806e-01
YLR329W 9.999033e-01 9.674210e-05
YLR420W 9.999943e-01 5.715973e-06
YLR438W 9.999426e-01 5.736950e-05
YML051W 9.999580e-01 4.196801e-05
YML054C 9.991562e-01 8.438017e-04
YML075C 9.999220e-01 7.802938e-05
YML123C 9.999964e-01 3.603932e-06
YMR108W 9.998919e-01 1.081278e-04
YMR133W 9.954967e-01 4.503282e-03
YNL052W 9.943357e-01 5.664273e-03
YNL104C 9.809374e-01 1.906263e-02
YNL142W 9.999958e-01 4.181083e-06
YNL210W 9.991600e-01 8.400012e-04
YNL241C 9.999073e-01 9.274220e-05
YNL277W 9.716395e-06 9.999903e-01
YNR001C 9.999887e-01 1.131364e-05
YNR050C 9.997727e-01 2.272964e-04
YOL006C 9.999761e-01 2.394846e-05
YOR065W 9.975511e-01 2.448931e-03
YOR120W 9.187560e-01 8.124395e-02
YOR153W 9.999641e-01 3.587730e-05
YOR328W 9.999617e-01 3.832941e-05
YOR351C 9.980430e-01 1.957012e-03
YOR375C 9.997175e-01 2.825430e-04
YPL111W 9.999534e-01 4.664394e-05
YPL231W 9.718355e-01 2.816449e-02
YPR065W 7.430381e-01 2.569619e-01
YPR138C 9.999988e-01 1.213698e-06
YPR145W 9.980182e-01 1.981831e-03
YPR167C 1.997709e-01 8.002291e-01

$pc.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$pc.stepwise.lda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$pc.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$pc.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$pc.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$pc.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$pc.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  88   3
   MET   0  13
attr(,"error")
[1] 0.02884615


$pc.stepwise.lda$best.p
[1] 10

$pc.stepwise.lda$best.vars
 [1]  2  1  7  9  4 10  5 11 12  6

$pc.stepwise.lda$best.var.names
 [1] "Comp.2"  "Comp.1"  "Comp.7"  "Comp.9"  "Comp.4"  "Comp.10" "Comp.5" 
 [8] "Comp.11" "Comp.12" "Comp.6" 

$pc.stepwise.lda$best.error
[1] 0.02884615

$pc.stepwise.lda$pc.transform
[1] TRUE

$pc.stepwise.lda$var.order
 [1]  2  1  7  9  4 10  5 11 12  6  3  8 15 13 14


$permut.stepwise.lda
$permut.stepwise.lda$confusion.table
        error CTL.CTL CTL.MET MET.CTL MET.MET
1   0.1538462      88       0      16       0
2   0.1538462      88       0      16       0
3   0.1538462      88       0      16       0
4   0.1538462      88       0      16       0
5   0.1538462      88       0      16       0
6   0.1538462      88       0      16       0
7   0.1538462      88       0      16       0
8   0.1538462      88       0      16       0
9   0.1442308      87       1      14       2
10  0.1538462      87       1      15       1
11  0.1538462      88       0      16       0
12  0.1538462      87       1      15       1
13  0.1538462      88       0      16       0
14  0.1538462      88       0      16       0
15  0.1346154      88       0      14       2
16  0.1442308      87       1      14       2
17  0.1538462      88       0      16       0
18  0.1538462      88       0      16       0
19  0.1538462      88       0      16       0
20  0.1538462      86       2      14       2
21  0.1538462      86       2      14       2
22  0.1538462      88       0      16       0
23  0.1538462      88       0      16       0
24  0.1538462      88       0      16       0
25  0.1538462      88       0      16       0
26  0.1538462      88       0      16       0
27  0.1538462      87       1      15       1
28  0.1538462      88       0      16       0
29  0.1538462      88       0      16       0
30  0.1538462      88       0      16       0
31  0.1250000      86       2      11       5
32  0.1442308      87       1      14       2
33  0.1442308      86       2      13       3
34  0.1538462      88       0      16       0
35  0.1346154      86       2      12       4
36  0.1538462      88       0      16       0
37  0.1538462      88       0      16       0
38  0.1346154      88       0      14       2
39  0.1538462      88       0      16       0
40  0.1538462      88       0      16       0
41  0.1538462      88       0      16       0
42  0.1538462      87       1      15       1
43  0.1538462      88       0      16       0
44  0.1538462      88       0      16       0
45  0.1538462      88       0      16       0
46  0.1538462      88       0      16       0
47  0.1538462      88       0      16       0
48  0.1538462      86       2      14       2
49  0.1538462      88       0      16       0
50  0.1442308      85       3      12       4
51  0.1442308      88       0      15       1
52  0.1442308      88       0      15       1
53  0.1538462      86       2      14       2
54  0.1538462      88       0      16       0
55  0.1538462      88       0      16       0
56  0.1538462      88       0      16       0
57  0.1538462      88       0      16       0
58  0.1538462      88       0      16       0
59  0.1250000      85       3      10       6
60  0.1538462      88       0      16       0
61  0.1538462      88       0      16       0
62  0.1538462      88       0      16       0
63  0.1538462      87       1      15       1
64  0.1538462      88       0      16       0
65  0.1538462      88       0      16       0
66  0.1538462      88       0      16       0
67  0.1538462      88       0      16       0
68  0.1538462      88       0      16       0
69  0.1538462      88       0      16       0
70  0.1538462      87       1      15       1
71  0.1538462      88       0      16       0
72  0.1250000      88       0      13       3
73  0.1346154      87       1      13       3
74  0.1538462      86       2      14       2
75  0.1346154      88       0      14       2
76  0.1538462      88       0      16       0
77  0.1442308      87       1      14       2
78  0.1538462      88       0      16       0
79  0.1538462      87       1      15       1
80  0.1346154      87       1      13       3
81  0.1538462      88       0      16       0
82  0.1538462      86       2      14       2
83  0.1538462      87       1      15       1
84  0.1538462      88       0      16       0
85  0.1538462      88       0      16       0
86  0.1538462      88       0      16       0
87  0.1538462      88       0      16       0
88  0.1538462      88       0      16       0
89  0.1538462      88       0      16       0
90  0.1538462      88       0      16       0
91  0.1346154      88       0      14       2
92  0.1538462      86       2      14       2
93  0.1538462      87       1      15       1
94  0.1442308      87       1      14       2
95  0.1538462      88       0      16       0
96  0.1153846      87       1      11       5
97  0.1250000      87       1      12       4
98  0.1538462      88       0      16       0
99  0.1538462      88       0      16       0
100 0.1538462      88       0      16       0

$permut.stepwise.lda$errors
    permut.1  permut.2  permut.3  permut.4  permut.5  permut.6  permut.7
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
11 0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
12 0.1730769 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1634615
13 0.1923077 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1923077
14 0.2019231 0.2115385 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1923077
15 0.2019231 0.2307692 0.2019231 0.1923077 0.1923077 0.2115385 0.2115385
    permut.8  permut.9 permut.10 permut.11 permut.12 permut.13 permut.14
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
11 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615
12 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1730769
13 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1826923
14 0.1826923 0.1634615 0.1538462 0.1923077 0.1634615 0.1634615 0.1826923
15 0.2019231 0.1826923 0.1634615 0.2019231 0.1730769 0.2115385 0.2019231
   permut.15 permut.16 permut.17 permut.18 permut.19 permut.20 permut.21
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1442308 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1346154 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1346154 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1346154 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1442308 0.1442308 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1538462
11 0.1538462 0.1442308 0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1634615 0.1538462
12 0.1634615 0.1442308 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.1826923 0.1538462
13 0.1826923 0.1538462 0.1730769 0.1826923 0.1730769 0.1923077 0.1538462
14 0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1923077 0.2019231 0.1538462
15 0.1730769 0.1634615 0.1923077 0.1923077 0.2019231 0.2115385 0.1538462
   permut.22 permut.23 permut.24 permut.25 permut.26 permut.27 permut.28
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
10 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1538462
11 0.1826923 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462
12 0.2019231 0.1634615 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1634615
13 0.2019231 0.1538462 0.1826923 0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1634615
14 0.1826923 0.1538462 0.1923077 0.1923077 0.1730769 0.1730769 0.1730769
15 0.1923077 0.1634615 0.2019231 0.2019231 0.1923077 0.1730769 0.1826923
   permut.29 permut.30 permut.31 permut.32 permut.33 permut.34 permut.35
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
11 0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
12 0.1538462 0.1634615 0.1346154 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1730769
13 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1442308 0.1634615 0.1730769 0.1346154
14 0.1538462 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1442308 0.1826923 0.1442308
15 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1826923 0.1634615 0.1923077 0.1442308
   permut.36 permut.37 permut.38 permut.39 permut.40 permut.41 permut.42
1  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462
11 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1538462
12 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1634615 0.1538462
13 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.2019231 0.1730769 0.1538462
14 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.1634615
15 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.2115385 0.2019231 0.1923077 0.1730769
   permut.43 permut.44 permut.45 permut.46 permut.47 permut.48 permut.49
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
10 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1730769
11 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615
12 0.1923077 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1730769
13 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.1923077 0.1826923
14 0.2019231 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1923077 0.2019231 0.1923077
15 0.2307692 0.1634615 0.1634615 0.2019231 0.2211538 0.1923077 0.2019231
   permut.50 permut.51 permut.52 permut.53 permut.54 permut.55 permut.56
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
7  0.1538462 0.1442308 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
8  0.1538462 0.1442308 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
9  0.1634615 0.1442308 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
10 0.1634615 0.1538462 0.1442308 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615
11 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615
12 0.1442308 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1634615
13 0.1442308 0.1538462 0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1634615
14 0.1634615 0.1538462 0.1826923 0.1826923 0.1538462 0.1634615 0.1826923
15 0.1634615 0.1826923 0.1730769 0.2019231 0.1634615 0.1634615 0.2019231
   permut.57 permut.58 permut.59 permut.60 permut.61 permut.62 permut.63
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1634615 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1634615 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1730769 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
11 0.1634615 0.1634615 0.1346154 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462
12 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1634615
13 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.1730769 0.1538462 0.1730769
14 0.1826923 0.1730769 0.1730769 0.1826923 0.1923077 0.1634615 0.1826923
15 0.2019231 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.2019231 0.1730769 0.2115385
   permut.64 permut.65 permut.66 permut.67 permut.68 permut.69 permut.70
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.1538462 0.1538462
11 0.1538462 0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.1923077 0.1538462 0.1538462
12 0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1826923 0.1923077 0.1538462 0.1538462
13 0.1730769 0.1826923 0.1730769 0.1826923 0.2019231 0.1538462 0.1538462
14 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.1923077 0.2019231 0.1634615 0.1634615
15 0.1923077 0.1826923 0.1923077 0.2115385 0.2019231 0.1923077 0.2019231
   permut.71 permut.72 permut.73 permut.74 permut.75 permut.76 permut.77
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1442308 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1250000 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1250000 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1250000 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1250000 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1250000 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1346154 0.1346154 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1442308
9  0.1538462 0.1442308 0.1346154 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1634615
10 0.1538462 0.1442308 0.1346154 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1634615
11 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1634615 0.1730769
12 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1346154 0.1634615 0.1826923
13 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1346154 0.1634615 0.1826923
14 0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1442308 0.1730769 0.2019231
15 0.2019231 0.1730769 0.1730769 0.1826923 0.1634615 0.1826923 0.2211538
   permut.78 permut.79 permut.80 permut.81 permut.82 permut.83 permut.84
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
11 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462
12 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1634615
13 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1634615
14 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.1923077 0.1730769 0.1826923 0.1634615
15 0.1826923 0.2019231 0.2019231 0.1923077 0.1923077 0.1923077 0.1826923
   permut.85 permut.86 permut.87 permut.88 permut.89 permut.90 permut.91
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308
9  0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308
10 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308
11 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1346154
12 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1442308
13 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1538462 0.1442308
14 0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.1634615 0.1538462
15 0.2019231 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1923077 0.1538462 0.1730769
   permut.92 permut.93 permut.94 permut.95 permut.96 permut.97 permut.98
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1346154 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1346154 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1250000 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1250000 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1250000 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1250000 0.1538462
9  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1153846 0.1250000 0.1538462
10 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1250000 0.1250000 0.1538462
11 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1826923 0.1250000 0.1250000 0.1538462
12 0.1538462 0.1730769 0.1442308 0.1826923 0.1346154 0.1250000 0.1538462
13 0.1634615 0.1826923 0.1634615 0.1826923 0.1442308 0.1346154 0.1634615
14 0.1730769 0.1923077 0.1634615 0.1923077 0.1538462 0.1442308 0.1923077
15 0.1923077 0.2115385 0.1730769 0.2115385 0.1826923 0.1538462 0.2019231
   permut.99 permut.100  err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.1538462  0.1538462 0.1535577 0.002141361 0.0002141361
2  0.1538462  0.1538462 0.1530769 0.004466318 0.0004466318
3  0.1538462  0.1538462 0.1525962 0.005742459 0.0005742459
4  0.1538462  0.1538462 0.1519231 0.006410256 0.0006410256
5  0.1538462  0.1538462 0.1518269 0.006736317 0.0006736317
6  0.1538462  0.1538462 0.1516346 0.007212995 0.0007212995
7  0.1538462  0.1538462 0.1518269 0.007397088 0.0007397088
8  0.1538462  0.1538462 0.1522115 0.007616051 0.0007616051
9  0.1538462  0.1538462 0.1535577 0.008692609 0.0008692609
10 0.1634615  0.1538462 0.1553846 0.009341475 0.0009341475
11 0.1634615  0.1538462 0.1575962 0.010576923 0.0010576923
12 0.1826923  0.1538462 0.1627885 0.012394962 0.0012394962
13 0.1826923  0.1634615 0.1675962 0.013954443 0.0013954443
14 0.1826923  0.2019231 0.1753846 0.015225969 0.0015225969
15 0.2019231  0.2115385 0.1880769 0.018402928 0.0018402928

$permut.stepwise.lda$best.p
[1] 12

$permut.stepwise.lda$best.error
[1] 0.1538462

$permut.stepwise.lda$best.pda
$permut.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET

$permut.stepwise.lda$best.pda$posterior
              CTL         MET
YAL038W 0.7277268 0.272273154
YAR071W 0.8584581 0.141541936
YBL005W 0.6543701 0.345629850
YBL030C 0.8889459 0.111054137
YBR006W 0.6231592 0.376840779
YBR018C 0.8022322 0.197767775
YBR020W 0.6490144 0.350985569
YBR093C 0.7780013 0.221998707
YBR115C 0.8967611 0.103238896
YBR184W 0.9222277 0.077772269
YBR213W 0.9567957 0.043204322
YBR296C 0.9755342 0.024465792
YCL018W 0.8575748 0.142425202
YDL131W 0.7095802 0.290419821
YDL182W 0.8523463 0.147653671
YDL205C 0.7707719 0.229228075
YDL210W 0.8323905 0.167609478
YDR011W 0.8111425 0.188857544
YDR044W 0.7348811 0.265118918
YDR234W 0.9556979 0.044302096
YDR285W 0.9351805 0.064819455
YDR406W 0.6965224 0.303477583
YDR481C 0.8926092 0.107390837
YDR502C 0.9696505 0.030349458
YEL021W 0.8557430 0.144257033
YEL039C 0.7440316 0.255968351
YER026C 0.9357076 0.064292412
YER086W 0.8221094 0.177890649
YER091C 0.9972166 0.002783353
YER179W 0.9063584 0.093641572
YFR030W 0.9435196 0.056480394
YGL009C 0.9490820 0.050917994
YGL073W 0.6830405 0.316959492
YGL213C 0.8721704 0.127829585
YGR019W 0.7276155 0.272384507
YGR044C 0.9542005 0.045799493
YGR088W 0.6015302 0.398469779
YGR121C 0.6179470 0.382053042
YGR157W 0.9257862 0.074213786
YGR233C 0.8678833 0.132116749
YGR281W 0.9951714 0.004828644
YHL022C 0.8548895 0.145110532
YHL036W 0.9185104 0.081489565
YHR007C 0.8826242 0.117375837
YHR008C 0.7713446 0.228655412
YHR014W 0.8987603 0.101239711
YHR037W 0.8649623 0.135037652
YHR136C 0.9604235 0.039576464
YHR153C 0.9372757 0.062724283
YIL015W 0.8797609 0.120239137
YIL046W 0.9427294 0.057270607
YIL072W 0.8877886 0.112211399
YIR017C 0.9197362 0.080263797
YIR034C 0.8782710 0.121728992
YJL106W 0.8913870 0.108613046
YJL117W 0.8645630 0.135436978
YJL153C 0.9013295 0.098670451
YJL219W 0.7041121 0.295887905
YJR010W 0.7000717 0.299928287
YJR048W 0.8460785 0.153921457
YJR073C 0.9113192 0.088680844
YJR094C 0.8814065 0.118593477
YJR137C 0.9854365 0.014563536
YJR152W 0.9337886 0.066211443
YKL001C 0.8513886 0.148611445
YKL182W 0.7931300 0.206870018
YKL216W 0.5919690 0.408031016
YKR039W 0.6606693 0.339330650
YKR069W 0.8005150 0.199485048
YLR081W 0.8411219 0.158878096
YLR142W 0.9459503 0.054049699
YLR180W 0.7876111 0.212388894
YLR263W 0.9685252 0.031474836
YLR303W 0.9332938 0.066706234
YLR329W 0.7545566 0.245443408
YLR420W 0.7616123 0.238387708
YLR438W 0.7227450 0.277254955
YML051W 0.7924172 0.207582789
YML054C 0.8827057 0.117294264
YML075C 0.9714244 0.028575646
YML123C 0.7836984 0.216301608
YMR108W 0.9324399 0.067560119
YMR133W 0.8816149 0.118385118
YNL052W 0.8102061 0.189793872
YNL104C 0.6647334 0.335266603
YNL142W 0.5891984 0.410801596
YNL210W 0.9093264 0.090673610
YNL241C 0.7224534 0.277546631
YNL277W 0.9850341 0.014965918
YNR001C 0.9492762 0.050723767
YNR050C 0.8505101 0.149489886
YOL006C 0.7987391 0.201260945
YOR065W 0.9046290 0.095370953
YOR120W 0.8909515 0.109048485
YOR153W 0.9275040 0.072496043
YOR328W 0.7958919 0.204108065
YOR351C 0.7162446 0.283755383
YOR375C 0.9548116 0.045188414
YPL111W 0.8167803 0.183219650
YPL231W 0.8807855 0.119214503
YPR065W 0.8189615 0.181038474
YPR138C 0.7967404 0.203259578
YPR145W 0.9128466 0.087153395
YPR167C 0.7784521 0.221547931

$permut.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL MET MET MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL CTL MET
 [19] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
Levels: CTL MET

$permut.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$permut.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  88  16
   MET   0   0
attr(,"error")
[1] 0.1538462



$permut.pc.stepwise.lda
$permut.pc.stepwise.lda$confusion.table
        error CTL.CTL CTL.MET MET.CTL MET.MET
1   0.1538462      88       0      16       0
2   0.1538462      88       0      16       0
3   0.1538462      88       0      16       0
4   0.1538462      88       0      16       0
5   0.1538462      86       2      14       2
6   0.1538462      88       0      16       0
7   0.1538462      88       0      16       0
8   0.1442308      87       1      14       2
9   0.1538462      88       0      16       0
10  0.1153846      86       2      10       6
11  0.1538462      88       0      16       0
12  0.1538462      88       0      16       0
13  0.1538462      88       0      16       0
14  0.1538462      88       0      16       0
15  0.1442308      88       0      15       1
16  0.1538462      88       0      16       0
17  0.1538462      88       0      16       0
18  0.1538462      88       0      16       0
19  0.1538462      88       0      16       0
20  0.1538462      88       0      16       0
21  0.1538462      88       0      16       0
22  0.1538462      87       1      15       1
23  0.1538462      88       0      16       0
24  0.1442308      88       0      15       1
25  0.1538462      88       0      16       0
26  0.1538462      88       0      16       0
27  0.1538462      88       0      16       0
28  0.1538462      88       0      16       0
29  0.1538462      88       0      16       0
30  0.1538462      88       0      16       0
31  0.1538462      87       1      15       1
32  0.1538462      88       0      16       0
33  0.1538462      88       0      16       0
34  0.1538462      88       0      16       0
35  0.1538462      88       0      16       0
36  0.1538462      88       0      16       0
37  0.1538462      88       0      16       0
38  0.1153846      87       1      11       5
39  0.1538462      88       0      16       0
40  0.1538462      88       0      16       0
41  0.1538462      88       0      16       0
42  0.1538462      88       0      16       0
43  0.1538462      88       0      16       0
44  0.1538462      85       3      13       3
45  0.1538462      88       0      16       0
46  0.1538462      88       0      16       0
47  0.1442308      88       0      15       1
48  0.1538462      88       0      16       0
49  0.1538462      88       0      16       0
50  0.1538462      88       0      16       0
51  0.1538462      88       0      16       0
52  0.1346154      88       0      14       2
53  0.1442308      88       0      15       1
54  0.1538462      86       2      14       2
55  0.1346154      88       0      14       2
56  0.1442308      87       1      14       2
57  0.1538462      87       1      15       1
58  0.1442308      88       0      15       1
59  0.1538462      88       0      16       0
60  0.1538462      88       0      16       0
61  0.1442308      88       0      15       1
62  0.1442308      87       1      14       2
63  0.1538462      88       0      16       0
64  0.1538462      87       1      15       1
65  0.1346154      88       0      14       2
66  0.1538462      88       0      16       0
67  0.1442308      86       2      13       3
68  0.1346154      88       0      14       2
69  0.1538462      88       0      16       0
70  0.1442308      88       0      15       1
71  0.1538462      87       1      15       1
72  0.1250000      88       0      13       3
73  0.1538462      88       0      16       0
74  0.1538462      87       1      15       1
75  0.1442308      88       0      15       1
76  0.1538462      88       0      16       0
77  0.1442308      88       0      15       1
78  0.1538462      88       0      16       0
79  0.1538462      88       0      16       0
80  0.1057692      87       1      10       6
81  0.1538462      88       0      16       0
82  0.1538462      88       0      16       0
83  0.1538462      88       0      16       0
84  0.1538462      88       0      16       0
85  0.1538462      88       0      16       0
86  0.1442308      87       1      14       2
87  0.1538462      88       0      16       0
88  0.1442308      88       0      15       1
89  0.1538462      86       2      14       2
90  0.1538462      88       0      16       0
91  0.1538462      87       1      15       1
92  0.1538462      88       0      16       0
93  0.1153846      88       0      12       4
94  0.1442308      88       0      15       1
95  0.1538462      88       0      16       0
96  0.1538462      88       0      16       0
97  0.1538462      86       2      14       2
98  0.1538462      88       0      16       0
99  0.1538462      88       0      16       0
100 0.1538462      88       0      16       0

$permut.pc.stepwise.lda$errors
    permut.1  permut.2  permut.3  permut.4  permut.5  permut.6  permut.7
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
11 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1538462
12 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1634615 0.1826923 0.1730769
13 0.1826923 0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1730769
14 0.1730769 0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1923077 0.1730769 0.1826923
15 0.2019231 0.2019231 0.1826923 0.1826923 0.2115385 0.2019231 0.2019231
    permut.8  permut.9 permut.10 permut.11 permut.12 permut.13 permut.14
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
11 0.1442308 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
12 0.1442308 0.1634615 0.1346154 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1538462
13 0.1730769 0.1634615 0.1442308 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1730769
14 0.1923077 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.1826923
15 0.2211538 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.2211538 0.1634615 0.1826923
   permut.15 permut.16 permut.17 permut.18 permut.19 permut.20 permut.21
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
7  0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1538462
11 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1634615
12 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1634615 0.1634615
13 0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1730769 0.1826923 0.1730769
14 0.1730769 0.1923077 0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.1923077 0.1923077
15 0.1826923 0.1923077 0.2115385 0.2307692 0.2211538 0.1923077 0.1923077
   permut.22 permut.23 permut.24 permut.25 permut.26 permut.27 permut.28
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462
11 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462
12 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1634615
13 0.1538462 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.1730769
14 0.1730769 0.1923077 0.1826923 0.1826923 0.1923077 0.1634615 0.1826923
15 0.1923077 0.2019231 0.2019231 0.2019231 0.1923077 0.1923077 0.1923077
   permut.29 permut.30 permut.31 permut.32 permut.33 permut.34 permut.35
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
11 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.1826923
12 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1826923 0.1538462 0.1730769
13 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1826923
14 0.1730769 0.1730769 0.1826923 0.2019231 0.1634615 0.1730769 0.1730769
15 0.1730769 0.1826923 0.2115385 0.1826923 0.1826923 0.1923077 0.1923077
   permut.36 permut.37 permut.38 permut.39 permut.40 permut.41 permut.42
1  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615
11 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1730769
12 0.1634615 0.1634615 0.1923077 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1826923
13 0.1826923 0.1634615 0.1826923 0.1826923 0.1730769 0.1538462 0.1730769
14 0.1826923 0.1826923 0.1730769 0.1923077 0.1826923 0.1538462 0.1923077
15 0.1826923 0.1634615 0.2019231 0.1923077 0.1826923 0.1923077 0.2019231
   permut.43 permut.44 permut.45 permut.46 permut.47 permut.48 permut.49
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1634615 0.1538462
9  0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1730769 0.1538462
10 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1826923 0.1538462
11 0.1826923 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1923077 0.1538462
12 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1826923 0.1634615
13 0.1923077 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1730769 0.1634615
14 0.2115385 0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1923077 0.1730769 0.1730769
15 0.2115385 0.1730769 0.1730769 0.2019231 0.1923077 0.1730769 0.1634615
   permut.50 permut.51 permut.52 permut.53 permut.54 permut.55 permut.56
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1442308
7  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1442308
8  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308
9  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1634615 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
11 0.1634615 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1634615
12 0.1826923 0.1538462 0.1346154 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615
13 0.1730769 0.1634615 0.1442308 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1634615
14 0.1826923 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1538462 0.1346154 0.1730769
15 0.1923077 0.1730769 0.2019231 0.1923077 0.1730769 0.1538462 0.1826923
   permut.57 permut.58 permut.59 permut.60 permut.61 permut.62 permut.63
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1442308 0.1538462
8  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
9  0.1634615 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
10 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
11 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
12 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
13 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462
14 0.1826923 0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1730769
15 0.2019231 0.1923077 0.1826923 0.1730769 0.2115385 0.1923077 0.2019231
   permut.64 permut.65 permut.66 permut.67 permut.68 permut.69 permut.70
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1442308 0.1346154 0.1538462 0.1442308
8  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1442308 0.1346154 0.1538462 0.1442308
9  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1442308 0.1346154 0.1538462 0.1442308
10 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1442308 0.1346154 0.1634615 0.1538462
11 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1442308 0.1346154 0.1730769 0.1634615
12 0.1634615 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1826923 0.1826923
13 0.1634615 0.1442308 0.1538462 0.1634615 0.1442308 0.1826923 0.1826923
14 0.1730769 0.1538462 0.1826923 0.1923077 0.1538462 0.1923077 0.1923077
15 0.1923077 0.1826923 0.2211538 0.1923077 0.1730769 0.2115385 0.2115385
   permut.71 permut.72 permut.73 permut.74 permut.75 permut.76 permut.77
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1634615 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1634615 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
7  0.1634615 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
9  0.1634615 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308
10 0.1730769 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1442308
11 0.1730769 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1442308
12 0.1730769 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1442308
13 0.1826923 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1730769 0.1442308
14 0.2211538 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.2019231 0.1730769 0.1634615
15 0.2307692 0.1730769 0.2115385 0.1730769 0.2211538 0.2115385 0.1730769
   permut.78 permut.79 permut.80 permut.81 permut.82 permut.83 permut.84
1  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1250000 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1057692 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1538462 0.1153846 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462
11 0.1730769 0.1634615 0.1153846 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462
12 0.1730769 0.1730769 0.1153846 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462
13 0.1730769 0.1826923 0.1250000 0.1634615 0.1826923 0.1538462 0.1538462
14 0.1634615 0.1826923 0.1250000 0.1730769 0.1923077 0.1730769 0.1634615
15 0.1634615 0.2019231 0.1346154 0.1634615 0.2115385 0.1923077 0.1730769
   permut.85 permut.86 permut.87 permut.88 permut.89 permut.90 permut.91
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462
10 0.1634615 0.1442308 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
11 0.1634615 0.1442308 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
12 0.1634615 0.1538462 0.1923077 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462
13 0.1730769 0.1634615 0.2019231 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1634615
14 0.1826923 0.1730769 0.2115385 0.1923077 0.1826923 0.1730769 0.1634615
15 0.1923077 0.1538462 0.2307692 0.2019231 0.2019231 0.1923077 0.1730769
   permut.92 permut.93 permut.94 permut.95 permut.96 permut.97 permut.98
1  0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.1538462 0.1250000 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
5  0.1538462 0.1153846 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
6  0.1538462 0.1153846 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
7  0.1538462 0.1153846 0.1442308 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
8  0.1538462 0.1153846 0.1442308 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462
9  0.1538462 0.1153846 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462
10 0.1538462 0.1250000 0.1634615 0.1538462 0.1826923 0.1538462 0.1538462
11 0.1538462 0.1250000 0.1634615 0.1538462 0.2019231 0.1634615 0.1538462
12 0.1634615 0.1442308 0.1634615 0.1634615 0.2019231 0.1538462 0.1538462
13 0.1634615 0.1442308 0.1634615 0.1634615 0.2307692 0.1538462 0.1730769
14 0.1730769 0.1538462 0.1826923 0.1634615 0.2307692 0.1730769 0.1826923
15 0.1826923 0.1634615 0.1923077 0.1923077 0.2403846 0.1923077 0.1826923
   permut.99 permut.100  err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.1538462  0.1538462 0.1533654 0.002858598 0.0002858598
2  0.1538462  0.1538462 0.1528846 0.003984497 0.0003984497
3  0.1538462  0.1538462 0.1525000 0.005296623 0.0005296623
4  0.1538462  0.1538462 0.1516346 0.007341328 0.0007341328
5  0.1538462  0.1538462 0.1518269 0.006873555 0.0006873555
6  0.1538462  0.1538462 0.1513462 0.007438007 0.0007438007
7  0.1538462  0.1538462 0.1509615 0.008142884 0.0008142884
8  0.1538462  0.1538462 0.1510577 0.008675403 0.0008675403
9  0.1538462  0.1538462 0.1522115 0.008319313 0.0008319313
10 0.1538462  0.1634615 0.1547115 0.009378890 0.0009378890
11 0.1634615  0.1634615 0.1578846 0.012464461 0.0012464461
12 0.1634615  0.1730769 0.1625000 0.012784039 0.0012784039
13 0.1826923  0.1826923 0.1679808 0.013765779 0.0013765779
14 0.1826923  0.1923077 0.1782692 0.015487467 0.0015487467
15 0.1826923  0.2019231 0.1912500 0.018882580 0.0018882580

$permut.pc.stepwise.lda$best.p
[1] 9

$permut.pc.stepwise.lda$best.error
[1] 0.1538462

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda
$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$posterior
              CTL        MET
YAL038W 0.8963352 0.10366485
YAR071W 0.7433766 0.25662342
YBL005W 0.9331080 0.06689198
YBL030C 0.8639804 0.13601958
YBR006W 0.9280544 0.07194561
YBR018C 0.8723108 0.12768925
YBR020W 0.9177039 0.08229606
YBR093C 0.6161908 0.38380918
YBR115C 0.8050897 0.19491025
YBR184W 0.8507718 0.14922824
YBR213W 0.7843384 0.21566156
YBR296C 0.5792417 0.42075830
YCL018W 0.8613622 0.13863775
YDL131W 0.8806732 0.11932681
YDL182W 0.8550422 0.14495778
YDL205C 0.8775365 0.12246347
YDL210W 0.8317155 0.16828455
YDR011W 0.8629023 0.13709770
YDR044W 0.8501314 0.14986863
YDR234W 0.8953532 0.10464681
YDR285W 0.8609838 0.13901623
YDR406W 0.8703364 0.12966363
YDR481C 0.8545793 0.14542074
YDR502C 0.8227586 0.17724144
YEL021W 0.8661159 0.13388409
YEL039C 0.8986665 0.10133347
YER026C 0.8622942 0.13770584
YER086W 0.9135860 0.08641402
YER091C 0.8460557 0.15394431
YER179W 0.8793168 0.12068318
YFR030W 0.8382610 0.16173904
YGL009C 0.8215568 0.17844324
YGL073W 0.8947919 0.10520806
YGL213C 0.9310937 0.06890629
YGR019W 0.9438341 0.05616587
YGR044C 0.8461143 0.15388567
YGR088W 0.9232044 0.07679565
YGR121C 0.9135580 0.08644200
YGR157W 0.7533423 0.24665769
YGR233C 0.9292218 0.07077821
YGR281W 0.8955324 0.10446762
YHL022C 0.8722949 0.12770508
YHL036W 0.8236636 0.17633635
YHR007C 0.8302519 0.16974810
YHR008C 0.9088711 0.09112886
YHR014W 0.8945474 0.10545259
YHR037W 0.8752329 0.12476712
YHR136C 0.9800230 0.01997699
YHR153C 0.8324168 0.16758318
YIL015W 0.8569256 0.14307442
YIL046W 0.7861068 0.21389325
YIL072W 0.8948088 0.10519117
YIR017C 0.8367975 0.16320251
YIR034C 0.8134473 0.18655275
YJL106W 0.8567047 0.14329530
YJL117W 0.8784985 0.12150153
YJL153C 0.7962664 0.20373363
YJL219W 0.8596448 0.14035515
YJR010W 0.9468235 0.05317648
YJR048W 0.9156290 0.08437097
YJR073C 0.8107917 0.18920828
YJR094C 0.8231361 0.17686385
YJR137C 0.6670917 0.33290831
YJR152W 0.8755497 0.12445035
YKL001C 0.7463877 0.25361228
YKL182W 0.9069373 0.09306271
YKL216W 0.9007396 0.09926035
YKR039W 0.8817156 0.11828441
YKR069W 0.7874739 0.21252611
YLR081W 0.8958099 0.10419007
YLR142W 0.8237869 0.17621306
YLR180W 0.9112946 0.08870539
YLR263W 0.9324801 0.06751992
YLR303W 0.8808093 0.11919073
YLR329W 0.8738594 0.12614057
YLR420W 0.8273013 0.17269867
YLR438W 0.8122673 0.18773269
YML051W 0.8909863 0.10901367
YML054C 0.7122846 0.28771544
YML075C 0.6248877 0.37511231
YML123C 0.5181606 0.48183943
YMR108W 0.6885968 0.31140323
YMR133W 0.8776534 0.12234659
YNL052W 0.8489423 0.15105768
YNL104C 0.9568758 0.04312416
YNL142W 0.8840222 0.11597783
YNL210W 0.8459727 0.15402729
YNL241C 0.9037878 0.09621216
YNL277W 0.8856612 0.11433878
YNR001C 0.7409148 0.25908524
YNR050C 0.6098006 0.39019945
YOL006C 0.7943432 0.20565680
YOR065W 0.9356489 0.06435108
YOR120W 0.8176510 0.18234899
YOR153W 0.8010024 0.19899762
YOR328W 0.9116245 0.08837549
YOR351C 0.9522562 0.04774376
YOR375C 0.6078812 0.39211884
YPL111W 0.8267554 0.17324465
YPL231W 0.8890512 0.11094878
YPR065W 0.7984440 0.20155601
YPR138C 0.8539565 0.14604347
YPR145W 0.7917976 0.20820242
YPR167C 0.5878837 0.41211631

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL MET MET
 [37] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
Levels: CTL MET

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  88  16
   MET   0   0
attr(,"error")
[1] 0.1538462



$stepwise.qda
$stepwise.qda$max.p
[1] 13

$stepwise.qda$errors
 [1] 0.07692308 0.03846154 0.05769231 0.06730769 0.04807692 0.04807692
 [7] 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.11538462 0.12500000
[13] 0.13461538

$stepwise.qda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET MET.CTL
1     1 0.0769230769230769        10        Met4p.1      85       3       5
2     2 0.0384615384615384        13       Met31p.1      86       2       2
3     3 0.0576923076923077        15       Met31p.3      84       4       2
4     4 0.0673076923076923         3        Pho4p.3      83       5       2
5     5 0.0480769230769231         1        Pho4p.1      84       4       1
6     6 0.0480769230769231        14       Met31p.2      86       2       3
7     7 0.0769230769230769         2        Pho4p.2      85       3       5
8     8 0.0769230769230769         8      Pho4p.t.2      85       3       5
9     9 0.0769230769230769         4      Pho4p.g.1      87       1       7
10   10 0.0961538461538461         7      Pho4p.t.1      87       1       9
11   11  0.115384615384615         6      Pho4p.g.3      88       0      12
12   12              0.125        12        Met4p.3      88       0      13
13   13  0.134615384615385         9      Pho4p.t.3      88       0      14
   MET.MET
1       11
2       14
3       14
4       14
5       15
6       13
7       11
8       11
9        9
10       7
11       4
12       3
13       2

$stepwise.qda$best.pda
$stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET MET CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$stepwise.qda$best.pda$posterior
                 CTL          MET
YAL038W 9.928381e-01 7.161891e-03
YAR071W 9.935493e-01 6.450690e-03
YBL005W 9.995839e-01 4.161365e-04
YBL030C 9.997110e-01 2.890479e-04
YBR006W 9.721234e-01 2.787659e-02
YBR018C 9.972196e-01 2.780356e-03
YBR020W 9.964832e-01 3.516751e-03
YBR093C 9.993269e-01 6.730773e-04
YBR115C 9.842704e-01 1.572959e-02
YBR184W 9.601605e-01 3.983953e-02
YBR213W 2.409097e-01 7.590903e-01
YBR296C 9.990403e-01 9.597317e-04
YCL018W 9.991092e-01 8.908115e-04
YDL131W 9.993620e-01 6.380052e-04
YDL182W 9.996829e-01 3.170970e-04
YDL205C 9.997864e-01 2.136322e-04
YDL210W 9.682121e-01 3.178785e-02
YDR011W 9.514471e-01 4.855287e-02
YDR044W 9.994469e-01 5.531444e-04
YDR234W 9.970084e-01 2.991606e-03
YDR285W 9.634698e-01 3.653021e-02
YDR406W 9.999551e-01 4.487500e-05
YDR481C 7.085935e-01 2.914065e-01
YDR502C 1.022213e-03 9.989778e-01
YEL021W 9.988828e-01 1.117223e-03
YEL039C 9.997756e-01 2.243699e-04
YER026C 9.987128e-01 1.287229e-03
YER086W 9.996808e-01 3.191797e-04
YER091C 2.057920e-04 9.997942e-01
YER179W 9.891887e-01 1.081135e-02
YFR030W 2.998723e-03 9.970013e-01
YGL009C 9.957966e-01 4.203449e-03
YGL073W 9.998341e-01 1.659339e-04
YGL213C 9.998792e-01 1.207995e-04
YGR019W 7.217272e-01 2.782728e-01
YGR044C 9.938602e-01 6.139828e-03
YGR088W 9.998812e-01 1.188415e-04
YGR121C 9.998756e-01 1.243634e-04
YGR157W 3.188065e-01 6.811935e-01
YGR233C 9.253326e-01 7.466737e-02
YGR281W 6.970284e-01 3.029716e-01
YHL022C 9.943682e-01 5.631844e-03
YHL036W 9.620420e-03 9.903796e-01
YHR007C 9.947626e-01 5.237412e-03
YHR008C 9.994561e-01 5.438616e-04
YHR014W 9.880222e-01 1.197779e-02
YHR037W 9.992020e-01 7.979871e-04
YHR136C 7.730829e-01 2.269171e-01
YHR153C 9.797241e-01 2.027592e-02
YIL015W 9.880669e-01 1.193305e-02
YIL046W 4.015369e-01 5.984631e-01
YIL072W 9.516680e-01 4.833200e-02
YIR017C 6.494721e-03 9.935053e-01
YIR034C 9.983284e-01 1.671592e-03
YJL106W 9.988084e-01 1.191569e-03
YJL117W 5.246598e-01 4.753402e-01
YJL153C 9.896447e-01 1.035528e-02
YJL219W 9.993382e-01 6.617711e-04
YJR010W 1.403185e-05 9.999860e-01
YJR048W 9.977944e-01 2.205571e-03
YJR073C 9.993446e-01 6.554480e-04
YJR094C 9.997856e-01 2.143532e-04
YJR137C 5.021076e-01 4.978924e-01
YJR152W 9.892167e-01 1.078334e-02
YKL001C 2.883824e-07 9.999997e-01
YKL182W 9.965785e-01 3.421487e-03
YKL216W 9.985139e-01 1.486083e-03
YKR039W 9.997829e-01 2.170555e-04
YKR069W 3.783225e-03 9.962168e-01
YLR081W 3.212073e-01 6.787927e-01
YLR142W 9.730294e-01 2.697063e-02
YLR180W 1.473086e-01 8.526914e-01
YLR263W 9.959022e-01 4.097789e-03
YLR303W 2.544710e-04 9.997455e-01
YLR329W 9.977009e-01 2.299119e-03
YLR420W 9.998460e-01 1.540425e-04
YLR438W 9.991812e-01 8.187553e-04
YML051W 9.998492e-01 1.508108e-04
YML054C 9.952225e-01 4.777514e-03
YML075C 9.912034e-01 8.796588e-03
YML123C 9.998134e-01 1.865586e-04
YMR108W 9.981819e-01 1.818052e-03
YMR133W 9.950521e-01 4.947857e-03
YNL052W 9.953607e-01 4.639347e-03
YNL104C 9.976452e-01 2.354795e-03
YNL142W 9.999520e-01 4.802599e-05
YNL210W 9.925666e-01 7.433416e-03
YNL241C 9.407453e-01 5.925468e-02
YNL277W 1.023560e-06 9.999990e-01
YNR001C 9.943974e-01 5.602550e-03
YNR050C 9.958542e-01 4.145800e-03
YOL006C 9.997932e-01 2.068244e-04
YOR065W 9.973206e-01 2.679387e-03
YOR120W 9.320929e-01 6.790707e-02
YOR153W 9.994310e-01 5.690436e-04
YOR328W 9.995618e-01 4.382156e-04
YOR351C 9.968306e-01 3.169446e-03
YOR375C 9.768942e-01 2.310581e-02
YPL111W 9.858734e-01 1.412656e-02
YPL231W 9.777139e-01 2.228606e-02
YPR065W 6.233900e-01 3.766100e-01
YPR138C 9.997919e-01 2.081473e-04
YPR145W 9.966241e-01 3.375879e-03
YPR167C 1.947896e-02 9.805210e-01

$stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$stepwise.qda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  86   2
   MET   2  14
attr(,"error")
[1] 0.03846154


$stepwise.qda$best.p
[1] 2

$stepwise.qda$best.vars
[1] 10 13

$stepwise.qda$best.var.names
[1] "Met4p.1"  "Met31p.1"

$stepwise.qda$best.error
[1] 0.03846154

$stepwise.qda$pc.transform
[1] FALSE

$stepwise.qda$var.order
 [1] 10 13 15  3  1 14  2  8  4  7  6 12  9  5 11


$pc.stepwise.qda
$pc.stepwise.qda$max.p
[1] 13

$pc.stepwise.qda$errors
 [1] 0.09615385 0.06730769 0.05769231 0.07692308 0.06730769 0.06730769
 [7] 0.09615385 0.05769231 0.05769231 0.09615385 0.12500000 0.12500000
[13] 0.14423077

$pc.stepwise.qda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET MET.CTL
1     1 0.0961538461538461         2         Comp.2      86       2       8
2     2 0.0673076923076923         1         Comp.1      86       2       5
3     3 0.0576923076923077         7         Comp.7      86       2       4
4     4 0.0769230769230769         9         Comp.9      84       4       4
5     5 0.0673076923076923         4         Comp.4      85       3       4
6     6 0.0673076923076923        10        Comp.10      85       3       4
7     7 0.0961538461538461         5         Comp.5      84       4       6
8     8 0.0576923076923077        11        Comp.11      88       0       6
9     9 0.0576923076923077        12        Comp.12      88       0       6
10   10 0.0961538461538461         6         Comp.6      88       0      10
11   11              0.125         3         Comp.3      87       1      12
12   12              0.125         8         Comp.8      88       0      13
13   13  0.144230769230769        15        Comp.15      87       1      14
   MET.MET
1        8
2       11
3       12
4       12
5       12
6       12
7       10
8       10
9       10
10       6
11       4
12       3
13       2

$pc.stepwise.qda$best.pda
$pc.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$pc.stepwise.qda$best.pda$posterior
                 CTL          MET
YAL038W 5.534612e-01 4.465388e-01
YAR071W 9.997032e-01 2.967762e-04
YBL005W 9.999960e-01 4.023199e-06
YBL030C 9.999465e-01 5.353721e-05
YBR006W 9.973929e-01 2.607135e-03
YBR018C 9.996446e-01 3.553672e-04
YBR020W 9.999977e-01 2.283322e-06
YBR093C 9.999050e-01 9.503017e-05
YBR115C 9.993875e-01 6.125248e-04
YBR184W 8.953040e-01 1.046960e-01
YBR213W 9.986506e-01 1.349381e-03
YBR296C 1.000000e+00 1.891022e-18
YCL018W 9.999207e-01 7.933093e-05
YDL131W 1.000000e+00 2.477120e-12
YDL182W 1.000000e+00 1.033597e-08
YDL205C 9.999929e-01 7.084228e-06
YDL210W 9.742784e-01 2.572155e-02
YDR011W 9.889009e-01 1.109913e-02
YDR044W 1.000000e+00 6.052210e-13
YDR234W 9.997517e-01 2.482842e-04
YDR285W 9.971848e-01 2.815233e-03
YDR406W 9.999997e-01 3.415132e-07
YDR481C 9.934083e-01 6.591683e-03
YDR502C 9.742025e-02 9.025798e-01
YEL021W 9.999987e-01 1.259438e-06
YEL039C 9.999981e-01 1.893284e-06
YER026C 9.997974e-01 2.025950e-04
YER086W 9.999966e-01 3.425360e-06
YER091C 9.999556e-01 4.436564e-05
YER179W 9.986019e-01 1.398066e-03
YFR030W 1.690933e-03 9.983091e-01
YGL009C 9.998266e-01 1.734095e-04
YGL073W 1.000000e+00 2.991405e-28
YGL213C 1.000000e+00 3.384779e-12
YGR019W 9.889521e-01 1.104794e-02
YGR044C 6.063911e-01 3.936089e-01
YGR088W 9.999998e-01 1.796412e-07
YGR121C 9.999999e-01 5.494302e-08
YGR157W 9.934419e-01 6.558114e-03
YGR233C 9.999872e-01 1.282436e-05
YGR281W 9.628625e-01 3.713748e-02
YHL022C 9.998668e-01 1.331956e-04
YHL036W 2.837964e-01 7.162036e-01
YHR007C 9.999806e-01 1.935109e-05
YHR008C 9.999915e-01 8.472617e-06
YHR014W 9.999996e-01 4.300834e-07
YHR037W 1.000000e+00 7.510671e-09
YHR136C 1.000000e+00 5.312542e-09
YHR153C 9.192893e-01 8.071067e-02
YIL015W 9.865935e-01 1.340652e-02
YIL046W 1.000000e+00 2.502060e-10
YIL072W 9.999969e-01 3.093833e-06
YIR017C 7.711062e-02 9.228894e-01
YIR034C 9.999998e-01 1.988046e-07
YJL106W 9.992418e-01 7.581522e-04
YJL117W 9.917640e-01 8.235969e-03
YJL153C 9.886765e-01 1.132350e-02
YJL219W 1.000000e+00 2.943020e-08
YJR010W 7.834313e-02 9.216569e-01
YJR048W 9.999581e-01 4.191380e-05
YJR073C 9.999838e-01 1.619216e-05
YJR094C 9.999820e-01 1.801349e-05
YJR137C 9.999855e-01 1.451096e-05
YJR152W 9.999999e-01 9.075959e-08
YKL001C 1.660775e-05 9.999834e-01
YKL182W 9.999732e-01 2.678852e-05
YKL216W 1.000000e+00 7.639425e-10
YKR039W 1.000000e+00 1.081593e-08
YKR069W 9.776088e-01 2.239123e-02
YLR081W 5.849482e-01 4.150518e-01
YLR142W 9.523736e-01 4.762640e-02
YLR180W 2.651285e-01 7.348715e-01
YLR263W 9.934030e-01 6.596969e-03
YLR303W 4.398623e-03 9.956014e-01
YLR329W 9.999998e-01 2.298787e-07
YLR420W 9.999881e-01 1.188745e-05
YLR438W 9.999671e-01 3.289507e-05
YML051W 9.999900e-01 9.996110e-06
YML054C 9.999996e-01 3.557423e-07
YML075C 9.999874e-01 1.257492e-05
YML123C 1.000000e+00 8.846915e-42
YMR108W 1.000000e+00 1.647396e-13
YMR133W 9.978271e-01 2.172885e-03
YNL052W 9.867209e-01 1.327908e-02
YNL104C 9.767573e-01 2.324271e-02
YNL142W 9.999999e-01 1.053406e-07
YNL210W 9.981861e-01 1.813853e-03
YNL241C 9.999378e-01 6.220737e-05
YNL277W 5.850996e-11 1.000000e+00
YNR001C 9.999934e-01 6.561626e-06
YNR050C 9.277979e-01 7.220210e-02
YOL006C 9.978684e-01 2.131629e-03
YOR065W 9.940164e-01 5.983577e-03
YOR120W 9.946821e-01 5.317891e-03
YOR153W 9.999768e-01 2.321386e-05
YOR328W 9.999974e-01 2.623707e-06
YOR351C 9.947245e-01 5.275515e-03
YOR375C 9.999429e-01 5.714267e-05
YPL111W 9.997394e-01 2.605655e-04
YPL231W 9.985277e-01 1.472315e-03
YPR065W 9.129433e-01 8.705668e-02
YPR138C 9.999996e-01 4.431626e-07
YPR145W 9.996095e-01 3.905362e-04
YPR167C 3.995530e-03 9.960045e-01

$pc.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$pc.stepwise.qda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$pc.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$pc.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$pc.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$pc.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$pc.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  88   6
   MET   0  10
attr(,"error")
[1] 0.05769231


$pc.stepwise.qda$best.p
[1] 9

$pc.stepwise.qda$best.vars
[1]  2  1  7  9  4 10  5 11 12

$pc.stepwise.qda$best.var.names
[1] "Comp.2"  "Comp.1"  "Comp.7"  "Comp.9"  "Comp.4"  "Comp.10" "Comp.5" 
[8] "Comp.11" "Comp.12"

$pc.stepwise.qda$best.error
[1] 0.05769231

$pc.stepwise.qda$pc.transform
[1] TRUE

$pc.stepwise.qda$var.order
 [1]  2  1  7  9  4 10  5 11 12  6  3  8 15 13 14


$permut.stepwise.qda
$permut.stepwise.qda$confusion.table
        error CTL.CTL CTL.MET MET.CTL MET.MET
1   0.1538462      87       1      15       1
2   0.1442308      86       2      13       3
3   0.1538462      86       2      14       2
4   0.1538462      88       0      16       0
5   0.1538462      87       1      15       1
6   0.1538462      88       0      16       0
7   0.1538462      87       1      15       1
8   0.1538462      88       0      16       0
9   0.1442308      88       0      15       1
10  0.1634615      87       1      16       0
11  0.1538462      88       0      16       0
12  0.1538462      88       0      16       0
13  0.1538462      88       0      16       0
14  0.1442308      86       2      13       3
15  0.1538462      88       0      16       0
16  0.1538462      86       2      14       2
17  0.1538462      88       0      16       0
18  0.1538462      88       0      16       0
19  0.1634615      87       1      16       0
20  0.1538462      88       0      16       0
21  0.1538462      86       2      14       2
22  0.1538462      84       4      12       4
23  0.1538462      88       0      16       0
24  0.1442308      87       1      14       2
25  0.1538462      88       0      16       0
26  0.1538462      88       0      16       0
27  0.1538462      88       0      16       0
28  0.1538462      88       0      16       0
29  0.1538462      88       0      16       0
30  0.1346154      85       3      11       5
31  0.1538462      88       0      16       0
32  0.1730769      86       2      16       0
33  0.1442308      86       2      13       3
34  0.1538462      88       0      16       0
35  0.1538462      87       1      15       1
36  0.1634615      85       3      14       2
37  0.1538462      88       0      16       0
38  0.1538462      88       0      16       0
39  0.1538462      87       1      15       1
40  0.1346154      87       1      13       3
41  0.1538462      88       0      16       0
42  0.1538462      86       2      14       2
43  0.1634615      87       1      16       0
44  0.1538462      88       0      16       0
45  0.1538462      88       0      16       0
46  0.1442308      87       1      14       2
47  0.1538462      88       0      16       0
48  0.1538462      88       0      16       0
49  0.1538462      88       0      16       0
50  0.1538462      88       0      16       0
51  0.1538462      88       0      16       0
52  0.1634615      86       2      15       1
53  0.1538462      88       0      16       0
54  0.1538462      88       0      16       0
55  0.1538462      88       0      16       0
56  0.1538462      88       0      16       0
57  0.1634615      87       1      16       0
58  0.1538462      86       2      14       2
59  0.1538462      87       1      15       1
60  0.1538462      85       3      13       3
61  0.1538462      88       0      16       0
62  0.1538462      88       0      16       0
63  0.1538462      88       0      16       0
64  0.1538462      88       0      16       0
65  0.1538462      87       1      15       1
66  0.1538462      86       2      14       2
67  0.1538462      85       3      13       3
68  0.1346154      88       0      14       2
69  0.1442308      88       0      15       1
70  0.1538462      88       0      16       0
71  0.1634615      87       1      16       0
72  0.1538462      88       0      16       0
73  0.1538462      88       0      16       0
74  0.1538462      88       0      16       0
75  0.1538462      87       1      15       1
76  0.1538462      88       0      16       0
77  0.1538462      88       0      16       0
78  0.1442308      88       0      15       1
79  0.1442308      86       2      13       3
80  0.1538462      88       0      16       0
81  0.1634615      85       3      14       2
82  0.1538462      88       0      16       0
83  0.1538462      88       0      16       0
84  0.1538462      85       3      13       3
85  0.1634615      87       1      16       0
86  0.1442308      88       0      15       1
87  0.1538462      85       3      13       3
88  0.1538462      88       0      16       0
89  0.1538462      88       0      16       0
90  0.1442308      87       1      14       2
91  0.1538462      88       0      16       0
92  0.1538462      88       0      16       0
93  0.1538462      88       0      16       0
94  0.1538462      88       0      16       0
95  0.1538462      88       0      16       0
96  0.1538462      88       0      16       0
97  0.1538462      88       0      16       0
98  0.1538462      88       0      16       0
99  0.1538462      88       0      16       0
100 0.1634615      87       1      16       0

$permut.stepwise.qda$errors
    permut.1  permut.2  permut.3  permut.4  permut.5  permut.6  permut.7
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.2019231 0.1634615 0.1538462
2  0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1826923 0.1538462
3  0.1538462 0.1923077 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.1923077 0.1538462
4  0.1826923 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1923077 0.1826923 0.1538462
5  0.2019231 0.1634615 0.1538462 0.1826923 0.1923077 0.1826923 0.1730769
6  0.1923077 0.1442308 0.1923077 0.2019231 0.1923077 0.1634615 0.1826923
7  0.2211538 0.1730769 0.2211538 0.1923077 0.2115385 0.1730769 0.2115385
8  0.2307692 0.1826923 0.1826923 0.1923077 0.1826923 0.1923077 0.2019231
9  0.2307692 0.2019231 0.2019231 0.2019231 0.1826923 0.2019231 0.2115385
10 0.2211538 0.2019231 0.1923077 0.1923077 0.1826923 0.1826923 0.1730769
11 0.1923077 0.1923077 0.1923077 0.1826923 0.1923077 0.1634615 0.1826923
12 0.2019231 0.1923077 0.1923077 0.2019231 0.1826923 0.1538462 0.1826923
13 0.2115385 0.2019231 0.1538462 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1538462
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
    permut.8  permut.9 permut.10 permut.11 permut.12 permut.13 permut.14
1  0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1730769
2  0.1730769 0.1538462 0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1442308
3  0.1730769 0.1730769 0.1923077 0.1730769 0.1634615 0.1826923 0.1442308
4  0.1826923 0.2019231 0.2307692 0.1730769 0.1826923 0.1634615 0.1634615
5  0.1634615 0.2211538 0.2115385 0.1730769 0.2019231 0.2019231 0.1538462
6  0.2019231 0.1923077 0.2211538 0.1923077 0.2115385 0.2307692 0.1826923
7  0.2211538 0.1442308 0.1826923 0.1826923 0.2403846 0.2115385 0.2115385
8  0.2115385 0.1826923 0.1923077 0.2019231 0.2884615 0.2307692 0.2019231
9  0.1826923 0.1826923 0.2115385 0.2403846 0.2500000 0.2211538 0.1730769
10 0.1826923 0.1730769 0.1923077 0.2403846 0.2307692 0.2115385 0.2019231
11 0.1826923 0.1730769 0.2211538 0.2115385 0.2019231 0.1923077 0.2019231
12 0.1826923 0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.1730769 0.1730769 0.1730769
13 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.15 permut.16 permut.17 permut.18 permut.19 permut.20 permut.21
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462
2  0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1826923 0.1826923 0.1730769
3  0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1923077 0.1923077 0.1730769
4  0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1923077 0.1538462
5  0.1826923 0.1826923 0.2019231 0.1634615 0.1826923 0.1730769 0.1826923
6  0.1826923 0.2019231 0.2211538 0.1826923 0.1730769 0.2019231 0.1634615
7  0.1923077 0.2019231 0.1923077 0.2115385 0.1634615 0.1730769 0.2019231
8  0.1923077 0.2115385 0.2211538 0.2500000 0.1634615 0.2019231 0.1923077
9  0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.2307692 0.2019231 0.1923077 0.1730769
10 0.2211538 0.2115385 0.1826923 0.2211538 0.1923077 0.2019231 0.1826923
11 0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.2307692 0.1730769 0.2019231 0.2019231
12 0.1826923 0.1538462 0.2115385 0.2115385 0.1634615 0.1923077 0.1730769
13 0.2019231 0.1730769 0.2019231 0.1826923 0.1634615 0.2115385 0.1923077
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.22 permut.23 permut.24 permut.25 permut.26 permut.27 permut.28
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1634615
3  0.1730769 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1826923
4  0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.2019231 0.1634615 0.1923077
5  0.2019231 0.1923077 0.1442308 0.1826923 0.2115385 0.1923077 0.1923077
6  0.2019231 0.1923077 0.1923077 0.1826923 0.1923077 0.2115385 0.1923077
7  0.1923077 0.2596154 0.1923077 0.2115385 0.1923077 0.2211538 0.2019231
8  0.1826923 0.2211538 0.1923077 0.2211538 0.2211538 0.2403846 0.2403846
9  0.1538462 0.2307692 0.2115385 0.2115385 0.2115385 0.2403846 0.2115385
10 0.1634615 0.2307692 0.2307692 0.2019231 0.2115385 0.2115385 0.2307692
11 0.1730769 0.1826923 0.2307692 0.1730769 0.1923077 0.1634615 0.2211538
12 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1826923 0.1730769 0.2019231
13 0.1826923 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.2115385 0.1634615 0.1923077
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.29 permut.30 permut.31 permut.32 permut.33 permut.34 permut.35
1  0.1538462 0.1346154 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1634615 0.1538462 0.1826923 0.1923077 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1826923 0.1634615 0.1826923 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.1634615
4  0.1826923 0.1826923 0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.1634615 0.1923077
5  0.1923077 0.1923077 0.1923077 0.2211538 0.2115385 0.1826923 0.2211538
6  0.2019231 0.1923077 0.2115385 0.1826923 0.1923077 0.2500000 0.1923077
7  0.1923077 0.1826923 0.2019231 0.1826923 0.1442308 0.2211538 0.2019231
8  0.2500000 0.1826923 0.2211538 0.2019231 0.1730769 0.2403846 0.1826923
9  0.3076923 0.2115385 0.2115385 0.1923077 0.1538462 0.2403846 0.1826923
10 0.2500000 0.2019231 0.2307692 0.2019231 0.1730769 0.2115385 0.1634615
11 0.2211538 0.1826923 0.2500000 0.1923077 0.1730769 0.2019231 0.1538462
12 0.2115385 0.1923077 0.2115385 0.1923077 0.1730769 0.2307692 0.1538462
13 0.2115385 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1634615
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.36 permut.37 permut.38 permut.39 permut.40 permut.41 permut.42
1  0.1923077 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
2  0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1346154 0.1634615 0.1634615
3  0.1730769 0.1634615 0.1923077 0.1538462 0.1442308 0.1923077 0.1826923
4  0.1730769 0.1826923 0.2019231 0.1923077 0.1538462 0.1826923 0.1826923
5  0.1730769 0.1923077 0.2019231 0.1538462 0.1634615 0.1826923 0.1826923
6  0.1923077 0.1923077 0.2115385 0.2211538 0.1923077 0.1923077 0.1923077
7  0.1923077 0.2211538 0.2115385 0.2596154 0.2019231 0.2307692 0.2115385
8  0.2403846 0.2115385 0.1923077 0.2211538 0.2019231 0.2692308 0.2307692
9  0.2115385 0.2019231 0.1826923 0.2307692 0.2403846 0.2115385 0.1730769
10 0.2115385 0.2115385 0.1923077 0.2115385 0.2403846 0.2019231 0.1730769
11 0.2115385 0.2019231 0.1923077 0.2019231 0.2500000 0.2019231 0.1538462
12 0.1826923 0.2211538 0.2019231 0.1923077 0.2211538 0.2019231 0.1538462
13 0.1826923 0.2307692 0.1634615 0.1538462 0.2019231 0.1923077 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.43 permut.44 permut.45 permut.46 permut.47 permut.48 permut.49
1  0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1923077 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.1538462
3  0.1826923 0.1538462 0.1923077 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1826923
4  0.1923077 0.1730769 0.2115385 0.1634615 0.1826923 0.1826923 0.1923077
5  0.2019231 0.1826923 0.2019231 0.1730769 0.2115385 0.2019231 0.1923077
6  0.2211538 0.1730769 0.2115385 0.1730769 0.2500000 0.2019231 0.1923077
7  0.2115385 0.1923077 0.2115385 0.1923077 0.2500000 0.2307692 0.2115385
8  0.2115385 0.1826923 0.2019231 0.1923077 0.2500000 0.2307692 0.2307692
9  0.2115385 0.1826923 0.2403846 0.2115385 0.2307692 0.2500000 0.2019231
10 0.2596154 0.2211538 0.2307692 0.1826923 0.2019231 0.2115385 0.1923077
11 0.2211538 0.1634615 0.2019231 0.2115385 0.1923077 0.2019231 0.2019231
12 0.2115385 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.2115385 0.2307692 0.1826923
13 0.2019231 0.1730769 0.1826923 0.1442308 0.2115385 0.2019231 0.1634615
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.50 permut.51 permut.52 permut.53 permut.54 permut.55 permut.56
1  0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1634615 0.1923077 0.1538462 0.1634615 0.1923077 0.1538462
3  0.1634615 0.1826923 0.2115385 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1826923
4  0.1634615 0.1923077 0.2211538 0.1826923 0.1923077 0.1634615 0.2692308
5  0.1923077 0.1923077 0.2307692 0.2019231 0.1730769 0.1826923 0.2307692
6  0.2019231 0.1634615 0.1826923 0.3269231 0.2019231 0.1634615 0.3076923
7  0.2403846 0.1923077 0.1923077 0.2884615 0.2307692 0.1826923 0.2980769
8  0.2307692 0.2307692 0.1826923 0.2884615 0.2307692 0.1634615 0.2884615
9  0.2019231 0.2211538 0.2115385 0.2980769 0.2115385 0.2403846 0.2692308
10 0.2500000 0.1923077 0.2115385 0.2788462 0.2211538 0.2211538 0.2980769
11 0.1923077 0.2019231 0.1826923 0.2403846 0.2115385 0.1923077 0.2596154
12 0.1730769 0.1826923 0.1634615 0.2211538 0.2211538 0.2019231 0.2500000
13 0.1538462 0.1538462 0.1923077 0.2211538 0.1826923 0.1826923 0.2307692
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.57 permut.58 permut.59 permut.60 permut.61 permut.62 permut.63
1  0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1923077 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1634615 0.1634615
3  0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.2019231 0.1634615 0.1634615
4  0.1730769 0.1538462 0.1730769 0.1826923 0.2019231 0.1730769 0.1634615
5  0.2019231 0.2211538 0.1730769 0.1538462 0.2019231 0.1826923 0.1826923
6  0.2211538 0.2115385 0.2019231 0.2019231 0.2115385 0.1923077 0.1826923
7  0.1923077 0.2307692 0.1923077 0.2500000 0.2115385 0.2115385 0.2211538
8  0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2500000 0.2596154
9  0.1923077 0.2211538 0.2115385 0.2211538 0.2019231 0.2500000 0.2980769
10 0.2115385 0.2019231 0.1538462 0.2500000 0.2115385 0.2115385 0.2884615
11 0.2019231 0.1826923 0.1538462 0.2500000 0.2019231 0.2500000 0.2115385
12 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.2115385 0.1730769 0.2403846 0.2307692
13 0.1923077 0.1826923 0.1634615 0.2019231 0.1634615 0.1826923 0.1826923
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.64 permut.65 permut.66 permut.67 permut.68 permut.69 permut.70
1  0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1826923 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1634615
3  0.1538462 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1634615
4  0.1923077 0.1730769 0.2019231 0.2307692 0.1730769 0.1826923 0.1730769
5  0.1730769 0.1538462 0.2019231 0.2403846 0.1826923 0.1730769 0.2019231
6  0.2019231 0.1634615 0.1923077 0.2307692 0.2115385 0.1634615 0.2019231
7  0.2115385 0.1826923 0.2115385 0.2403846 0.2307692 0.2019231 0.2115385
8  0.2307692 0.2115385 0.1826923 0.2211538 0.2692308 0.2019231 0.2307692
9  0.2596154 0.2115385 0.1923077 0.2211538 0.2500000 0.2019231 0.2500000
10 0.2403846 0.1923077 0.1826923 0.2019231 0.1538462 0.1826923 0.2403846
11 0.2403846 0.1826923 0.1634615 0.2115385 0.1634615 0.2019231 0.1923077
12 0.2307692 0.1923077 0.1538462 0.1826923 0.1538462 0.1442308 0.1923077
13 0.2115385 0.2019231 0.1634615 0.1730769 0.1346154 0.1442308 0.1634615
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.71 permut.72 permut.73 permut.74 permut.75 permut.76 permut.77
1  0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462
2  0.1730769 0.1538462 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.1634615
3  0.2019231 0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1634615
4  0.2019231 0.1730769 0.2019231 0.1923077 0.1538462 0.1634615 0.1634615
5  0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.1730769 0.1730769 0.2115385 0.1923077
6  0.2403846 0.2019231 0.2115385 0.1730769 0.1538462 0.1923077 0.2307692
7  0.2307692 0.1826923 0.2019231 0.1730769 0.1730769 0.2019231 0.2788462
8  0.2500000 0.2211538 0.2115385 0.2211538 0.1634615 0.1826923 0.3173077
9  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2019231 0.1826923 0.2211538 0.3076923
10 0.2019231 0.2403846 0.2019231 0.2500000 0.1634615 0.2403846 0.2788462
11 0.1826923 0.2211538 0.2115385 0.2596154 0.1730769 0.2403846 0.2500000
12 0.1923077 0.1923077 0.2115385 0.2211538 0.1538462 0.1730769 0.2115385
13 0.1634615 0.1634615 0.2019231 0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.2019231
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.78 permut.79 permut.80 permut.81 permut.82 permut.83 permut.84
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1826923 0.1826923 0.1538462 0.1538462
3  0.1923077 0.1538462 0.1538462 0.2019231 0.1826923 0.1634615 0.1826923
4  0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1923077 0.2019231 0.1923077 0.1923077
5  0.1923077 0.1730769 0.2115385 0.1634615 0.2115385 0.2019231 0.1730769
6  0.2019231 0.1826923 0.2307692 0.1634615 0.2211538 0.2211538 0.1538462
7  0.2115385 0.1923077 0.2307692 0.1634615 0.2211538 0.2403846 0.1730769
8  0.2019231 0.2500000 0.2019231 0.1634615 0.2307692 0.2596154 0.1826923
9  0.1826923 0.2500000 0.1634615 0.1826923 0.2403846 0.2596154 0.2211538
10 0.2115385 0.1442308 0.1923077 0.1826923 0.2596154 0.2500000 0.1923077
11 0.2019231 0.1538462 0.1730769 0.1826923 0.2403846 0.1923077 0.1923077
12 0.1730769 0.1538462 0.1923077 0.2019231 0.2019231 0.1923077 0.2115385
13 0.1442308 0.1730769 0.1923077 0.1634615 0.2019231 0.1634615 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.85 permut.86 permut.87 permut.88 permut.89 permut.90 permut.91
1  0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1923077 0.1634615 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.2115385 0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
4  0.2115385 0.1634615 0.1826923 0.1826923 0.1634615 0.1538462 0.1538462
5  0.2019231 0.1538462 0.1538462 0.2115385 0.1730769 0.1442308 0.1923077
6  0.2211538 0.1730769 0.1923077 0.2307692 0.1634615 0.1634615 0.2403846
7  0.2115385 0.1538462 0.2115385 0.2211538 0.1923077 0.1730769 0.2788462
8  0.2211538 0.1730769 0.2307692 0.2019231 0.2403846 0.1730769 0.2596154
9  0.1923077 0.1826923 0.2692308 0.1923077 0.2019231 0.2019231 0.2500000
10 0.1730769 0.1634615 0.2500000 0.2019231 0.2115385 0.2115385 0.2019231
11 0.1826923 0.1442308 0.2307692 0.1826923 0.2019231 0.2211538 0.2307692
12 0.1826923 0.1538462 0.2211538 0.1826923 0.2019231 0.2019231 0.1923077
13 0.1634615 0.1442308 0.1730769 0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.1634615
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.92 permut.93 permut.94 permut.95 permut.96 permut.97 permut.98
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1923077 0.1538462 0.1538462
3  0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.1538462 0.1634615
4  0.1634615 0.1634615 0.2019231 0.1538462 0.1923077 0.1538462 0.1634615
5  0.1634615 0.2115385 0.2019231 0.1923077 0.1923077 0.1826923 0.1923077
6  0.2019231 0.2500000 0.2115385 0.1826923 0.2019231 0.2211538 0.2115385
7  0.1923077 0.3365385 0.2115385 0.1826923 0.2019231 0.2403846 0.2307692
8  0.1923077 0.3076923 0.2019231 0.2019231 0.1923077 0.2211538 0.2019231
9  0.1923077 0.2788462 0.2307692 0.1826923 0.2115385 0.2500000 0.1923077
10 0.2115385 0.2307692 0.2211538 0.1730769 0.1923077 0.2115385 0.2019231
11 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2307692 0.1923077 0.1923077 0.1923077
12 0.1826923 0.2115385 0.2115385 0.1923077 0.1826923 0.2019231 0.2019231
13 0.1634615 0.2019231 0.2019231 0.2019231 0.1538462 0.1634615 0.1923077
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.99 permut.100  err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.1538462  0.1634615 0.1564423 0.008183497 0.0008183497
2  0.1538462  0.1826923 0.1635577 0.012710410 0.0012710410
3  0.1538462  0.2019231 0.1703846 0.015223515 0.0015223515
4  0.1538462  0.2019231 0.1795192 0.020273544 0.0020273544
5  0.1634615  0.1923077 0.1893269 0.021247014 0.0021247014
6  0.1826923  0.2115385 0.2000962 0.027797401 0.0027797401
7  0.1730769  0.2307692 0.2090385 0.031153510 0.0031153510
8  0.2019231  0.2403846 0.2165385 0.031566260 0.0031566260
9  0.2115385  0.2115385 0.2158654 0.031295727 0.0031295727
10 0.2403846  0.2211538 0.2097115 0.029650625 0.0029650625
11 0.2596154  0.2403846 0.2010577 0.026504087 0.0026504087
12 0.2307692  0.2115385 0.1907692 0.022652138 0.0022652138
13 0.2115385  0.1730769 0.1789423 0.020586216 0.0020586216
14        NA         NA       NaN          NA           NA
15        NA         NA       NaN          NA           NA

$permut.stepwise.qda$best.p
[1] 1

$permut.stepwise.qda$best.error
[1] 0.1634615

$permut.stepwise.qda$best.pda
$permut.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET

$permut.stepwise.qda$best.pda$posterior
             CTL       MET
  [1,] 0.6508889 0.3491111
  [2,] 0.6508889 0.3491111
  [3,] 0.8338298 0.1661702
  [4,] 0.8836330 0.1163670
  [5,] 0.8517295 0.1482705
  [6,] 0.8835756 0.1164244
  [7,] 0.8682007 0.1317993
  [8,] 0.6721699 0.3278301
  [9,] 0.8848278 0.1151722
 [10,] 0.8769926 0.1230074
 [11,] 0.8835983 0.1164017
 [12,] 0.5902391 0.4097609
 [13,] 0.8759574 0.1240426
 [14,] 0.8665116 0.1334884
 [15,] 0.8870683 0.1129317
 [16,] 0.8804618 0.1195382
 [17,] 0.8803148 0.1196852
 [18,] 0.8678323 0.1321677
 [19,] 0.8391683 0.1608317
 [20,] 0.8820935 0.1179065
 [21,] 0.8646476 0.1353524
 [22,] 0.8810684 0.1189316
 [23,] 0.8308467 0.1691533
 [24,] 0.8575550 0.1424450
 [25,] 0.8759387 0.1240613
 [26,] 0.8806623 0.1193377
 [27,] 0.8822829 0.1177171
 [28,] 0.8131033 0.1868967
 [29,] 0.6969285 0.3030715
 [30,] 0.8831257 0.1168743
 [31,] 0.8773637 0.1226363
 [32,] 0.8873053 0.1126947
 [33,] 0.8828204 0.1171796
 [34,] 0.8650554 0.1349446
 [35,] 0.8822059 0.1177941
 [36,] 0.8516355 0.1483645
 [37,] 0.8794529 0.1205471
 [38,] 0.8790430 0.1209570
 [39,] 0.8752508 0.1247492
 [40,] 0.6479622 0.3520378
 [41,] 0.8659404 0.1340596
 [42,] 0.8583022 0.1416978
 [43,] 0.8330445 0.1669555
 [44,] 0.8755278 0.1244722
 [45,] 0.8774220 0.1225780
 [46,] 0.8825930 0.1174070
 [47,] 0.8607440 0.1392560
 [48,] 0.2086483 0.7913517
 [49,] 0.8724673 0.1275327
 [50,] 0.8789360 0.1210640
 [51,] 0.8047791 0.1952209
 [52,] 0.8750850 0.1249150
 [53,] 0.8729621 0.1270379
 [54,] 0.7899051 0.2100949
 [55,] 0.8701751 0.1298249
 [56,] 0.7139452 0.2860548
 [57,] 0.8778407 0.1221593
 [58,] 0.8804911 0.1195089
 [59,] 0.8828204 0.1171796
 [60,] 0.8786069 0.1213931
 [61,] 0.7939827 0.2060173
 [62,] 0.8838407 0.1161593
 [63,] 0.8513186 0.1486814
 [64,] 0.8825442 0.1174558
 [65,] 0.8835667 0.1164333
 [66,] 0.8507056 0.1492944
 [67,] 0.8645138 0.1354862
 [68,] 0.8803148 0.1196852
 [69,] 0.8331174 0.1668826
 [70,] 0.8835088 0.1164912
 [71,] 0.8612315 0.1387685
 [72,] 0.8836276 0.1163724
 [73,] 0.8793540 0.1206460
 [74,] 0.8572773 0.1427227
 [75,] 0.8771684 0.1228316
 [76,] 0.8833385 0.1166615
 [77,] 0.8815395 0.1184605
 [78,] 0.8770396 0.1229604
 [79,] 0.8833879 0.1166121
 [80,] 0.8771176 0.1228824
 [81,] 0.5329149 0.4670851
 [82,] 0.8616212 0.1383788
 [83,] 0.8788276 0.1211724
 [84,] 0.8835400 0.1164600
 [85,] 0.8145356 0.1854644
 [86,] 0.8817211 0.1182789
 [87,] 0.8833559 0.1166441
 [88,] 0.8833076 0.1166924
 [89,] 0.8509997 0.1490003
 [90,] 0.8762160 0.1237840
 [91,] 0.8419477 0.1580523
 [92,] 0.8655011 0.1344989
 [93,] 0.8522631 0.1477369
 [94,] 0.8819318 0.1180682
 [95,] 0.8692278 0.1307722
 [96,] 0.8823374 0.1176626
 [97,] 0.8259881 0.1740119
 [98,] 0.8480346 0.1519654
 [99,] 0.8817875 0.1182125
[100,] 0.8812971 0.1187029
[101,] 0.8636790 0.1363210
[102,] 0.8618843 0.1381157
[103,] 0.8657215 0.1342785
[104,] 0.8718157 0.1281843

$permut.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET MET CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [19] CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET CTL CTL MET CTL
 [37] CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL MET CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$permut.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$permut.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  87  16
   MET   1   0
attr(,"error")
[1] 0.1634615



$permut.pc.stepwise.qda
$permut.pc.stepwise.qda$confusion.table
        error CTL.CTL CTL.MET MET.CTL MET.MET
1   0.1538462      88       0      16       0
2   0.1538462      88       0      16       0
3   0.1538462      87       1      15       1
4   0.1442308      87       1      14       2
5   0.1538462      88       0      16       0
6   0.1538462      88       0      16       0
7   0.1538462      86       2      14       2
8   0.1538462      88       0      16       0
9   0.1538462      88       0      16       0
10  0.1442308      86       2      13       3
11  0.1538462      88       0      16       0
12  0.1538462      88       0      16       0
13  0.1538462      88       0      16       0
14  0.1250000      88       0      13       3
15  0.1538462      88       0      16       0
16  0.1538462      88       0      16       0
17  0.1538462      88       0      16       0
18  0.1538462      88       0      16       0
19  0.1538462      88       0      16       0
20  0.1538462      88       0      16       0
21  0.1538462      88       0      16       0
22  0.1538462      88       0      16       0
23  0.1538462      87       1      15       1
24  0.1538462      88       0      16       0
25  0.1442308      87       1      14       2
26  0.1634615      85       3      14       2
27  0.1538462      88       0      16       0
28  0.1538462      88       0      16       0
29  0.1538462      87       1      15       1
30  0.1538462      88       0      16       0
31  0.1538462      88       0      16       0
32  0.1538462      88       0      16       0
33  0.1538462      88       0      16       0
34  0.1538462      86       2      14       2
35  0.1538462      88       0      16       0
36  0.1538462      88       0      16       0
37  0.1538462      88       0      16       0
38  0.1538462      88       0      16       0
39  0.1538462      88       0      16       0
40  0.1442308      86       2      13       3
41  0.1442308      85       3      12       4
42  0.1538462      88       0      16       0
43  0.1538462      88       0      16       0
44  0.1538462      88       0      16       0
45  0.1538462      88       0      16       0
46  0.1538462      88       0      16       0
47  0.1538462      88       0      16       0
48  0.1538462      87       1      15       1
49  0.1538462      83       5      11       5
50  0.1538462      88       0      16       0
51  0.1538462      88       0      16       0
52  0.1538462      86       2      14       2
53  0.1346154      88       0      14       2
54  0.1538462      88       0      16       0
55  0.1442308      88       0      15       1
56  0.1634615      87       1      16       0
57  0.1538462      87       1      15       1
58  0.1538462      88       0      16       0
59  0.1250000      86       2      11       5
60  0.1538462      86       2      14       2
61  0.1538462      88       0      16       0
62  0.1538462      88       0      16       0
63  0.1538462      85       3      13       3
64  0.1538462      88       0      16       0
65  0.1442308      85       3      12       4
66  0.1538462      88       0      16       0
67  0.1730769      86       2      16       0
68  0.1538462      88       0      16       0
69  0.1538462      88       0      16       0
70  0.1538462      88       0      16       0
71  0.1538462      88       0      16       0
72  0.1538462      88       0      16       0
73  0.1538462      88       0      16       0
74  0.1538462      88       0      16       0
75  0.1538462      88       0      16       0
76  0.1634615      87       1      16       0
77  0.1538462      87       1      15       1
78  0.1634615      87       1      16       0
79  0.1538462      88       0      16       0
80  0.1538462      87       1      15       1
81  0.1538462      88       0      16       0
82  0.1538462      86       2      14       2
83  0.1538462      88       0      16       0
84  0.1634615      87       1      16       0
85  0.1538462      85       3      13       3
86  0.1538462      88       0      16       0
87  0.1442308      87       1      14       2
88  0.1442308      87       1      14       2
89  0.1634615      87       1      16       0
90  0.1346154      88       0      14       2
91  0.1538462      88       0      16       0
92  0.1634615      85       3      14       2
93  0.1442308      86       2      13       3
94  0.1442308      86       2      13       3
95  0.1538462      88       0      16       0
96  0.1538462      88       0      16       0
97  0.1538462      88       0      16       0
98  0.1538462      88       0      16       0
99  0.1538462      88       0      16       0
100 0.1538462      86       2      14       2

$permut.pc.stepwise.qda$errors
    permut.1  permut.2  permut.3  permut.4  permut.5  permut.6  permut.7
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1923077 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
3  0.1538462 0.1923077 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1634615
4  0.1538462 0.2019231 0.1634615 0.1442308 0.1634615 0.1634615 0.1538462
5  0.2019231 0.2019231 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.1730769 0.1634615
6  0.2307692 0.1634615 0.1826923 0.1923077 0.2019231 0.1923077 0.1730769
7  0.2788462 0.1826923 0.1923077 0.1826923 0.2019231 0.2500000 0.2019231
8  0.2980769 0.1730769 0.2019231 0.2019231 0.2596154 0.2884615 0.1826923
9  0.2692308 0.2019231 0.2211538 0.1923077 0.2692308 0.2403846 0.1826923
10 0.2403846 0.2019231 0.2115385 0.1634615 0.2403846 0.2692308 0.2019231
11 0.2692308 0.2115385 0.1826923 0.1730769 0.2307692 0.2403846 0.1923077
12 0.2211538 0.2019231 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.2211538 0.2019231
13 0.2019231 0.1634615 0.1538462 0.1634615 0.1826923 0.2019231 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
    permut.8  permut.9 permut.10 permut.11 permut.12 permut.13 permut.14
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1730769
2  0.1826923 0.1538462 0.1923077 0.1826923 0.1538462 0.1730769 0.1250000
3  0.1730769 0.1634615 0.1826923 0.1923077 0.1634615 0.1730769 0.1730769
4  0.1826923 0.1826923 0.1923077 0.2019231 0.1634615 0.1826923 0.1634615
5  0.1923077 0.2019231 0.1826923 0.2019231 0.1730769 0.1826923 0.1442308
6  0.1923077 0.2211538 0.1923077 0.2115385 0.1923077 0.1923077 0.1538462
7  0.2019231 0.2211538 0.2019231 0.2211538 0.2115385 0.2019231 0.1826923
8  0.2307692 0.2403846 0.1826923 0.2019231 0.2115385 0.2403846 0.2019231
9  0.2403846 0.2115385 0.1730769 0.1826923 0.1923077 0.2403846 0.1923077
10 0.2019231 0.1826923 0.1538462 0.1923077 0.1923077 0.2500000 0.2307692
11 0.2211538 0.1923077 0.1538462 0.2019231 0.2115385 0.2403846 0.1634615
12 0.2019231 0.1826923 0.1442308 0.1826923 0.2019231 0.2115385 0.1634615
13 0.2019231 0.1730769 0.1538462 0.1730769 0.1826923 0.1923077 0.1634615
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.15 permut.16 permut.17 permut.18 permut.19 permut.20 permut.21
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1826923 0.1634615 0.1730769 0.1923077
3  0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1923077 0.1634615 0.1923077 0.1826923
4  0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1923077 0.1826923 0.1923077 0.1923077
5  0.1730769 0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.1826923 0.1826923 0.1923077
6  0.1826923 0.1730769 0.1923077 0.2211538 0.2115385 0.2115385 0.1923077
7  0.2403846 0.2115385 0.1923077 0.2211538 0.2211538 0.2403846 0.1923077
8  0.2403846 0.2019231 0.1730769 0.2211538 0.2019231 0.2211538 0.1923077
9  0.2692308 0.2403846 0.1826923 0.1923077 0.2211538 0.2403846 0.1826923
10 0.2692308 0.2211538 0.1634615 0.2211538 0.1826923 0.2211538 0.2115385
11 0.2596154 0.2019231 0.1730769 0.2211538 0.1730769 0.2019231 0.2019231
12 0.2596154 0.1826923 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1923077 0.2019231
13 0.2211538 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1923077 0.1634615
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.22 permut.23 permut.24 permut.25 permut.26 permut.27 permut.28
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1538462
2  0.1634615 0.1538462 0.1923077 0.1538462 0.1826923 0.1538462 0.1538462
3  0.1826923 0.1538462 0.1826923 0.1730769 0.1730769 0.1634615 0.1538462
4  0.1730769 0.1730769 0.1923077 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1634615
5  0.1923077 0.1826923 0.2019231 0.1923077 0.2019231 0.1730769 0.2307692
6  0.1634615 0.1923077 0.2115385 0.1923077 0.1826923 0.2019231 0.2500000
7  0.1826923 0.2211538 0.2307692 0.1826923 0.1826923 0.2307692 0.2403846
8  0.2115385 0.2115385 0.2211538 0.1826923 0.1923077 0.2788462 0.2211538
9  0.1730769 0.1634615 0.2211538 0.1634615 0.2019231 0.2692308 0.2307692
10 0.1826923 0.1730769 0.1923077 0.1538462 0.1826923 0.2596154 0.2115385
11 0.1923077 0.1538462 0.2115385 0.1634615 0.1923077 0.2115385 0.2019231
12 0.1923077 0.1538462 0.1826923 0.1442308 0.2115385 0.1923077 0.1923077
13 0.1826923 0.1538462 0.1730769 0.1730769 0.2115385 0.1923077 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.29 permut.30 permut.31 permut.32 permut.33 permut.34 permut.35
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1923077 0.1538462 0.1538462
3  0.1634615 0.1923077 0.1826923 0.2019231 0.1826923 0.1538462 0.1538462
4  0.2211538 0.2019231 0.1826923 0.1923077 0.1730769 0.1634615 0.1730769
5  0.2115385 0.2115385 0.1923077 0.2019231 0.1923077 0.1826923 0.1923077
6  0.1923077 0.2115385 0.1923077 0.1923077 0.2019231 0.1826923 0.2211538
7  0.2115385 0.2307692 0.1923077 0.2115385 0.1730769 0.1923077 0.2019231
8  0.2115385 0.2211538 0.1923077 0.1923077 0.2596154 0.1923077 0.2211538
9  0.2211538 0.2115385 0.2019231 0.1826923 0.2019231 0.1923077 0.2403846
10 0.2211538 0.2307692 0.2019231 0.1538462 0.2115385 0.2019231 0.2115385
11 0.1538462 0.2019231 0.1730769 0.1538462 0.2211538 0.2115385 0.1826923
12 0.1826923 0.2019231 0.1730769 0.1730769 0.1923077 0.2115385 0.1730769
13 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.1538462 0.1826923 0.1730769 0.1538462
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.36 permut.37 permut.38 permut.39 permut.40 permut.41 permut.42
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1442308 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.2115385 0.1442308 0.1730769 0.1538462
3  0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1923077 0.1538462 0.1634615 0.1634615
4  0.1923077 0.1826923 0.1923077 0.1826923 0.1634615 0.2019231 0.1730769
5  0.1923077 0.1826923 0.2403846 0.1730769 0.1538462 0.2019231 0.1634615
6  0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.1538462 0.1634615 0.1730769 0.1923077
7  0.2211538 0.2403846 0.2211538 0.1923077 0.1730769 0.1634615 0.1923077
8  0.2115385 0.2115385 0.2211538 0.2019231 0.1634615 0.1826923 0.2307692
9  0.2019231 0.1826923 0.2211538 0.2211538 0.1730769 0.1442308 0.2307692
10 0.2307692 0.1923077 0.1923077 0.1826923 0.1730769 0.2115385 0.2115385
11 0.1923077 0.2019231 0.2307692 0.2019231 0.1538462 0.1923077 0.2019231
12 0.2019231 0.1634615 0.2307692 0.2019231 0.1730769 0.1826923 0.1826923
13 0.1923077 0.1538462 0.2307692 0.1923077 0.1634615 0.1538462 0.2019231
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.43 permut.44 permut.45 permut.46 permut.47 permut.48 permut.49
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1826923 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.2115385
3  0.1826923 0.1923077 0.1923077 0.1826923 0.1538462 0.1826923 0.1730769
4  0.1634615 0.2115385 0.1923077 0.1730769 0.2211538 0.1826923 0.1538462
5  0.1634615 0.2211538 0.2211538 0.1923077 0.1923077 0.1826923 0.2596154
6  0.1923077 0.2211538 0.2211538 0.2019231 0.2403846 0.1923077 0.1826923
7  0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.1923077 0.2403846 0.1826923 0.1730769
8  0.2307692 0.2019231 0.2115385 0.1923077 0.2307692 0.2019231 0.1826923
9  0.2307692 0.2403846 0.1923077 0.2019231 0.2211538 0.1923077 0.2019231
10 0.2596154 0.2115385 0.2211538 0.2019231 0.2307692 0.1538462 0.1923077
11 0.2115385 0.1730769 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.1923077 0.2019231
12 0.2019231 0.2019231 0.2019231 0.1923077 0.2115385 0.1826923 0.1634615
13 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.2019231 0.2019231 0.1730769 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.50 permut.51 permut.52 permut.53 permut.54 permut.55 permut.56
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
2  0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1730769 0.1730769 0.2019231
3  0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1826923 0.1923077 0.1730769 0.2211538
4  0.2019231 0.1826923 0.1730769 0.1923077 0.1826923 0.1730769 0.2019231
5  0.2211538 0.1826923 0.1826923 0.2019231 0.1923077 0.1826923 0.2019231
6  0.1923077 0.2115385 0.1730769 0.2211538 0.1923077 0.2115385 0.2019231
7  0.2211538 0.2500000 0.1634615 0.2211538 0.2115385 0.2019231 0.1923077
8  0.2019231 0.2019231 0.1538462 0.2596154 0.1923077 0.2500000 0.2019231
9  0.2307692 0.2307692 0.1923077 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2115385
10 0.2115385 0.2211538 0.1826923 0.2019231 0.2115385 0.2019231 0.2307692
11 0.2115385 0.2019231 0.1634615 0.2115385 0.2500000 0.1826923 0.2500000
12 0.1826923 0.2019231 0.1538462 0.1442308 0.1923077 0.1923077 0.2403846
13 0.1634615 0.1923077 0.1538462 0.1346154 0.1826923 0.1442308 0.1826923
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.57 permut.58 permut.59 permut.60 permut.61 permut.62 permut.63
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462 0.1826923 0.1538462
3  0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1923077 0.1538462
4  0.1826923 0.1826923 0.1730769 0.1923077 0.1730769 0.2019231 0.1538462
5  0.1826923 0.1826923 0.1634615 0.2019231 0.1923077 0.2211538 0.1538462
6  0.1923077 0.1923077 0.1730769 0.2211538 0.1923077 0.2500000 0.1826923
7  0.1923077 0.2211538 0.1250000 0.2115385 0.2019231 0.2403846 0.2019231
8  0.2019231 0.2211538 0.1634615 0.2019231 0.2500000 0.2403846 0.2211538
9  0.2307692 0.2211538 0.1730769 0.1826923 0.2980769 0.2211538 0.2211538
10 0.2307692 0.2403846 0.1634615 0.2019231 0.2788462 0.1923077 0.2115385
11 0.2115385 0.1923077 0.1730769 0.1923077 0.2788462 0.1634615 0.2019231
12 0.1730769 0.2019231 0.1923077 0.1923077 0.2211538 0.1730769 0.2211538
13 0.1538462 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.2307692 0.1923077 0.2019231
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.64 permut.65 permut.66 permut.67 permut.68 permut.69 permut.70
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.2019231 0.1538462 0.1538462 0.1634615
3  0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.2115385 0.1634615 0.1730769 0.1730769
4  0.1923077 0.1634615 0.1826923 0.2115385 0.1730769 0.1923077 0.1730769
5  0.2019231 0.1634615 0.2019231 0.2115385 0.1923077 0.1923077 0.1730769
6  0.2019231 0.1634615 0.2019231 0.1826923 0.2115385 0.2307692 0.1923077
7  0.2115385 0.1730769 0.2307692 0.1923077 0.2596154 0.2211538 0.2019231
8  0.2115385 0.1923077 0.2596154 0.1826923 0.2403846 0.2115385 0.2115385
9  0.2403846 0.1826923 0.2500000 0.1826923 0.2500000 0.2115385 0.2307692
10 0.1826923 0.1442308 0.2403846 0.2019231 0.2596154 0.2115385 0.2211538
11 0.2019231 0.1538462 0.2500000 0.2019231 0.2211538 0.1826923 0.2403846
12 0.1923077 0.1538462 0.2115385 0.1730769 0.2211538 0.1826923 0.2307692
13 0.1826923 0.1538462 0.2211538 0.1923077 0.1923077 0.1634615 0.2115385
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.71 permut.72 permut.73 permut.74 permut.75 permut.76 permut.77
1  0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615 0.1538462
2  0.1634615 0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1923077 0.1634615
3  0.1826923 0.1634615 0.1538462 0.2307692 0.1538462 0.2115385 0.1730769
4  0.2019231 0.1826923 0.1634615 0.2307692 0.1730769 0.2115385 0.1538462
5  0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1923077 0.2211538 0.2403846 0.1730769
6  0.2019231 0.2403846 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2115385 0.1923077
7  0.1923077 0.2500000 0.2211538 0.2019231 0.2980769 0.2211538 0.1923077
8  0.2019231 0.2500000 0.2500000 0.1923077 0.2692308 0.2500000 0.2211538
9  0.1923077 0.2211538 0.2500000 0.1923077 0.2692308 0.2211538 0.1923077
10 0.1923077 0.2500000 0.2211538 0.1923077 0.2307692 0.2115385 0.2019231
11 0.2115385 0.1923077 0.2211538 0.1923077 0.1730769 0.1923077 0.2019231
12 0.1826923 0.1730769 0.2115385 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1730769
13 0.1826923 0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.1634615 0.1826923 0.1538462
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.78 permut.79 permut.80 permut.81 permut.82 permut.83 permut.84
1  0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1634615
2  0.1826923 0.1730769 0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.1730769 0.1730769
3  0.1923077 0.1826923 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.1923077
4  0.2115385 0.1634615 0.1730769 0.1634615 0.1730769 0.1923077 0.1826923
5  0.2115385 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1730769 0.1826923 0.1826923
6  0.1923077 0.1826923 0.1538462 0.2019231 0.1538462 0.1826923 0.1826923
7  0.1923077 0.1923077 0.1923077 0.2019231 0.1730769 0.1826923 0.2019231
8  0.2115385 0.2403846 0.2019231 0.2019231 0.1730769 0.1826923 0.2115385
9  0.1730769 0.2115385 0.1538462 0.2307692 0.2019231 0.1923077 0.2211538
10 0.1923077 0.2403846 0.1634615 0.2307692 0.2596154 0.1826923 0.2307692
11 0.1923077 0.1923077 0.1634615 0.2211538 0.2403846 0.1826923 0.2307692
12 0.2019231 0.1826923 0.1730769 0.1923077 0.2307692 0.1826923 0.2019231
13 0.1634615 0.1826923 0.1730769 0.1634615 0.2596154 0.1826923 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.85 permut.86 permut.87 permut.88 permut.89 permut.90 permut.91
1  0.1634615 0.1538462 0.1730769 0.1538462 0.1634615 0.1634615 0.1538462
2  0.1730769 0.1538462 0.1730769 0.1730769 0.1826923 0.1442308 0.1923077
3  0.1730769 0.1826923 0.1826923 0.1442308 0.1826923 0.1346154 0.1826923
4  0.1538462 0.1826923 0.2019231 0.1634615 0.1826923 0.1442308 0.1826923
5  0.1634615 0.2115385 0.2307692 0.1730769 0.1923077 0.1442308 0.1826923
6  0.1538462 0.2019231 0.1923077 0.1730769 0.1826923 0.1442308 0.1923077
7  0.1730769 0.2019231 0.2211538 0.1634615 0.1826923 0.1538462 0.2500000
8  0.1826923 0.2115385 0.2019231 0.2019231 0.1826923 0.1730769 0.2403846
9  0.1923077 0.1826923 0.2211538 0.2019231 0.2019231 0.1730769 0.2211538
10 0.1826923 0.1923077 0.2115385 0.2307692 0.2500000 0.1442308 0.2500000
11 0.1923077 0.1826923 0.1730769 0.2211538 0.2211538 0.1538462 0.2596154
12 0.2115385 0.1826923 0.1442308 0.2115385 0.2211538 0.1442308 0.2788462
13 0.1923077 0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.1826923 0.1442308 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.92 permut.93 permut.94 permut.95 permut.96 permut.97 permut.98
1  0.1634615 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462 0.1538462
2  0.1634615 0.1826923 0.1538462 0.1923077 0.1538462 0.1538462 0.1538462
3  0.1634615 0.1634615 0.1634615 0.2019231 0.1730769 0.1538462 0.1634615
4  0.1730769 0.1730769 0.2019231 0.2211538 0.1730769 0.1634615 0.1826923
5  0.1730769 0.1442308 0.2115385 0.2019231 0.1826923 0.1634615 0.2019231
6  0.1923077 0.1730769 0.1923077 0.2211538 0.2019231 0.2019231 0.1923077
7  0.1634615 0.1923077 0.2115385 0.2403846 0.2115385 0.1826923 0.2115385
8  0.1730769 0.2403846 0.2019231 0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.2307692
9  0.2403846 0.2500000 0.2211538 0.2500000 0.2307692 0.2115385 0.2596154
10 0.2403846 0.2403846 0.1634615 0.2500000 0.2115385 0.1826923 0.2211538
11 0.2019231 0.2115385 0.1442308 0.2211538 0.2019231 0.1923077 0.2115385
12 0.1730769 0.1923077 0.1442308 0.2115385 0.1634615 0.1730769 0.1634615
13 0.1730769 0.1826923 0.1634615 0.2307692 0.1730769 0.1826923 0.1730769
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.99 permut.100  err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.1538462  0.1538462 0.1555769 0.004999103 0.0004999103
2  0.1826923  0.1538462 0.1668269 0.015901324 0.0015901324
3  0.1730769  0.1634615 0.1728846 0.016568881 0.0016568881
4  0.2019231  0.1730769 0.1806731 0.018094593 0.0018094593
5  0.2115385  0.1923077 0.1891346 0.021350493 0.0021350493
6  0.2307692  0.1538462 0.1968269 0.023211494 0.0023211494
7  0.2211538  0.1538462 0.2059615 0.027441860 0.0027441860
8  0.1923077  0.1538462 0.2125962 0.028467962 0.0028467962
9  0.2019231  0.1538462 0.2123077 0.029365310 0.0029365310
10 0.1826923  0.1923077 0.2086538 0.029957858 0.0029957858
11 0.1923077  0.1826923 0.2008654 0.027804120 0.0027804120
12 0.1730769  0.2019231 0.1891346 0.024828885 0.0024828885
13 0.1634615  0.1730769 0.1784615 0.020605487 0.0020605487
14        NA         NA       NaN          NA           NA
15        NA         NA       NaN          NA           NA

$permut.pc.stepwise.qda$best.p
[1] 9

$permut.pc.stepwise.qda$best.error
[1] 0.1538462

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda
$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$posterior
               CTL          MET
YAL038W 0.99999998 2.462319e-08
YAR071W 0.99990385 9.615301e-05
YBL005W 0.99823353 1.766475e-03
YBL030C 0.97091445 2.908555e-02
YBR006W 0.60521518 3.947848e-01
YBR018C 0.99977672 2.232812e-04
YBR020W 0.99078250 9.217496e-03
YBR093C 0.99999999 1.308313e-08
YBR115C 0.99998527 1.472849e-05
YBR184W 0.82212591 1.778741e-01
YBR213W 0.99999684 3.159338e-06
YBR296C 0.99997507 2.492733e-05
YCL018W 0.81652453 1.834755e-01
YDL131W 0.86154521 1.384548e-01
YDL182W 0.84842157 1.515784e-01
YDL205C 0.99999575 4.254228e-06
YDL210W 0.82005799 1.799420e-01
YDR011W 0.39168021 6.083198e-01
YDR044W 0.99786974 2.130259e-03
YDR234W 0.99999964 3.581560e-07
YDR285W 1.00000000 1.090824e-13
YDR406W 0.64048964 3.595104e-01
YDR481C 0.99944153 5.584651e-04
YDR502C 0.99953608 4.639192e-04
YEL021W 0.96356392 3.643608e-02
YEL039C 0.92642332 7.357668e-02
YER026C 0.79884196 2.011580e-01
YER086W 0.99960766 3.923433e-04
YER091C 1.00000000 2.399035e-23
YER179W 0.99999949 5.148602e-07
YFR030W 1.00000000 2.036708e-16
YGL009C 0.60119956 3.988004e-01
YGL073W 0.95352600 4.647400e-02
YGL213C 1.00000000 5.583893e-16
YGR019W 1.00000000 2.661186e-12
YGR044C 1.00000000 2.569935e-13
YGR088W 1.00000000 3.956854e-10
YGR121C 0.99999440 5.601749e-06
YGR157W 0.99998169 1.830771e-05
YGR233C 0.99999986 1.368040e-07
YGR281W 0.79864136 2.013586e-01
YHL022C 0.91831058 8.168942e-02
YHL036W 0.23966578 7.603342e-01
YHR007C 1.00000000 5.724637e-10
YHR008C 0.99811913 1.880866e-03
YHR014W 0.97565467 2.434533e-02
YHR037W 0.99963639 3.636060e-04
YHR136C 0.99836624 1.633756e-03
YHR153C 0.99030100 9.698997e-03
YIL015W 0.95499720 4.500280e-02
YIL046W 0.05756059 9.424394e-01
YIL072W 0.82065299 1.793470e-01
YIR017C 0.82480162 1.751984e-01
YIR034C 0.65039162 3.496084e-01
YJL106W 0.99924074 7.592590e-04
YJL117W 0.78471175 2.152882e-01
YJL153C 0.99999941 5.934010e-07
YJL219W 0.99026202 9.737980e-03
YJR010W 1.00000000 3.712456e-13
YJR048W 0.99985941 1.405852e-04
YJR073C 0.94905261 5.094739e-02
YJR094C 0.80343662 1.965634e-01
YJR137C 1.00000000 1.966747e-26
YJR152W 0.99992899 7.101326e-05
YKL001C 1.00000000 1.330082e-12
YKL182W 0.99526567 4.734330e-03
YKL216W 0.99900014 9.998582e-04
YKR039W 0.92248258 7.751742e-02
YKR069W 1.00000000 1.917592e-12
YLR081W 0.99999073 9.266571e-06
YLR142W 0.92753552 7.246448e-02
YLR180W 0.99998673 1.327079e-05
YLR263W 0.99999876 1.242556e-06
YLR303W 1.00000000 7.372052e-16
YLR329W 0.97710777 2.289223e-02
YLR420W 0.17310601 8.268940e-01
YLR438W 0.99869062 1.309378e-03
YML051W 0.57394814 4.260519e-01
YML054C 0.99999805 1.952714e-06
YML075C 1.00000000 3.410053e-30
YML123C 1.00000000 8.035801e-14
YMR108W 1.00000000 1.042169e-12
YMR133W 0.77972259 2.202774e-01
YNL052W 0.99999999 9.281239e-09
YNL104C 0.94313714 5.686286e-02
YNL142W 0.83204208 1.679579e-01
YNL210W 0.99999742 2.581516e-06
YNL241C 0.99423506 5.764941e-03
YNL277W 1.00000000 8.559193e-18
YNR001C 0.51634286 4.836571e-01
YNR050C 0.99999866 1.336978e-06
YOL006C 0.99647570 3.524304e-03
YOR065W 0.99916091 8.390938e-04
YOR120W 0.90741556 9.258444e-02
YOR153W 0.97727375 2.272625e-02
YOR328W 0.99991584 8.415648e-05
YOR351C 0.93031393 6.968607e-02
YOR375C 0.99999998 1.918064e-08
YPL111W 0.99995366 4.634156e-05
YPL231W 0.98759875 1.240125e-02
YPR065W 0.97314755 2.685245e-02
YPR138C 0.78627435 2.137257e-01
YPR145W 0.90945187 9.054813e-02
YPR167C 1.00000000 9.677088e-21

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET MET
 [73] MET CTL MET CTL MET CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  86  14
   MET   2   2
attr(,"error")
[1] 0.1538462



$max.p
[1] 15

$errors
   stepwise.lda pc.stepwise.lda permut.stepwise.lda permut.pc.stepwise.lda
1    0.06730769      0.08653846           0.1535577              0.1533654
2    0.05769231      0.06730769           0.1530769              0.1528846
3    0.03846154      0.06730769           0.1525962              0.1525000
4    0.03846154      0.05769231           0.1519231              0.1516346
5    0.03846154      0.04807692           0.1518269              0.1518269
6    0.02884615      0.04807692           0.1516346              0.1513462
7    0.02884615      0.04807692           0.1518269              0.1509615
8    0.02884615      0.03846154           0.1522115              0.1510577
9    0.02884615      0.02884615           0.1535577              0.1522115
10   0.02884615      0.02884615           0.1553846              0.1547115
11   0.04807692      0.03846154           0.1575962              0.1578846
12   0.04807692      0.03846154           0.1627885              0.1625000
13   0.05769231      0.04807692           0.1675962              0.1679808
14   0.06730769      0.06730769           0.1753846              0.1782692
15   0.07692308      0.07692308           0.1880769              0.1912500
   stepwise.qda pc.stepwise.qda permut.stepwise.qda permut.pc.stepwise.qda
1    0.07692308      0.09615385           0.1564423              0.1555769
2    0.03846154      0.06730769           0.1635577              0.1668269
3    0.05769231      0.05769231           0.1703846              0.1728846
4    0.06730769      0.07692308           0.1795192              0.1806731
5    0.04807692      0.06730769           0.1893269              0.1891346
6    0.04807692      0.06730769           0.2000962              0.1968269
7    0.07692308      0.09615385           0.2090385              0.2059615
8    0.07692308      0.05769231           0.2165385              0.2125962
9    0.07692308      0.05769231           0.2158654              0.2123077
10   0.09615385      0.09615385           0.2097115              0.2086538
11   0.11538462      0.12500000           0.2010577              0.2008654
12   0.12500000      0.12500000           0.1907692              0.1891346
13   0.13461538      0.14423077           0.1789423              0.1784615
14           NA              NA                 NaN                    NaN
15           NA              NA                 NaN                    NaN

$legend.labels
[1] "LDA"                   "LDA with PC"           "LDA, permuted"        
[4] "LDA with PC, permuted" "QDA"                   "QDA with PC"          
[7] "QDA, permuted"         "QDA with PC, permuted"

$confusion.table
                        p      error CTL.CTL CTL.MET MET.CTL MET.MET
stepwise.lda           10 0.02884615      88       0       3      13
pc.stepwise.lda        10 0.02884615      88       0       3      13
permut.stepwise.lda    12 0.15384615      88       0      16       0
permut.pc.stepwise.lda  9 0.15384615      88       0      16       0
stepwise.qda            2 0.03846154      86       2       2      14
pc.stepwise.qda         9 0.05769231      88       0       6      10
permut.stepwise.qda     1 0.16346154      87       1      16       0
permut.pc.stepwise.qda  9 0.15384615      86       2      14       2

$best.errors
[1] 0.02884615

$best.vars
 [1] 10 13 15  3  1 14  2  8  4  7

$best.method
[1] "stepwise.lda"

$best.pda
$best.pda$max.p
[1] 15

$best.pda$errors
 [1] 0.06730769 0.05769231 0.03846154 0.03846154 0.03846154 0.02884615
 [7] 0.02884615 0.02884615 0.02884615 0.02884615 0.04807692 0.04807692
[13] 0.05769231 0.06730769 0.07692308

$best.pda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET MET.CTL
1     1 0.0673076923076923        10        Met4p.1      86       2       5
2     2 0.0576923076923077        13       Met31p.1      86       2       4
3     3 0.0384615384615384        15       Met31p.3      87       1       3
4     4 0.0384615384615384         3        Pho4p.3      87       1       3
5     5 0.0384615384615384         1        Pho4p.1      87       1       3
6     6 0.0288461538461539        14       Met31p.2      88       0       3
7     7 0.0288461538461539         2        Pho4p.2      88       0       3
8     8 0.0288461538461539         8      Pho4p.t.2      88       0       3
9     9 0.0288461538461539         4      Pho4p.g.1      88       0       3
10   10 0.0288461538461539         7      Pho4p.t.1      88       0       3
11   11 0.0480769230769231         6      Pho4p.g.3      87       1       4
12   12 0.0480769230769231        12        Met4p.3      87       1       4
13   13 0.0576923076923077         9      Pho4p.t.3      86       2       4
14   14 0.0673076923076923         5      Pho4p.g.2      86       2       5
15   15 0.0769230769230769        11        Met4p.2      86       2       6
   MET.MET
1       11
2       12
3       13
4       13
5       13
6       13
7       13
8       13
9       13
10      13
11      12
12      12
13      12
14      11
15      10

$best.pda$best.pda
$best.pda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$best.pda$best.pda$posterior
                 CTL          MET
YAL038W 9.998441e-01 1.559445e-04
YAR071W 9.944603e-01 5.539666e-03
YBL005W 9.999845e-01 1.549470e-05
YBL030C 9.999816e-01 1.839188e-05
YBR006W 8.007493e-01 1.992507e-01
YBR018C 9.997546e-01 2.453806e-04
YBR020W 9.997878e-01 2.122091e-04
YBR093C 9.999052e-01 9.478761e-05
YBR115C 9.975078e-01 2.492237e-03
YBR184W 8.941150e-01 1.058850e-01
YBR213W 3.942353e-01 6.057647e-01
YBR296C 9.996461e-01 3.539168e-04
YCL018W 9.997786e-01 2.214325e-04
YDL131W 9.996998e-01 3.002195e-04
YDL182W 9.999807e-01 1.932325e-05
YDL205C 9.999984e-01 1.605257e-06
YDL210W 9.752387e-01 2.476126e-02
YDR011W 9.929356e-01 7.064368e-03
YDR044W 9.999817e-01 1.830839e-05
YDR234W 9.998135e-01 1.865130e-04
YDR285W 9.836691e-01 1.633089e-02
YDR406W 9.999964e-01 3.577037e-06
YDR481C 8.994232e-01 1.005768e-01
YDR502C 3.740198e-04 9.996260e-01
YEL021W 9.997637e-01 2.362789e-04
YEL039C 9.999927e-01 7.332375e-06
YER026C 9.995364e-01 4.636047e-04
YER086W 9.999226e-01 7.741304e-05
YER091C 2.516648e-01 7.483352e-01
YER179W 9.993915e-01 6.084800e-04
YFR030W 4.176241e-02 9.582376e-01
YGL009C 9.998077e-01 1.922671e-04
YGL073W 9.999860e-01 1.395852e-05
YGL213C 9.999999e-01 1.246041e-07
YGR019W 6.503831e-01 3.496169e-01
YGR044C 9.999560e-01 4.400284e-05
YGR088W 9.999932e-01 6.809431e-06
YGR121C 9.999997e-01 3.203614e-07
YGR157W 5.199444e-01 4.800556e-01
YGR233C 9.612763e-01 3.872375e-02
YGR281W 5.060143e-01 4.939857e-01
YHL022C 9.994690e-01 5.309933e-04
YHL036W 8.901186e-03 9.910988e-01
YHR007C 9.975435e-01 2.456511e-03
YHR008C 9.998460e-01 1.540400e-04
YHR014W 9.965702e-01 3.429762e-03
YHR037W 9.999305e-01 6.950261e-05
YHR136C 6.957849e-01 3.042151e-01
YHR153C 9.972171e-01 2.782934e-03
YIL015W 9.853507e-01 1.464928e-02
YIL046W 1.497088e-01 8.502912e-01
YIL072W 9.762086e-01 2.379142e-02
YIR017C 4.274250e-03 9.957257e-01
YIR034C 9.997345e-01 2.655312e-04
YJL106W 9.997735e-01 2.265221e-04
YJL117W 5.907102e-01 4.092898e-01
YJL153C 9.905087e-01 9.491301e-03
YJL219W 9.999389e-01 6.105668e-05
YJR010W 2.770959e-05 9.999723e-01
YJR048W 9.982313e-01 1.768686e-03
YJR073C 9.993986e-01 6.014232e-04
YJR094C 9.999956e-01 4.431541e-06
YJR137C 9.247854e-01 7.521456e-02
YJR152W 9.965560e-01 3.444003e-03
YKL001C 3.409493e-05 9.999659e-01
YKL182W 9.983394e-01 1.660613e-03
YKL216W 9.999746e-01 2.537753e-05
YKR039W 9.999996e-01 3.551050e-07
YKR069W 1.774628e-01 8.225372e-01
YLR081W 6.914409e-01 3.085591e-01
YLR142W 9.816201e-01 1.837985e-02
YLR180W 9.644708e-01 3.552917e-02
YLR263W 9.987588e-01 1.241205e-03
YLR303W 1.663793e-04 9.998336e-01
YLR329W 9.998253e-01 1.747104e-04
YLR420W 9.999935e-01 6.467035e-06
YLR438W 9.999232e-01 7.680542e-05
YML051W 9.999639e-01 3.609612e-05
YML054C 9.982225e-01 1.777451e-03
YML075C 9.998993e-01 1.007467e-04
YML123C 9.999817e-01 1.826131e-05
YMR108W 9.998134e-01 1.866048e-04
YMR133W 9.965078e-01 3.492186e-03
YNL052W 9.970184e-01 2.981647e-03
YNL104C 9.896589e-01 1.034109e-02
YNL142W 9.999974e-01 2.583246e-06
YNL210W 9.994815e-01 5.184689e-04
YNL241C 9.998769e-01 1.231280e-04
YNL277W 1.597830e-05 9.999840e-01
YNR001C 9.999874e-01 1.262737e-05
YNR050C 9.997677e-01 2.322953e-04
YOL006C 9.999818e-01 1.823411e-05
YOR065W 9.983009e-01 1.699120e-03
YOR120W 9.164428e-01 8.355718e-02
YOR153W 9.999435e-01 5.654219e-05
YOR328W 9.999542e-01 4.582466e-05
YOR351C 9.982969e-01 1.703072e-03
YOR375C 9.996983e-01 3.017027e-04
YPL111W 9.999590e-01 4.103924e-05
YPL231W 9.849565e-01 1.504347e-02
YPR065W 7.360097e-01 2.639903e-01
YPR138C 9.999984e-01 1.641831e-06
YPR145W 9.989286e-01 1.071421e-03
YPR167C 1.420426e-01 8.579574e-01

$best.pda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$best.pda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$best.pda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET

$best.pda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$best.pda$best.pda$loo
[1] TRUE

$best.pda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$best.pda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET
   CTL  88   3
   MET   0  13
attr(,"error")
[1] 0.02884615


$best.pda$best.p
[1] 10

$best.pda$best.vars
 [1] 10 13 15  3  1 14  2  8  4  7

$best.pda$best.var.names
 [1] "Met4p.1"   "Met31p.1"  "Met31p.3"  "Pho4p.3"   "Pho4p.1"   "Met31p.2" 
 [7] "Pho4p.2"   "Pho4p.t.2" "Pho4p.g.1" "Pho4p.t.1"

$best.pda$best.error
[1] 0.02884615

$best.pda$pc.transform
[1] FALSE

$best.pda$var.order
 [1] 10 13 15  3  1 14  2  8  4  7  6 12  9  5 11


