$stepwise.lda
$stepwise.lda$max.p
[1] 15

$stepwise.lda$errors
 [1] 0.14423077 0.06730769 0.05769231 0.05769231 0.05769231 0.05769231
 [7] 0.06730769 0.05769231 0.06730769 0.06730769 0.08653846 0.08653846
[13] 0.08653846 0.10576923 0.12500000

$stepwise.lda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO
1     1  0.144230769230769        10        Met4p.1      78       2       0
2     2 0.0673076923076923         4      Pho4p.g.1      77       1       2
3     3 0.0576923076923077         7      Pho4p.t.1      79       1       0
4     4 0.0576923076923077         9      Pho4p.t.3      79       1       0
5     5 0.0576923076923077         6      Pho4p.g.3      79       1       0
6     6 0.0576923076923077        12        Met4p.3      79       1       0
7     7 0.0673076923076923         1        Pho4p.1      78       1       1
8     8 0.0576923076923077         5      Pho4p.g.2      79       1       0
9     9 0.0673076923076923         2        Pho4p.2      79       1       0
10   10 0.0673076923076923         8      Pho4p.t.2      79       1       0
11   11 0.0865384615384616         3        Pho4p.3      77       3       0
12   12 0.0865384615384616        13       Met31p.1      77       3       0
13   13 0.0865384615384616        11        Met4p.2      77       3       0
14   14  0.105769230769231        15       Met31p.3      76       4       0
15   15              0.125        14       Met31p.2      76       4       0
   MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET PHO.PHO
1        5      11       0       7       1       0
2        3      12       1       0       0       8
3        3      12       1       0       1       7
4        3      12       1       0       1       7
5        3      12       1       0       1       7
6        3      12       1       0       1       7
7        3      12       1       0       1       7
8        4      12       0       0       1       7
9        3      12       1       1       1       6
10       3      12       1       1       1       6
11       3      12       1       1       1       6
12       3      12       1       1       1       6
13       4      11       1       1       0       7
14       4      11       1       1       1       6
15       5      10       1       0       3       5

$stepwise.lda$best.pda
$stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET MET CTL CTL
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET PHO

$stepwise.lda$best.pda$posterior
                 CTL          MET          PHO
YAL038W 6.485845e-01 7.197842e-03 3.442176e-01
YAR071W 8.669391e-05 2.725851e-04 9.996407e-01
YBL005W 9.997069e-01 2.928372e-04 2.218980e-07
YBL030C 9.995565e-01 4.421859e-04 1.345976e-06
YBR006W 8.854984e-01 1.144988e-01 2.772038e-06
YBR018C 9.997287e-01 2.711163e-04 2.310348e-07
YBR020W 9.996966e-01 3.031410e-04 2.936740e-07
YBR093C 5.410890e-05 2.235619e-05 9.999235e-01
YBR115C 9.997161e-01 2.836370e-04 2.973116e-07
YBR184W 7.172062e-01 2.827866e-01 7.140849e-06
YBR213W 8.491042e-01 1.508920e-01 3.720250e-06
YBR296C 3.779723e-03 1.644659e-04 9.960558e-01
YCL018W 9.987405e-01 1.259482e-03 1.604590e-08
YDL131W 9.948192e-01 5.179832e-03 9.498577e-07
YDL182W 9.983791e-01 1.585121e-03 3.576390e-05
YDL205C 9.999355e-01 6.440503e-05 4.617750e-08
YDL210W 9.962547e-01 3.745122e-03 1.415622e-07
YDR011W 9.963938e-01 3.605408e-03 7.496034e-07
YDR044W 9.997665e-01 2.334864e-04 2.266382e-08
YDR234W 9.879032e-01 1.189760e-02 1.991951e-04
YDR285W 9.954014e-01 4.598647e-03 1.443506e-09
YDR406W 9.995473e-01 4.525858e-04 1.482481e-07
YDR481C 5.184820e-02 3.374805e-03 9.447770e-01
YDR502C 2.167606e-01 7.832212e-01 1.814156e-05
YEL021W 9.994138e-01 5.862126e-04 1.693104e-09
YEL039C 9.973624e-01 2.637487e-03 1.567524e-07
YER026C 9.839413e-01 1.605035e-02 8.357853e-06
YER086W 9.997419e-01 2.581368e-04 5.800830e-11
YER091C 5.495037e-03 9.936889e-01 8.160862e-04
YER179W 9.999305e-01 6.946221e-05 5.718393e-08
YFR030W 4.331586e-03 9.956648e-01 3.631336e-06
YGL009C 9.999324e-01 6.756452e-05 8.801536e-10
YGL073W 6.983026e-01 2.658352e-01 3.586213e-02
YGL213C 8.869827e-01 6.264796e-03 1.067525e-01
YGR019W 9.983877e-01 1.611281e-03 1.011958e-06
YGR044C 9.533645e-01 1.447621e-02 3.215927e-02
YGR088W 9.944458e-01 5.518328e-03 3.584706e-05
YGR121C 9.999302e-01 6.950290e-05 3.243752e-07
YGR157W 9.453365e-01 5.462726e-02 3.624637e-05
YGR233C 2.756421e-03 2.035136e-01 7.937300e-01
YGR281W 9.530765e-01 4.662659e-02 2.969276e-04
YHL022C 9.999154e-01 8.458431e-05 9.442269e-10
YHL036W 8.547090e-02 8.541420e-01 6.038709e-02
YHR007C 9.723819e-01 2.760770e-02 1.043585e-05
YHR008C 9.900811e-01 9.909775e-03 9.118146e-06
YHR014W 9.293562e-01 7.064049e-02 3.344630e-06
YHR037W 9.796719e-01 1.846593e-02 1.862195e-03
YHR136C 7.735280e-04 9.582183e-01 4.100820e-02
YHR153C 9.981235e-01 1.822341e-03 5.411263e-05
YIL015W 9.973592e-01 2.640643e-03 1.215067e-07
YIL046W 4.962090e-01 1.631960e-02 4.874714e-01
YIL072W 9.971123e-01 2.887143e-03 5.685751e-07
YIR017C 6.323042e-02 9.367655e-01 4.073028e-06
YIR034C 9.918465e-01 5.178870e-03 2.974618e-03
YJL106W 9.977286e-01 2.268146e-03 3.279395e-06
YJL117W 8.586749e-03 7.116688e-02 9.202464e-01
YJL153C 9.624660e-01 3.752832e-02 5.667552e-06
YJL219W 9.982442e-01 1.663930e-03 9.182430e-05
YJR010W 1.226447e-03 9.987698e-01 3.706377e-06
YJR048W 9.799524e-01 2.004439e-02 3.214272e-06
YJR073C 8.851067e-01 1.033911e-01 1.150220e-02
YJR094C 9.990483e-01 8.671303e-04 8.452407e-05
YJR137C 1.626587e-01 8.356544e-01 1.686849e-03
YJR152W 8.142141e-01 1.857504e-01 3.546872e-05
YKL001C 8.115281e-04 9.991884e-01 7.041485e-08
YKL182W 9.894224e-01 1.057742e-02 1.686900e-07
YKL216W 9.999085e-01 9.149383e-05 1.279021e-08
YKR039W 9.998937e-01 1.062476e-04 5.972358e-09
YKR069W 5.630103e-03 8.653841e-01 1.289858e-01
YLR081W 1.350050e-01 8.649872e-01 7.765780e-06
YLR142W 8.864662e-01 1.135190e-01 1.489736e-05
YLR180W 9.982144e-01 3.628751e-04 1.422748e-03
YLR263W 9.993136e-01 6.864067e-04 9.158715e-09
YLR303W 1.215269e-02 9.878408e-01 6.516391e-06
YLR329W 9.979915e-01 2.006933e-03 1.533828e-06
YLR420W 9.993615e-01 6.351787e-04 3.281193e-06
YLR438W 9.973180e-01 2.584256e-03 9.772419e-05
YML051W 9.994514e-01 5.485681e-04 1.144484e-08
YML054C 9.787449e-01 1.413732e-02 7.117749e-03
YML075C 9.999712e-01 2.876555e-05 1.608916e-08
YML123C 6.242387e-06 3.024416e-06 9.999907e-01
YMR108W 9.968649e-01 3.135070e-03 3.759475e-09
YMR133W 9.950647e-01 4.935254e-03 5.772137e-09
YNL052W 9.845528e-01 1.544694e-02 2.941059e-07
YNL104C 3.698620e-01 3.603917e-01 2.697462e-01
YNL142W 9.992032e-01 7.967723e-04 2.522533e-09
YNL210W 9.998444e-01 1.556402e-04 9.507763e-09
YNL241C 9.998665e-01 9.181600e-05 4.166097e-05
YNL277W 1.336573e-04 9.998608e-01 5.571249e-06
YNR001C 9.999859e-01 1.400969e-05 1.301664e-07
YNR050C 9.386745e-01 1.070778e-02 5.061773e-02
YOL006C 9.971034e-01 2.892204e-03 4.347275e-06
YOR065W 6.311109e-01 2.567965e-01 1.120926e-01
YOR120W 9.987123e-01 1.287667e-03 3.176622e-08
YOR153W 9.856644e-01 1.428512e-02 5.052762e-05
YOR328W 9.960023e-01 3.994259e-03 3.464827e-06
YOR351C 9.911069e-01 8.892755e-03 3.309851e-07
YOR375C 9.992749e-01 4.150371e-04 3.100741e-04
YPL111W 9.999734e-01 2.654358e-05 4.053461e-08
YPL231W 9.879968e-01 1.107571e-02 9.275229e-04
YPR065W 8.515814e-01 1.484178e-01 8.387433e-07
YPR138C 9.999907e-01 9.291724e-06 9.920877e-10
YPR145W 9.875262e-01 1.241204e-02 6.173470e-05
YPR167C 3.954555e-01 6.045443e-01 1.705508e-07

$stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$stepwise.lda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET PHO

$stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  79   4   0
   MET   1  12   1
   PHO   0   0   7
attr(,"error")
[1] 0.05769231


$stepwise.lda$best.p
[1] 8

$stepwise.lda$best.vars
[1] 10  4  7  9  6 12  1  5

$stepwise.lda$best.var.names
[1] "Met4p.1"   "Pho4p.g.1" "Pho4p.t.1" "Pho4p.t.3" "Pho4p.g.3" "Met4p.3"  
[7] "Pho4p.1"   "Pho4p.g.2"

$stepwise.lda$best.error
[1] 0.05769231

$stepwise.lda$pc.transform
[1] FALSE

$stepwise.lda$var.order
 [1] 10  4  7  9  6 12  1  5  2  8  3 13 11 15 14


$pc.stepwise.lda
$pc.stepwise.lda$max.p
[1] 15

$pc.stepwise.lda$errors
 [1] 0.13461538 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.06730769
 [7] 0.07692308 0.06730769 0.05769231 0.06730769 0.06730769 0.07692308
[13] 0.07692308 0.07692308 0.12500000

$pc.stepwise.lda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO
1     1  0.134615384615385         2         Comp.2      78       2       0
2     2 0.0961538461538461         1         Comp.1      77       2       1
3     3 0.0769230769230769         6         Comp.6      79       1       0
4     4 0.0769230769230769         3         Comp.3      79       1       0
5     5 0.0673076923076923         7         Comp.7      78       1       1
6     6 0.0673076923076923         8         Comp.8      78       1       1
7     7 0.0769230769230769         4         Comp.4      77       2       1
8     8 0.0673076923076923        12        Comp.12      78       1       1
9     9 0.0576923076923077        13        Comp.13      78       1       1
10   10 0.0673076923076923         9         Comp.9      79       0       1
11   11 0.0673076923076923        15        Comp.15      78       1       1
12   12 0.0769230769230769        10        Comp.10      77       2       1
13   13 0.0769230769230769        11        Comp.11      78       1       1
14   14 0.0769230769230769        14        Comp.14      78       2       0
15   15              0.125         5         Comp.5      76       4       0
   MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET PHO.PHO
1        7       9       0       5       0       3
2        3      12       1       1       2       5
3        3      12       1       1       2       5
4        3      12       1       1       2       5
5        3      12       1       0       1       7
6        3      12       1       0       1       7
7        3      12       1       0       1       7
8        3      12       1       0       1       7
9        3      12       1       0       0       8
10       4      11       1       0       1       7
11       3      12       1       0       1       7
12       3      12       1       0       1       7
13       4      11       1       0       1       7
14       3      12       1       1       1       6
15       5      10       1       0       3       5

$pc.stepwise.lda$best.pda
$pc.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] PHO PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL MET PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL PHO CTL MET CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$pc.stepwise.lda$best.pda$posterior
                 CTL          MET          PHO
YAL038W 2.019834e-01 3.727701e-03 7.942889e-01
YAR071W 5.162272e-05 3.884585e-05 9.999095e-01
YBL005W 9.999986e-01 1.427362e-06 1.161877e-08
YBL030C 9.998237e-01 1.761690e-04 1.505603e-07
YBR006W 9.884882e-01 1.151107e-02 6.849292e-07
YBR018C 9.995610e-01 4.387864e-04 2.089516e-07
YBR020W 9.994646e-01 5.353203e-04 1.018906e-07
YBR093C 2.007511e-04 8.752138e-05 9.997117e-01
YBR115C 9.950252e-01 4.974826e-03 2.350883e-08
YBR184W 5.852446e-01 4.147530e-01 2.377268e-06
YBR213W 1.823968e-01 8.176029e-01 2.711952e-07
YBR296C 6.134163e-06 1.005397e-04 9.998933e-01
YCL018W 9.991002e-01 8.997974e-04 8.717721e-09
YDL131W 9.992557e-01 7.438304e-04 5.154061e-07
YDL182W 9.994262e-01 5.209699e-04 5.283851e-05
YDL205C 9.999955e-01 4.490968e-06 1.255588e-08
YDL210W 9.978479e-01 2.151975e-03 1.533424e-07
YDR011W 9.991389e-01 8.610636e-04 2.441086e-08
YDR044W 9.999012e-01 9.879098e-05 8.422557e-10
YDR234W 9.945219e-01 5.469051e-03 9.002858e-06
YDR285W 9.942834e-01 5.716646e-03 9.717697e-10
YDR406W 9.999864e-01 1.353607e-05 1.891081e-08
YDR481C 2.302133e-01 1.008433e-01 6.689434e-01
YDR502C 3.606283e-03 9.963895e-01 4.242286e-06
YEL021W 9.993328e-01 6.672436e-04 3.329758e-09
YEL039C 9.999850e-01 1.503275e-05 6.810171e-09
YER026C 9.846303e-01 1.536784e-02 1.810255e-06
YER086W 9.999898e-01 1.024644e-05 2.417076e-12
YER091C 2.099483e-04 9.997832e-01 6.831924e-06
YER179W 9.983698e-01 1.629833e-03 3.368260e-07
YFR030W 4.436817e-02 9.555980e-01 3.387270e-05
YGL009C 9.979764e-01 2.023582e-03 3.747198e-09
YGL073W 9.908426e-01 1.458275e-03 7.699151e-03
YGL213C 9.984858e-01 9.841784e-05 1.415803e-03
YGR019W 6.708367e-01 3.283461e-01 8.172468e-04
YGR044C 8.220723e-01 1.778387e-01 8.905474e-05
YGR088W 9.998919e-01 1.044945e-04 3.628203e-06
YGR121C 9.999977e-01 2.315164e-06 2.032179e-08
YGR157W 8.508226e-02 9.149174e-01 3.565670e-07
YGR233C 7.115711e-02 4.388395e-01 4.900034e-01
YGR281W 9.087304e-01 9.120976e-02 5.984086e-05
YHL022C 9.996202e-01 3.797986e-04 7.987339e-10
YHL036W 5.505464e-02 9.263593e-01 1.858609e-02
YHR007C 9.920459e-01 7.945851e-03 8.216760e-06
YHR008C 9.996161e-01 3.833532e-04 5.257140e-07
YHR014W 9.938794e-01 6.119310e-03 1.311689e-06
YHR037W 9.874840e-01 1.210597e-02 4.100759e-04
YHR136C 1.682793e-02 3.230322e-01 6.601399e-01
YHR153C 9.844553e-01 1.545424e-02 9.047856e-05
YIL015W 9.912071e-01 8.792609e-03 3.252299e-07
YIL046W 2.778070e-02 4.303770e-02 9.291816e-01
YIL072W 9.906748e-01 9.324639e-03 5.643168e-07
YIR017C 7.572259e-03 9.924247e-01 3.057748e-06
YIR034C 7.384865e-01 9.957066e-02 1.619428e-01
YJL106W 9.988444e-01 1.150199e-03 5.418577e-06
YJL117W 6.367000e-03 4.844480e-01 5.091850e-01
YJL153C 9.423344e-01 5.766363e-02 1.989734e-06
YJL219W 9.982409e-01 1.694528e-03 6.455719e-05
YJR010W 1.627286e-03 9.983706e-01 2.076794e-06
YJR048W 9.970857e-01 2.913451e-03 8.258799e-07
YJR073C 9.569775e-01 8.701559e-03 3.432091e-02
YJR094C 9.998787e-01 1.169137e-04 4.427601e-06
YJR137C 3.531031e-01 6.438079e-01 3.088995e-03
YJR152W 9.576748e-01 4.228114e-02 4.409841e-05
YKL001C 5.267909e-02 9.473075e-01 1.340632e-05
YKL182W 9.998564e-01 1.435543e-04 1.017198e-08
YKL216W 9.999304e-01 6.961699e-05 3.096136e-09
YKR039W 9.999995e-01 5.271045e-07 4.269681e-11
YKR069W 9.156029e-02 8.890260e-01 1.941374e-02
YLR081W 9.091352e-01 9.086280e-02 2.014265e-06
YLR142W 9.639675e-01 3.601177e-02 2.068932e-05
YLR180W 9.772944e-01 6.346279e-03 1.635935e-02
YLR263W 9.894916e-01 1.050832e-02 3.637447e-08
YLR303W 1.798148e-02 9.817526e-01 2.658784e-04
YLR329W 9.990253e-01 9.739251e-04 8.216125e-07
YLR420W 9.997992e-01 2.004653e-04 3.609313e-07
YLR438W 9.963190e-01 3.581450e-03 9.951937e-05
YML051W 9.999386e-01 6.142283e-05 5.130182e-09
YML054C 8.605107e-01 1.381909e-01 1.298425e-03
YML075C 9.971193e-01 2.880585e-03 1.378132e-07
YML123C 6.449575e-09 1.571122e-07 9.999998e-01
YMR108W 9.985424e-01 1.457186e-03 4.406785e-07
YMR133W 9.990201e-01 9.799089e-04 6.652140e-10
YNL052W 9.994508e-01 5.486298e-04 5.589629e-07
YNL104C 9.182161e-01 1.446105e-02 6.732284e-02
YNL142W 9.999980e-01 2.042118e-06 3.273773e-10
YNL210W 9.983052e-01 1.694755e-03 1.775090e-09
YNL241C 9.999221e-01 7.497747e-05 2.898416e-06
YNL277W 1.381718e-05 9.999835e-01 2.703388e-06
YNR001C 9.986763e-01 1.323464e-03 2.591257e-07
YNR050C 9.453301e-01 5.393313e-02 7.367753e-04
YOL006C 9.998260e-01 1.668237e-04 7.213785e-06
YOR065W 8.596442e-01 1.286045e-01 1.175132e-02
YOR120W 9.941691e-01 5.830144e-03 7.966427e-07
YOR153W 9.963434e-01 3.631886e-03 2.473837e-05
YOR328W 9.992998e-01 6.995102e-04 6.923988e-07
YOR351C 9.998474e-01 1.526234e-04 9.520342e-09
YOR375C 9.385803e-01 6.108267e-02 3.370394e-04
YPL111W 9.996250e-01 3.749396e-04 2.526468e-08
YPL231W 9.927868e-01 5.460222e-03 1.753002e-03
YPR065W 9.711904e-01 2.879888e-02 1.070680e-05
YPR138C 9.999794e-01 2.055463e-05 1.508630e-09
YPR145W 9.492499e-01 5.029223e-02 4.578741e-04
YPR167C 9.928844e-01 7.100074e-03 1.555414e-05

$pc.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$pc.stepwise.lda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$pc.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET PHO

$pc.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$pc.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$pc.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$pc.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  78   3   0
   MET   1  12   0
   PHO   1   1   8
attr(,"error")
[1] 0.05769231


$pc.stepwise.lda$best.p
[1] 9

$pc.stepwise.lda$best.vars
[1]  2  1  6  3  7  8  4 12 13

$pc.stepwise.lda$best.var.names
[1] "Comp.2"  "Comp.1"  "Comp.6"  "Comp.3"  "Comp.7"  "Comp.8"  "Comp.4" 
[8] "Comp.12" "Comp.13"

$pc.stepwise.lda$best.error
[1] 0.05769231

$pc.stepwise.lda$pc.transform
[1] TRUE

$pc.stepwise.lda$var.order
 [1]  2  1  6  3  7  8  4 12 13  9 15 10 11 14  5


$permut.stepwise.lda
$permut.stepwise.lda$confusion.table
        error CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET
1   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
2   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
3   0.2211538      79       1       0      15       1       0       7       0
4   0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
5   0.2211538      80       0       0      15       1       0       7       1
6   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
7   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
8   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
9   0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
10  0.2115385      79       1       0      13       3       0       8       0
11  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
12  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
13  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
14  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
15  0.2211538      79       1       0      13       2       1       7       1
16  0.2307692      80       0       0      16       0       0       7       1
17  0.2307692      77       3       0      13       3       0       7       1
18  0.2211538      79       0       1      14       2       0       7       1
19  0.2211538      80       0       0      16       0       0       7       0
20  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
21  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
22  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
23  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
24  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
25  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
26  0.2211538      79       1       0      14       2       0       8       0
27  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
28  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
29  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
30  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
31  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
32  0.2115385      78       2       0      12       4       0       7       1
33  0.1923077      79       1       0      11       5       0       8       0
34  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
35  0.2115385      78       0       2      15       0       1       4       0
36  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
37  0.2211538      78       2       0      13       3       0       8       0
38  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
39  0.2211538      80       0       0      16       0       0       7       0
40  0.2307692      80       0       0      15       0       1       7       1
41  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
42  0.2019231      80       0       0      13       3       0       8       0
43  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
44  0.2211538      79       1       0      14       2       0       7       1
45  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
46  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
47  0.2307692      80       0       0      14       0       2       7       1
48  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
49  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
50  0.2211538      78       1       1      13       3       0       8       0
51  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
52  0.2307692      79       0       1      15       0       1       7       0
53  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
54  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
55  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
56  0.2115385      79       0       1      16       0       0       5       0
57  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
58  0.2211538      78       2       0      13       3       0       7       1
59  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
60  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
61  0.2307692      80       0       0      15       0       1       7       1
62  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
63  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
64  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
65  0.2307692      79       0       1      15       1       0       8       0
66  0.2211538      80       0       0      16       0       0       7       0
67  0.2211538      80       0       0      15       1       0       7       1
68  0.2307692      79       1       0      15       1       0       8       0
69  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
70  0.2115385      79       1       0      13       2       1       6       1
71  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
72  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
73  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
74  0.2307692      80       0       0      16       0       0       7       1
75  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
76  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
77  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
78  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
79  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
80  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
81  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
82  0.2115385      80       0       0      14       2       0       8       0
83  0.2115385      79       1       0      13       3       0       8       0
84  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
85  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
86  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
87  0.2307692      77       3       0      13       3       0       8       0
88  0.2307692      80       0       0      16       0       0       7       1
89  0.2115385      77       3       0      11       5       0       8       0
90  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
91  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
92  0.2211538      80       0       0      16       0       0       7       0
93  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
94  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
95  0.2307692      79       1       0      15       1       0       8       0
96  0.2115385      80       0       0      14       2       0       8       0
97  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
98  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
99  0.2307692      80       0       0      16       0       0       7       1
100 0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
    PHO.PHO
1         0
2         0
3         1
4         0
5         0
6         0
7         0
8         0
9         0
10        0
11        0
12        0
13        0
14        0
15        0
16        0
17        0
18        0
19        1
20        0
21        0
22        0
23        0
24        0
25        0
26        0
27        0
28        0
29        0
30        0
31        0
32        0
33        0
34        0
35        4
36        0
37        0
38        0
39        1
40        0
41        0
42        0
43        0
44        0
45        0
46        0
47        0
48        0
49        0
50        0
51        0
52        1
53        0
54        0
55        0
56        3
57        0
58        0
59        0
60        0
61        0
62        0
63        0
64        0
65        0
66        1
67        0
68        0
69        0
70        1
71        0
72        0
73        0
74        0
75        0
76        0
77        0
78        0
79        0
80        0
81        0
82        0
83        0
84        0
85        0
86        0
87        0
88        0
89        0
90        0
91        0
92        1
93        0
94        0
95        0
96        0
97        0
98        0
99        0
100       0

$permut.stepwise.lda$errors
    permut.1  permut.2  permut.3  permut.4  permut.5  permut.6  permut.7
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
7  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692
8  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692
9  0.2403846 0.2403846 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2307692
10 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2500000 0.2500000 0.2403846
11 0.2403846 0.2596154 0.2211538 0.2596154 0.2692308 0.2596154 0.2500000
12 0.2596154 0.2788462 0.2211538 0.2596154 0.2692308 0.2692308 0.2500000
13 0.2596154 0.2980769 0.2403846 0.2692308 0.2884615 0.2692308 0.2692308
14 0.2788462 0.3173077 0.2403846 0.2692308 0.2884615 0.2788462 0.2692308
15 0.2884615 0.3365385 0.2884615 0.3365385 0.3269231 0.2788462 0.2884615
    permut.8  permut.9 permut.10 permut.11 permut.12 permut.13 permut.14
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
7  0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
8  0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692
9  0.2403846 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2211538 0.2403846 0.2307692
10 0.2500000 0.2596154 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692
11 0.2596154 0.2596154 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2307692
12 0.2692308 0.2692308 0.2596154 0.2500000 0.2500000 0.2692308 0.2500000
13 0.2788462 0.2692308 0.2692308 0.2596154 0.2596154 0.2884615 0.2692308
14 0.2884615 0.2596154 0.2884615 0.2500000 0.2692308 0.3173077 0.2692308
15 0.3076923 0.2788462 0.3076923 0.2692308 0.2884615 0.3173077 0.2884615
   permut.15 permut.16 permut.17 permut.18 permut.19 permut.20 permut.21
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
7  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
8  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
9  0.2211538 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
10 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2500000 0.2403846
11 0.2307692 0.2596154 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2500000
12 0.2500000 0.2596154 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2596154
13 0.2692308 0.2692308 0.2403846 0.2596154 0.2403846 0.2692308 0.2596154
14 0.2788462 0.2788462 0.2788462 0.2788462 0.2596154 0.2788462 0.2980769
15 0.2884615 0.2884615 0.3076923 0.3076923 0.2884615 0.2788462 0.3269231
   permut.22 permut.23 permut.24 permut.25 permut.26 permut.27 permut.28
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2403846 0.2307692
7  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846
8  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2403846
9  0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2403846 0.2500000 0.2403846
10 0.2403846 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2500000 0.2500000
11 0.2500000 0.2500000 0.2500000 0.2596154 0.2403846 0.2500000 0.2596154
12 0.2596154 0.2596154 0.2596154 0.2692308 0.2500000 0.2596154 0.2692308
13 0.2596154 0.2596154 0.2596154 0.2884615 0.2500000 0.2692308 0.2884615
14 0.2788462 0.2596154 0.2692308 0.2980769 0.2500000 0.2692308 0.2788462
15 0.2980769 0.2596154 0.2788462 0.3076923 0.2692308 0.3269231 0.3076923
   permut.29 permut.30 permut.31 permut.32 permut.33 permut.34 permut.35
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2115385
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2307692 0.2115385
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.1923077 0.2307692 0.2115385
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2019231 0.2307692 0.2211538
7  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2019231 0.2307692 0.2211538
8  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2115385 0.2307692 0.2211538
9  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2403846 0.2211538
10 0.2403846 0.2500000 0.2403846 0.2115385 0.2403846 0.2403846 0.2307692
11 0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2115385 0.2500000 0.2403846 0.2403846
12 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2211538 0.2500000 0.2403846 0.2500000
13 0.2500000 0.2403846 0.2596154 0.2403846 0.2596154 0.2403846 0.2500000
14 0.2692308 0.2596154 0.2692308 0.2211538 0.2692308 0.2596154 0.2596154
15 0.2884615 0.2884615 0.3076923 0.2500000 0.2788462 0.2692308 0.3173077
   permut.36 permut.37 permut.38 permut.39 permut.40 permut.41 permut.42
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385
3  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385
4  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2019231
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2019231
7  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2019231
8  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2019231
9  0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2019231
10 0.2500000 0.2596154 0.2307692 0.2692308 0.2307692 0.2403846 0.2115385
11 0.2596154 0.2692308 0.2403846 0.2788462 0.2403846 0.2403846 0.2115385
12 0.2692308 0.2788462 0.2403846 0.2692308 0.2500000 0.2403846 0.2115385
13 0.2788462 0.2884615 0.2500000 0.2692308 0.2596154 0.2500000 0.2211538
14 0.2980769 0.2980769 0.2500000 0.2788462 0.2884615 0.2596154 0.2211538
15 0.3173077 0.3076923 0.2788462 0.3076923 0.3076923 0.2788462 0.2500000
   permut.43 permut.44 permut.45 permut.46 permut.47 permut.48 permut.49
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
7  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
8  0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
9  0.2500000 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2307692
10 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2307692
11 0.2500000 0.2307692 0.2500000 0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2307692
12 0.2500000 0.2500000 0.2596154 0.2596154 0.2692308 0.2596154 0.2403846
13 0.2500000 0.2596154 0.2692308 0.2692308 0.2692308 0.2500000 0.2500000
14 0.2596154 0.2884615 0.2788462 0.2884615 0.2788462 0.2692308 0.2596154
15 0.2596154 0.3173077 0.2980769 0.3076923 0.3076923 0.3076923 0.2692308
   permut.50 permut.51 permut.52 permut.53 permut.54 permut.55 permut.56
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
6  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
7  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2115385
8  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2211538
9  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2403846 0.2596154 0.2307692
10 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2596154 0.2500000 0.2692308 0.2307692
11 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2692308 0.2500000 0.2788462 0.2307692
12 0.2500000 0.2500000 0.2596154 0.2692308 0.2788462 0.2884615 0.2403846
13 0.2596154 0.2500000 0.2884615 0.2884615 0.2788462 0.2884615 0.2500000
14 0.2788462 0.2692308 0.2884615 0.2884615 0.2884615 0.2884615 0.2596154
15 0.2980769 0.2692308 0.3076923 0.3076923 0.2980769 0.2884615 0.2884615
   permut.57 permut.58 permut.59 permut.60 permut.61 permut.62 permut.63
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
7  0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
8  0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
9  0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2307692
10 0.2500000 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2403846
11 0.2692308 0.2596154 0.2307692 0.2403846 0.2596154 0.2500000 0.2500000
12 0.2692308 0.2596154 0.2403846 0.2403846 0.2788462 0.2596154 0.2596154
13 0.2884615 0.2788462 0.2500000 0.2500000 0.2884615 0.2788462 0.2692308
14 0.2788462 0.2788462 0.2692308 0.2500000 0.3173077 0.2980769 0.2788462
15 0.3076923 0.2884615 0.3173077 0.2884615 0.3173077 0.3269231 0.3076923
   permut.64 permut.65 permut.66 permut.67 permut.68 permut.69 permut.70
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2403846 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385
7  0.2307692 0.2403846 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385
8  0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2211538
9  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2211538
10 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2307692
11 0.2500000 0.2403846 0.2500000 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2403846
12 0.2596154 0.2500000 0.2596154 0.2500000 0.2596154 0.2403846 0.2500000
13 0.2692308 0.2596154 0.2692308 0.2307692 0.2500000 0.2500000 0.2596154
14 0.2692308 0.2788462 0.2884615 0.2692308 0.2596154 0.2596154 0.2692308
15 0.2884615 0.2884615 0.2884615 0.2788462 0.2692308 0.2788462 0.2980769
   permut.71 permut.72 permut.73 permut.74 permut.75 permut.76 permut.77
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
7  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
8  0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846
9  0.2500000 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000
10 0.2500000 0.2403846 0.2596154 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2500000
11 0.2500000 0.2403846 0.2692308 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2596154
12 0.2692308 0.2403846 0.2788462 0.2596154 0.2500000 0.2403846 0.2596154
13 0.2788462 0.2500000 0.3076923 0.2596154 0.2596154 0.2403846 0.2692308
14 0.2980769 0.2692308 0.3173077 0.2596154 0.2788462 0.2403846 0.2692308
15 0.2980769 0.2788462 0.3365385 0.2788462 0.2788462 0.2596154 0.2788462
   permut.78 permut.79 permut.80 permut.81 permut.82 permut.83 permut.84
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2307692
2  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2115385 0.2307692
3  0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2115385 0.2307692
4  0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2115385 0.2307692
5  0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2307692
6  0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2115385 0.2307692
7  0.2307692 0.2211538 0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692
8  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2115385 0.2307692 0.2307692
9  0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2115385 0.2500000 0.2307692
10 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2307692
11 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2596154 0.2307692 0.2692308 0.2403846
12 0.2500000 0.2500000 0.2500000 0.2596154 0.2307692 0.2692308 0.2403846
13 0.2596154 0.2692308 0.2596154 0.2788462 0.2307692 0.2692308 0.2403846
14 0.2788462 0.2692308 0.2500000 0.2980769 0.2596154 0.2692308 0.2500000
15 0.2884615 0.2788462 0.2500000 0.2884615 0.2884615 0.3269231 0.2500000
   permut.85 permut.86 permut.87 permut.88 permut.89 permut.90 permut.91
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
7  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692
8  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
9  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
10 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2403846 0.2307692
11 0.2596154 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2307692
12 0.2692308 0.2596154 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2403846
13 0.2788462 0.2596154 0.2403846 0.2403846 0.2403846 0.2596154 0.2500000
14 0.2788462 0.2692308 0.2596154 0.2403846 0.2596154 0.2884615 0.2500000
15 0.2884615 0.3076923 0.2788462 0.2596154 0.2980769 0.2788462 0.2596154
   permut.92 permut.93 permut.94 permut.95 permut.96 permut.97 permut.98
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692
6  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692
7  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
8  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
9  0.2596154 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2403846 0.2307692
10 0.2692308 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2403846
11 0.2788462 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2596154 0.2403846 0.2596154
12 0.2884615 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2692308 0.2500000 0.2692308
13 0.2884615 0.2596154 0.2596154 0.2500000 0.2980769 0.2596154 0.2788462
14 0.2980769 0.2788462 0.2596154 0.2596154 0.3076923 0.2692308 0.2980769
15 0.3173077 0.3076923 0.2884615 0.2596154 0.3269231 0.2788462 0.2980769
   permut.99 permut.100  err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.2307692  0.2307692 0.2300962 0.002819122 0.0002819122
2  0.2307692  0.2307692 0.2294231 0.004326114 0.0004326114
3  0.2307692  0.2307692 0.2286538 0.004847350 0.0004847350
4  0.2307692  0.2307692 0.2284615 0.005314225 0.0005314225
5  0.2307692  0.2307692 0.2277885 0.006927689 0.0006927689
6  0.2307692  0.2307692 0.2279808 0.007140122 0.0007140122
7  0.2307692  0.2307692 0.2293269 0.007407182 0.0007407182
8  0.2307692  0.2403846 0.2313462 0.007587180 0.0007587180
9  0.2307692  0.2403846 0.2349038 0.009973423 0.0009973423
10 0.2403846  0.2500000 0.2407692 0.011263229 0.0011263229
11 0.2307692  0.2596154 0.2467308 0.013405924 0.0013405924
12 0.2403846  0.2692308 0.2547115 0.014169620 0.0014169620
13 0.2500000  0.2980769 0.2632692 0.017002841 0.0017002841
14 0.2596154  0.2692308 0.2734615 0.018604809 0.0018604809
15 0.2788462  0.3076923 0.2926923 0.020785987 0.0020785987

$permut.stepwise.lda$best.p
[1] 7

$permut.stepwise.lda$best.error
[1] 0.2307692

$permut.stepwise.lda$best.pda
$permut.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$permut.stepwise.lda$best.pda$posterior
              CTL        MET         PHO
YAL038W 0.9806447 0.01258777 0.006767533
YAR071W 0.8960760 0.03636034 0.067563663
YBL005W 0.8026049 0.18042887 0.016966214
YBL030C 0.7792998 0.17652493 0.044175261
YBR006W 0.8240754 0.12913323 0.046791328
YBR018C 0.8207792 0.14730526 0.031915540
YBR020W 0.7492386 0.20164028 0.049121127
YBR093C 0.7870711 0.08836282 0.124566091
YBR115C 0.7391687 0.19340550 0.067425760
YBR184W 0.7072679 0.20364874 0.089083406
YBR213W 0.6475200 0.21222956 0.140250438
YBR296C 0.5300210 0.12419136 0.345787678
YCL018W 0.8027951 0.15916724 0.038037667
YDL131W 0.7348397 0.16983157 0.095328688
YDL182W 0.7980466 0.16455573 0.037397647
YDL205C 0.8993575 0.09054917 0.010093286
YDL210W 0.6917326 0.24372611 0.064541329
YDR011W 0.8582574 0.09680223 0.044940366
YDR044W 0.6654858 0.26357690 0.070937341
YDR234W 0.7830890 0.14926798 0.067643010
YDR285W 0.7286656 0.22770089 0.043633496
YDR406W 0.7575186 0.18453469 0.057946688
YDR481C 0.5935098 0.08912548 0.317364751
YDR502C 0.5868840 0.28001435 0.133101617
YEL021W 0.7869407 0.18658525 0.026474044
YEL039C 0.8886229 0.09148770 0.019889434
YER026C 0.7443072 0.18416648 0.071526306
YER086W 0.7043638 0.24576557 0.049870647
YER091C 0.8420213 0.07625820 0.081720465
YER179W 0.8465262 0.12154669 0.031927157
YFR030W 0.6111266 0.29990272 0.088970629
YGL009C 0.8310878 0.15417841 0.014733809
YGL073W 0.6845050 0.12153644 0.193958599
YGL213C 0.9333319 0.02060262 0.046065480
YGR019W 0.8980063 0.09138989 0.010603801
YGR044C 0.8585222 0.11724122 0.024236613
YGR088W 0.9084093 0.04859461 0.042996049
YGR121C 0.8544516 0.11386454 0.031683819
YGR157W 0.8925540 0.08501320 0.022432811
YGR233C 0.8492010 0.01679672 0.134002314
YGR281W 0.6339013 0.15453014 0.211568562
YHL022C 0.7717266 0.19044269 0.037830712
YHL036W 0.6347566 0.15752128 0.207722161
YHR007C 0.7686873 0.16597471 0.065337955
YHR008C 0.7536599 0.15535734 0.090982772
YHR014W 0.7952408 0.15458680 0.050172417
YHR037W 0.9163911 0.06539825 0.018210662
YHR136C 0.5965003 0.32830174 0.075198005
YHR153C 0.7331703 0.20228661 0.064543109
YIL015W 0.6460806 0.29859727 0.055322154
YIL046W 0.5501773 0.06971815 0.380104564
YIL072W 0.7401217 0.16781167 0.092066602
YIR017C 0.6879103 0.16091796 0.151171772
YIR034C 0.8361068 0.11429882 0.049594376
YJL106W 0.8375309 0.12367171 0.038797354
YJL117W 0.8667998 0.03966343 0.093536748
YJL153C 0.7121485 0.21890257 0.068948881
YJL219W 0.8052499 0.13477509 0.059975019
YJR010W 0.5779427 0.10192040 0.320136883
YJR048W 0.7235419 0.17717631 0.099281751
YJR073C 0.6292883 0.21913286 0.151578841
YJR094C 0.7457844 0.17556923 0.078646374
YJR137C 0.6570987 0.19873468 0.144166584
YJR152W 0.6798356 0.21995860 0.100205824
YKL001C 0.8110554 0.08583187 0.103112687
YKL182W 0.7323410 0.18875589 0.078903142
YKL216W 0.8318571 0.12147143 0.046671422
YKR039W 0.8939368 0.09164976 0.014413481
YKR069W 0.8663800 0.02164635 0.111973621
YLR081W 0.8356094 0.10171531 0.062675244
YLR142W 0.7562538 0.17422269 0.069523532
YLR180W 0.6987924 0.18299317 0.118214391
YLR263W 0.8250969 0.13667116 0.038231952
YLR303W 0.7598908 0.06736300 0.172746159
YLR329W 0.8697842 0.09406536 0.036150399
YLR420W 0.8597433 0.10208608 0.038170651
YLR438W 0.8687994 0.10372301 0.027477554
YML051W 0.7857566 0.17252313 0.041720227
YML054C 0.7393715 0.10253804 0.158090421
YML075C 0.7142690 0.25467913 0.031051856
YML123C 0.4622362 0.22350584 0.314257983
YMR108W 0.7732616 0.19892861 0.027809809
YMR133W 0.7416318 0.21382777 0.044540449
YNL052W 0.8460474 0.13121322 0.022739349
YNL104C 0.6522988 0.12214930 0.225551876
YNL142W 0.8076526 0.16120891 0.031138536
YNL210W 0.7507159 0.19908110 0.050203000
YNL241C 0.8558584 0.10558949 0.038552126
YNL277W 0.4268156 0.26949032 0.303694076
YNR001C 0.8168189 0.17182671 0.011354396
YNR050C 0.9036009 0.08395519 0.012443950
YOL006C 0.7987511 0.17776464 0.023484228
YOR065W 0.7355948 0.19033246 0.074072724
YOR120W 0.8171775 0.15167989 0.031142636
YOR153W 0.6333146 0.31455441 0.052130976
YOR328W 0.9117316 0.05845822 0.029810191
YOR351C 0.6991748 0.23779358 0.063031639
YOR375C 0.8240556 0.15313461 0.022809793
YPL111W 0.8872643 0.09209971 0.020635953
YPL231W 0.6043832 0.25150570 0.144111052
YPR065W 0.8698459 0.10369760 0.026456497
YPR138C 0.7602012 0.21389641 0.025902367
YPR145W 0.8393956 0.12790393 0.032700467
YPR167C 0.7122801 0.20304828 0.084671590

$permut.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL PHO CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET MET PHO PHO PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] MET MET MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] PHO CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL
Levels: CTL MET PHO

$permut.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$permut.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  80  16   8
   MET   0   0   0
   PHO   0   0   0
attr(,"error")
[1] 0.2307692



$permut.pc.stepwise.lda
$permut.pc.stepwise.lda$confusion.table
        error CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET
1   0.2019231      78       2       0      11       5       0       6       2
2   0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
3   0.1923077      80       0       0      12       4       0       8       0
4   0.2211538      79       1       0      13       2       1       8       0
5   0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
6   0.2115385      79       1       0      13       3       0       8       0
7   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
8   0.2115385      80       0       0      14       2       0       8       0
9   0.2115385      78       2       0      12       4       0       8       0
10  0.2211538      80       0       0      15       0       1       7       0
11  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
12  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
13  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
14  0.2115385      80       0       0      12       2       2       7       1
15  0.2115385      79       1       0      13       3       0       8       0
16  0.2307692      79       1       0      15       1       0       8       0
17  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
18  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
19  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
20  0.2307692      79       1       0      15       1       0       8       0
21  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
22  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
23  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
24  0.2115385      79       1       0      12       3       1       8       0
25  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
26  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
27  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
28  0.2307692      80       0       0      16       0       0       7       1
29  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
30  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
31  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
32  0.2307692      80       0       0      15       0       1       7       1
33  0.2115385      80       0       0      14       2       0       8       0
34  0.2115385      79       1       0      13       3       0       8       0
35  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
36  0.2307692      79       1       0      15       1       0       7       1
37  0.2307692      79       0       1      15       0       1       7       0
38  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
39  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
40  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
41  0.2019231      80       0       0      13       3       0       8       0
42  0.2211538      80       0       0      16       0       0       7       0
43  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
44  0.2211538      80       0       0      14       1       1       7       1
45  0.2307692      79       1       0      15       1       0       8       0
46  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
47  0.2115385      77       1       2      13       3       0       6       0
48  0.2211538      79       0       1      16       0       0       6       0
49  0.2211538      80       0       0      14       1       1       8       0
50  0.2115385      80       0       0      14       1       1       7       0
51  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
52  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
53  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
54  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
55  0.2211538      77       3       0      14       1       1       5       0
56  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
57  0.2307692      77       0       3      13       2       1       6       1
58  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
59  0.2307692      79       1       0      15       1       0       8       0
60  0.2115385      78       2       0      12       4       0       8       0
61  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
62  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
63  0.2211538      80       0       0      15       1       0       7       1
64  0.2211538      79       1       0      14       2       0       7       1
65  0.2019231      80       0       0      12       3       1       7       1
66  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
67  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
68  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
69  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
70  0.2115385      78       2       0      12       4       0       8       0
71  0.2211538      78       1       1      14       2       0       7       0
72  0.2211538      79       1       0      14       2       0       8       0
73  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
74  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
75  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
76  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
77  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
78  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
79  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
80  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
81  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
82  0.2211538      79       0       1      16       0       0       6       0
83  0.2019231      79       1       0      12       4       0       8       0
84  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
85  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
86  0.2211538      80       0       0      15       1       0       7       1
87  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
88  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
89  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
90  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
91  0.2307692      79       1       0      15       1       0       8       0
92  0.2307692      79       0       1      15       0       1       7       0
93  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
94  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
95  0.2115385      80       0       0      14       2       0       8       0
96  0.2211538      78       1       1      13       3       0       8       0
97  0.2307692      80       0       0      15       0       1       7       1
98  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
99  0.1923077      79       1       0      11       5       0       8       0
100 0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
    PHO.PHO
1         0
2         0
3         0
4         0
5         0
6         0
7         0
8         0
9         0
10        1
11        0
12        0
13        0
14        0
15        0
16        0
17        0
18        0
19        0
20        0
21        0
22        0
23        0
24        0
25        0
26        0
27        0
28        0
29        0
30        0
31        0
32        0
33        0
34        0
35        0
36        0
37        1
38        0
39        0
40        0
41        0
42        1
43        0
44        0
45        0
46        0
47        2
48        2
49        0
50        1
51        0
52        0
53        0
54        0
55        3
56        0
57        1
58        0
59        0
60        0
61        0
62        0
63        0
64        0
65        0
66        0
67        0
68        0
69        0
70        0
71        1
72        0
73        0
74        0
75        0
76        0
77        0
78        0
79        0
80        0
81        0
82        2
83        0
84        0
85        0
86        0
87        0
88        0
89        0
90        0
91        0
92        1
93        0
94        0
95        0
96        0
97        0
98        0
99        0
100       0

$permut.pc.stepwise.lda$errors
    permut.1  permut.2  permut.3  permut.4  permut.5  permut.6  permut.7
1  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2019231 0.2211538 0.2307692 0.2211538 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.1923077 0.2211538 0.2307692 0.2211538 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2019231 0.2211538 0.2307692 0.2115385 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2019231 0.2211538 0.2307692 0.2115385 0.2307692
7  0.2307692 0.2307692 0.2019231 0.2211538 0.2307692 0.2115385 0.2307692
8  0.2500000 0.2307692 0.2019231 0.2211538 0.2403846 0.2211538 0.2403846
9  0.2403846 0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2596154
10 0.2307692 0.2500000 0.2115385 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2403846
11 0.2307692 0.2596154 0.2115385 0.2307692 0.2596154 0.2307692 0.2692308
12 0.2307692 0.2596154 0.2115385 0.2307692 0.2596154 0.2403846 0.2884615
13 0.2307692 0.2692308 0.2211538 0.2403846 0.2692308 0.2403846 0.3076923
14 0.2019231 0.2788462 0.2211538 0.2692308 0.2788462 0.2596154 0.3076923
15 0.2596154 0.2980769 0.2500000 0.2788462 0.2980769 0.2884615 0.3269231
    permut.8  permut.9 permut.10 permut.11 permut.12 permut.13 permut.14
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
5  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
6  0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
7  0.2211538 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
8  0.2211538 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
9  0.2115385 0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
10 0.2211538 0.2500000 0.2211538 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2115385
11 0.2211538 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2115385
12 0.2211538 0.2596154 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2307692
13 0.2500000 0.2788462 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2596154 0.2500000
14 0.2596154 0.3076923 0.2692308 0.2596154 0.2596154 0.2788462 0.2596154
15 0.2980769 0.3173077 0.2884615 0.2884615 0.2884615 0.3173077 0.2500000
   permut.15 permut.16 permut.17 permut.18 permut.19 permut.20 permut.21
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
6  0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
7  0.2211538 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
8  0.2211538 0.2403846 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2211538
9  0.2211538 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2211538
10 0.2403846 0.2500000 0.2596154 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2211538
11 0.2500000 0.2596154 0.2500000 0.2596154 0.2307692 0.2500000 0.2307692
12 0.2596154 0.2500000 0.2692308 0.2692308 0.2403846 0.2500000 0.2307692
13 0.2788462 0.2500000 0.2884615 0.2596154 0.2403846 0.2596154 0.2403846
14 0.2692308 0.2596154 0.3076923 0.2788462 0.2500000 0.2788462 0.2500000
15 0.3076923 0.2884615 0.2980769 0.3076923 0.2692308 0.2980769 0.2788462
   permut.22 permut.23 permut.24 permut.25 permut.26 permut.27 permut.28
1  0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
7  0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
8  0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
9  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692
10 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692
11 0.2596154 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2596154 0.2403846 0.2307692
12 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2307692 0.2692308 0.2500000 0.2403846
13 0.2596154 0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2692308 0.2596154 0.2500000
14 0.2788462 0.2596154 0.2596154 0.2692308 0.2788462 0.2692308 0.2596154
15 0.2884615 0.2788462 0.2692308 0.2884615 0.2980769 0.2884615 0.3076923
   permut.29 permut.30 permut.31 permut.32 permut.33 permut.34 permut.35
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2115385 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2403846
7  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2500000
8  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846
9  0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846
10 0.2500000 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000
11 0.2596154 0.2596154 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2596154
12 0.2596154 0.2692308 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2692308
13 0.2692308 0.2788462 0.2500000 0.2596154 0.2596154 0.2500000 0.2788462
14 0.2788462 0.3076923 0.2596154 0.2884615 0.2884615 0.2788462 0.2884615
15 0.3173077 0.2980769 0.2692308 0.3076923 0.2980769 0.2788462 0.2980769
   permut.36 permut.37 permut.38 permut.39 permut.40 permut.41 permut.42
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2019231 0.2211538
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2019231 0.2211538
7  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538
8  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692
9  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2403846 0.2307692
10 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2307692
11 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.2596154 0.2500000 0.2307692
12 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2403846 0.2788462 0.2500000 0.2403846
13 0.2403846 0.2403846 0.2692308 0.2500000 0.2884615 0.2500000 0.2500000
14 0.2403846 0.2403846 0.2692308 0.2788462 0.3269231 0.2980769 0.2596154
15 0.2500000 0.2500000 0.2980769 0.2980769 0.3365385 0.3076923 0.2884615
   permut.43 permut.44 permut.45 permut.46 permut.47 permut.48 permut.49
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2211538
5  0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2211538
6  0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2211538
7  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2211538
8  0.2211538 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2307692
9  0.2211538 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2403846
10 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000
11 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2596154
12 0.2500000 0.2500000 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2692308
13 0.2596154 0.2884615 0.2692308 0.2596154 0.2403846 0.2403846 0.2692308
14 0.2596154 0.3076923 0.2788462 0.2692308 0.2500000 0.2596154 0.2884615
15 0.2500000 0.3173077 0.2980769 0.3076923 0.2788462 0.2884615 0.2980769
   permut.50 permut.51 permut.52 permut.53 permut.54 permut.55 permut.56
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692
5  0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2211538
7  0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2211538
8  0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2211538
9  0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692
10 0.2115385 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
11 0.2307692 0.2596154 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846
12 0.2500000 0.2692308 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2500000
13 0.2596154 0.2788462 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2500000
14 0.2692308 0.2980769 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2788462 0.2980769
15 0.2884615 0.3076923 0.2692308 0.2692308 0.2692308 0.3076923 0.3269231
   permut.57 permut.58 permut.59 permut.60 permut.61 permut.62 permut.63
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2211538
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2211538
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2211538
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2307692 0.2211538
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2211538 0.2307692 0.2211538
7  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2211538
8  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2211538
9  0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2211538
10 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846
11 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2500000
12 0.2403846 0.2403846 0.2692308 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2500000
13 0.2500000 0.2596154 0.2980769 0.2596154 0.2500000 0.2596154 0.2596154
14 0.2692308 0.2500000 0.2788462 0.2788462 0.2692308 0.2884615 0.2788462
15 0.2788462 0.2500000 0.3269231 0.2884615 0.2980769 0.3076923 0.2980769
   permut.64 permut.65 permut.66 permut.67 permut.68 permut.69 permut.70
1  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
3  0.2307692 0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
4  0.2307692 0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
5  0.2307692 0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
6  0.2307692 0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
7  0.2307692 0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385
8  0.2307692 0.2019231 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2211538
9  0.2211538 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
10 0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2403846
11 0.2500000 0.2307692 0.2500000 0.2403846 0.2500000 0.2403846 0.2596154
12 0.2596154 0.2403846 0.2596154 0.2596154 0.2692308 0.2403846 0.2596154
13 0.2692308 0.2403846 0.2788462 0.2692308 0.2692308 0.2500000 0.2500000
14 0.2884615 0.2500000 0.2788462 0.2788462 0.2692308 0.2500000 0.2788462
15 0.3173077 0.2596154 0.2884615 0.2788462 0.2980769 0.2788462 0.3076923
   permut.71 permut.72 permut.73 permut.74 permut.75 permut.76 permut.77
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
7  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
8  0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
9  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846
10 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2403846
11 0.2211538 0.2596154 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2596154 0.2500000
12 0.2307692 0.2596154 0.2692308 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2403846
13 0.2307692 0.2788462 0.2692308 0.2403846 0.2500000 0.2692308 0.2500000
14 0.2788462 0.2884615 0.2980769 0.2596154 0.2500000 0.2884615 0.2596154
15 0.2884615 0.3076923 0.3076923 0.3076923 0.2692308 0.3076923 0.2692308
   permut.78 permut.79 permut.80 permut.81 permut.82 permut.83 permut.84
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2115385 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2019231 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2019231 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2019231 0.2307692
5  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2115385 0.2307692
6  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692
7  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692
8  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846
9  0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2403846
10 0.2307692 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2500000
11 0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2500000 0.2692308 0.2596154
12 0.2307692 0.2500000 0.2596154 0.2500000 0.2596154 0.2500000 0.2788462
13 0.2403846 0.2596154 0.2692308 0.2692308 0.2596154 0.2884615 0.2980769
14 0.2500000 0.2788462 0.2884615 0.2788462 0.2500000 0.2980769 0.3173077
15 0.2788462 0.3076923 0.2980769 0.3076923 0.2884615 0.3173077 0.3269231
   permut.85 permut.86 permut.87 permut.88 permut.89 permut.90 permut.91
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
5  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
6  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
7  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
8  0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
9  0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2403846
10 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2307692
11 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2403846 0.2500000
12 0.2403846 0.2596154 0.2500000 0.2307692 0.2692308 0.2500000 0.2500000
13 0.2403846 0.2788462 0.2692308 0.2307692 0.2884615 0.2500000 0.2596154
14 0.2500000 0.2788462 0.2692308 0.2500000 0.3076923 0.2596154 0.2596154
15 0.2692308 0.2980769 0.2788462 0.2500000 0.2980769 0.2884615 0.2884615
   permut.92 permut.93 permut.94 permut.95 permut.96 permut.97 permut.98
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
3  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
4  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
5  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
6  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2211538 0.2307692 0.2307692
7  0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692
8  0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2115385 0.2307692 0.2307692 0.2307692
9  0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2211538 0.2307692 0.2307692 0.2307692
10 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2211538 0.2307692 0.2403846 0.2403846
11 0.2596154 0.2500000 0.2500000 0.2211538 0.2403846 0.2500000 0.2596154
12 0.2692308 0.2788462 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2596154 0.2692308
13 0.2596154 0.2884615 0.2596154 0.2403846 0.2692308 0.2596154 0.2788462
14 0.2884615 0.2980769 0.2980769 0.2500000 0.2788462 0.2788462 0.2884615
15 0.3269231 0.2980769 0.2884615 0.2692308 0.3269231 0.3173077 0.2884615
   permut.99 permut.100  err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.2211538  0.2307692 0.2296154 0.003687481 0.0003687481
2  0.2115385  0.2307692 0.2282692 0.006642079 0.0006642079
3  0.2115385  0.2307692 0.2273077 0.007298588 0.0007298588
4  0.1923077  0.2307692 0.2267308 0.008333333 0.0008333333
5  0.1923077  0.2307692 0.2264423 0.008355158 0.0008355158
6  0.2019231  0.2307692 0.2264423 0.008355158 0.0008355158
7  0.2115385  0.2307692 0.2275000 0.008110707 0.0008110707
8  0.2115385  0.2307692 0.2299038 0.008545248 0.0008545248
9  0.2211538  0.2307692 0.2325962 0.008718356 0.0008718356
10 0.2403846  0.2403846 0.2360577 0.009104021 0.0009104021
11 0.2500000  0.2403846 0.2430769 0.012753320 0.0012753320
12 0.2692308  0.2500000 0.2496154 0.014522771 0.0014522771
13 0.2980769  0.2596154 0.2592308 0.017390590 0.0017390590
14 0.2980769  0.2692308 0.2728846 0.020761711 0.0020761711
15 0.3076923  0.3076923 0.2925000 0.020233198 0.0020233198

$permut.pc.stepwise.lda$best.p
[1] 9

$permut.pc.stepwise.lda$best.error
[1] 0.2307692

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda
$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$posterior
              CTL        MET         PHO
YAL038W 0.5561690 0.41610795 0.027723068
YAR071W 0.7790234 0.19135208 0.029624516
YBL005W 0.8112059 0.15438721 0.034406933
YBL030C 0.7761882 0.13545119 0.088360647
YBR006W 0.6179523 0.13121450 0.250833203
YBR018C 0.8001446 0.17273376 0.027121592
YBR020W 0.8941716 0.04772189 0.058106508
YBR093C 0.6974767 0.10655432 0.195968945
YBR115C 0.6833516 0.07265470 0.243993674
YBR184W 0.7897928 0.17820389 0.032003318
YBR213W 0.8751445 0.09113465 0.033720882
YBR296C 0.7323698 0.05343246 0.214197757
YCL018W 0.8069454 0.16279511 0.030259463
YDL131W 0.7668030 0.07559069 0.157606270
YDL182W 0.8593344 0.10728273 0.033382918
YDL205C 0.7990963 0.18662126 0.014282427
YDL210W 0.7889194 0.14208434 0.068996219
YDR011W 0.8197114 0.12107741 0.059211173
YDR044W 0.6608917 0.02805965 0.311048626
YDR234W 0.8359122 0.15155137 0.012536411
YDR285W 0.8599754 0.11251981 0.027504805
YDR406W 0.7411336 0.15725558 0.101610778
YDR481C 0.6660495 0.15867103 0.175279437
YDR502C 0.7654875 0.13788398 0.096628533
YEL021W 0.8077253 0.16375434 0.028520336
YEL039C 0.7658918 0.22278250 0.011325701
YER026C 0.7683843 0.14274576 0.088869950
YER086W 0.8061986 0.11186373 0.081937674
YER091C 0.9414775 0.04238949 0.016133043
YER179W 0.7599908 0.18013987 0.059869312
YFR030W 0.7739127 0.20104298 0.025044342
YGL009C 0.8096125 0.15295535 0.037432106
YGL073W 0.8487032 0.10547139 0.045825374
YGL213C 0.7151398 0.23096152 0.053898628
YGR019W 0.5652292 0.22220822 0.212562632
YGR044C 0.6742593 0.07013985 0.255600876
YGR088W 0.7227324 0.22356348 0.053704143
YGR121C 0.8082393 0.14912810 0.042632582
YGR157W 0.8490521 0.14215186 0.008796050
YGR233C 0.6045499 0.35457086 0.040879268
YGR281W 0.5629569 0.08269720 0.354345866
YHL022C 0.8077409 0.14566901 0.046590065
YHL036W 0.7829827 0.18603375 0.030983552
YHR007C 0.8149068 0.17186006 0.013233135
YHR008C 0.8334510 0.14512624 0.021422756
YHR014W 0.8049356 0.15330483 0.041759581
YHR037W 0.7606689 0.16117576 0.078155358
YHR136C 0.5836012 0.32404571 0.092353133
YHR153C 0.8008820 0.17943731 0.019680735
YIL015W 0.7722667 0.18681228 0.040921054
YIL046W 0.6742134 0.04031214 0.285474474
YIL072W 0.7671183 0.04670503 0.186176648
YIR017C 0.8004320 0.13389966 0.065668379
YIR034C 0.7430173 0.19096612 0.066016600
YJL106W 0.6819029 0.29067368 0.027423448
YJL117W 0.7548720 0.15182194 0.093306017
YJL153C 0.6698832 0.14189505 0.188221710
YJL219W 0.8831572 0.08355010 0.033292653
YJR010W 0.7081983 0.27934744 0.012454276
YJR048W 0.8494107 0.12751384 0.023075442
YJR073C 0.7483697 0.20399703 0.047633262
YJR094C 0.8277253 0.13501272 0.037262033
YJR137C 0.7161497 0.18655922 0.097291121
YJR152W 0.8003517 0.16003633 0.039611997
YKL001C 0.9185966 0.07594651 0.005456842
YKL182W 0.8602364 0.12080991 0.018953677
YKL216W 0.8268306 0.07793868 0.095230668
YKR039W 0.7550139 0.12743431 0.117551777
YKR069W 0.7688900 0.03232908 0.198780957
YLR081W 0.7992329 0.14311722 0.057649835
YLR142W 0.7444329 0.20565309 0.049914028
YLR180W 0.5503443 0.39484760 0.054808100
YLR263W 0.7507294 0.14087616 0.108394401
YLR303W 0.4329566 0.34986676 0.217176627
YLR329W 0.9081937 0.08436136 0.007444956
YLR420W 0.7209966 0.13788499 0.141118456
YLR438W 0.8105259 0.13212047 0.057353618
YML051W 0.7644084 0.12113184 0.114459746
YML054C 0.7048879 0.02806034 0.267051711
YML075C 0.9380033 0.06044230 0.001554432
YML123C 0.8648688 0.06295855 0.072172615
YMR108W 0.8850213 0.10010201 0.014876720
YMR133W 0.7908554 0.15099314 0.058151500
YNL052W 0.6868757 0.27340434 0.039719980
YNL104C 0.6489176 0.26080646 0.090275941
YNL142W 0.6774349 0.18236092 0.140204160
YNL210W 0.8255802 0.14816474 0.026255045
YNL241C 0.7420218 0.22037340 0.037604746
YNL277W 0.6714300 0.28264880 0.045921200
YNR001C 0.7637671 0.21562542 0.020607445
YNR050C 0.6368328 0.07601797 0.287149239
YOL006C 0.6757411 0.31566815 0.008590797
YOR065W 0.7950874 0.19423032 0.010682299
YOR120W 0.6931562 0.26020693 0.046636820
YOR153W 0.8411806 0.14930453 0.009514843
YOR328W 0.7686227 0.15338784 0.077989441
YOR351C 0.8344111 0.15497416 0.010614689
YOR375C 0.6657305 0.09315915 0.241110391
YPL111W 0.8331286 0.13626744 0.030604008
YPL231W 0.7400148 0.23493714 0.025048079
YPR065W 0.7571750 0.21339925 0.029425735
YPR138C 0.8678428 0.10099437 0.031162804
YPR145W 0.8116128 0.15910547 0.029281688
YPR167C 0.6255482 0.26617128 0.108280551

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL MET MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL PHO CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET MET CTL
 [55] CTL CTL CTL PHO PHO CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [73] MET CTL PHO CTL CTL MET CTL PHO CTL CTL MET CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  80  16   8
   MET   0   0   0
   PHO   0   0   0
attr(,"error")
[1] 0.2307692



$stepwise.qda
$stepwise.qda$max.p
[1] 5

$stepwise.qda$errors
[1] 0.14423077 0.09615385 0.08653846 0.10576923 0.13461538

$stepwise.qda$confusion.table
  step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO
1    1  0.144230769230769        10        Met4p.1      78       2       0
2    2 0.0961538461538461         4      Pho4p.g.1      75       3       2
3    3 0.0865384615384616         7      Pho4p.t.1      77       3       0
4    4  0.105769230769231         9      Pho4p.t.3      76       4       0
5    5  0.134615384615385         6      Pho4p.g.3      75       5       0
  MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET PHO.PHO
1       5      11       0       7       1       0
2       3      12       1       0       1       7
3       3      12       1       0       2       6
4       4      11       1       0       2       6
5       5      11       0       1       3       4

$stepwise.qda$best.pda
$stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL MET MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL PHO CTL MET CTL
 [55] CTL MET CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET MET MET CTL
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
Levels: CTL MET PHO

$stepwise.qda$best.pda$posterior
                 CTL          MET          PHO
YAL038W 6.536285e-01 3.284996e-01 1.787197e-02
YAR071W 4.305883e-05 1.272697e-04 9.998297e-01
YBL005W 9.756720e-01 2.432804e-02 1.390653e-25
YBL030C 9.866349e-01 1.336513e-02 1.148890e-25
YBR006W 9.212631e-01 7.873687e-02 1.795220e-19
YBR018C 9.884868e-01 1.151324e-02 3.477667e-30
YBR020W 9.956582e-01 4.341826e-03 2.417657e-32
YBR093C 8.558949e-06 2.320819e-05 9.999682e-01
YBR115C 9.783513e-01 2.164871e-02 8.054351e-22
YBR184W 5.809556e-01 4.190444e-01 1.967432e-17
YBR213W 8.016802e-01 1.983198e-01 1.208778e-23
YBR296C 1.161768e-04 5.926468e-04 9.992912e-01
YCL018W 9.953882e-01 4.611792e-03 2.629226e-41
YDL131W 9.748319e-01 2.516814e-02 3.223562e-22
YDL182W 9.860315e-01 1.396848e-02 3.523656e-19
YDL205C 9.936219e-01 6.378124e-03 1.395258e-35
YDL210W 9.848848e-01 1.511516e-02 2.516641e-30
YDR011W 9.908319e-01 9.168061e-03 1.091076e-28
YDR044W 9.907823e-01 9.217712e-03 1.437638e-28
YDR234W 9.718503e-01 2.814971e-02 1.147433e-20
YDR285W 9.853392e-01 1.466084e-02 8.385583e-42
YDR406W 9.859009e-01 1.409914e-02 3.666092e-27
YDR481C 4.064718e-01 5.909761e-01 2.552092e-03
YDR502C 5.673967e-02 9.432603e-01 2.484445e-19
YEL021W 9.986920e-01 1.307973e-03 2.351322e-49
YEL039C 9.975642e-01 2.435829e-03 1.789268e-40
YER026C 9.776643e-01 2.233568e-02 3.985380e-28
YER086W 9.941601e-01 5.839885e-03 2.999777e-40
YER091C 7.220304e-05 9.999278e-01 1.503607e-10
YER179W 9.866468e-01 1.335322e-02 4.141506e-28
YFR030W 2.138243e-04 9.997862e-01 6.733928e-18
YGL009C 9.979815e-01 2.018479e-03 1.729244e-48
YGL073W 8.705587e-01 1.294412e-01 3.015420e-09
YGL213C 8.141851e-01 1.858149e-01 1.464264e-08
YGR019W 9.963591e-01 3.640880e-03 1.603082e-35
YGR044C 9.992439e-01 7.561092e-04 3.535920e-22
YGR088W 9.674815e-01 3.251851e-02 4.011165e-13
YGR121C 9.701353e-01 2.986471e-02 7.638600e-27
YGR157W 9.612560e-01 3.874395e-02 3.368890e-27
YGR233C 2.961541e-02 2.497795e-02 9.454066e-01
YGR281W 8.791814e-01 1.208184e-01 1.970816e-07
YHL022C 9.971647e-01 2.835310e-03 9.061799e-45
YHL036W 2.032432e-01 7.967544e-01 2.373012e-06
YHR007C 9.997006e-01 2.993993e-04 4.531298e-40
YHR008C 9.810522e-01 1.894783e-02 5.647502e-24
YHR014W 8.689046e-01 1.310954e-01 2.489845e-25
YHR037W 9.245834e-01 7.541657e-02 8.888563e-13
YHR136C 5.111823e-03 3.926183e-01 6.022699e-01
YHR153C 9.706127e-01 2.938729e-02 6.169056e-20
YIL015W 9.962774e-01 3.722586e-03 1.776063e-39
YIL046W 2.096415e-02 8.567447e-06 9.790273e-01
YIL072W 9.743332e-01 2.566680e-02 3.130317e-23
YIR017C 5.962000e-03 9.940380e-01 5.246418e-14
YIR034C 9.312364e-01 6.876356e-02 1.023175e-12
YJL106W 9.804950e-01 1.950501e-02 1.270563e-25
YJL117W 1.497691e-01 7.081238e-01 1.421071e-01
YJL153C 9.573345e-01 4.266552e-02 2.065095e-29
YJL219W 9.777447e-01 2.225529e-02 3.690659e-17
YJR010W 2.368267e-05 9.999763e-01 8.731004e-16
YJR048W 9.476559e-01 5.234405e-02 4.245478e-19
YJR073C 7.897652e-01 2.102147e-01 2.014592e-05
YJR094C 9.696845e-01 3.031548e-02 1.736744e-19
YJR137C 1.334521e-01 8.665479e-01 1.061101e-09
YJR152W 8.025718e-01 1.974282e-01 1.599388e-21
YKL001C 6.639233e-07 9.999993e-01 8.494335e-18
YKL182W 9.749358e-01 2.506416e-02 1.572616e-25
YKL216W 9.850145e-01 1.498551e-02 2.946783e-30
YKR039W 9.929028e-01 7.097222e-03 2.822176e-35
YKR069W 1.804886e-03 9.902365e-01 7.958582e-03
YLR081W 3.223902e-02 9.677610e-01 5.876360e-16
YLR142W 4.354278e-01 5.645722e-01 2.110475e-14
YLR180W 9.935877e-01 6.412267e-03 6.519895e-18
YLR263W 9.893891e-01 1.061086e-02 3.031482e-41
YLR303W 2.999587e-04 9.997000e-01 6.706599e-10
YLR329W 9.905052e-01 9.494845e-03 3.293662e-26
YLR420W 9.934141e-01 6.585930e-03 3.993177e-28
YLR438W 9.915210e-01 8.479006e-03 8.138594e-22
YML051W 9.911202e-01 8.879759e-03 8.906858e-34
YML054C 8.457401e-01 1.542505e-01 9.368537e-06
YML075C 9.917207e-01 8.279262e-03 1.201327e-31
YML123C 2.526450e-06 2.369904e-06 9.999951e-01
YMR108W 9.997495e-01 2.504781e-04 3.600625e-53
YMR133W 9.807589e-01 1.924106e-02 3.679329e-38
YNL052W 9.798984e-01 2.010159e-02 1.468300e-33
YNL104C 7.441500e-01 2.114032e-01 4.444679e-02
YNL142W 9.867374e-01 1.326259e-02 1.069371e-31
YNL210W 9.934445e-01 6.555479e-03 5.197805e-37
YNL241C 9.934793e-01 6.520703e-03 1.133693e-21
YNL277W 5.731199e-07 9.999994e-01 1.382287e-15
YNR001C 9.998135e-01 1.865219e-04 3.431872e-52
YNR050C 9.166087e-01 8.339127e-02 1.892520e-08
YOL006C 9.915361e-01 8.463886e-03 1.648861e-32
YOR065W 8.230757e-01 1.769242e-01 5.273099e-08
YOR120W 9.732655e-01 2.673452e-02 2.908004e-29
YOR153W 9.968473e-01 3.152732e-03 1.187645e-36
YOR328W 9.657241e-01 3.427590e-02 6.437242e-17
YOR351C 9.973021e-01 2.697904e-03 2.046281e-33
YOR375C 9.984402e-01 1.559771e-03 4.027451e-24
YPL111W 9.914831e-01 8.516907e-03 3.100064e-37
YPL231W 9.868936e-01 1.310643e-02 1.547101e-19
YPR065W 2.116285e-01 7.883715e-01 3.216429e-20
YPR138C 9.981097e-01 1.890312e-03 1.951110e-49
YPR145W 9.719349e-01 2.806514e-02 3.699772e-21
YPR167C 1.197594e-03 9.988024e-01 1.963376e-20

$stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$stepwise.qda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET PHO

$stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  77   3   0
   MET   3  12   2
   PHO   0   1   6
attr(,"error")
[1] 0.08653846


$stepwise.qda$best.p
[1] 3

$stepwise.qda$best.vars
[1] 10  4  7

$stepwise.qda$best.var.names
[1] "Met4p.1"   "Pho4p.g.1" "Pho4p.t.1"

$stepwise.qda$best.error
[1] 0.08653846

$stepwise.qda$pc.transform
[1] FALSE

$stepwise.qda$var.order
 [1] 10  4  7  9  6 12 13 15  1  8 11 14  2  3  5


$pc.stepwise.qda
$pc.stepwise.qda$max.p
[1] 5

$pc.stepwise.qda$errors
[1] 0.13461538 0.10576923 0.11538462 0.11538462 0.08653846

$pc.stepwise.qda$confusion.table
  step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO
1    1  0.134615384615385         2         Comp.2      78       2       0
2    2  0.105769230769231         1         Comp.1      76       3       1
3    3  0.115384615384615         6         Comp.6      75       5       0
4    4  0.115384615384615         3         Comp.3      75       5       0
5    5 0.0865384615384616         7         Comp.7      78       2       0
  MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET PHO.PHO
1       7       9       0       5       0       3
2       3      12       1       1       2       5
3       3      12       1       1       2       5
4       3      12       1       0       3       5
5       3      13       0       1       3       4

$pc.stepwise.qda$best.pda
$pc.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL MET MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL MET
 [37] CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL MET CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$pc.stepwise.qda$best.pda$posterior
                 CTL          MET           PHO
YAL038W 5.263313e-01 1.594081e-03  4.720746e-01
YAR071W 8.572819e-04 1.666622e-02  9.824765e-01
YBL005W 1.000000e+00 2.295564e-11  8.232701e-83
YBL030C 9.999994e-01 5.756883e-07  6.069285e-62
YBR006W 9.994653e-01 5.347467e-04  7.141577e-63
YBR018C 9.999883e-01 1.168531e-05  1.041160e-89
YBR020W 9.999908e-01 9.241585e-06  1.473804e-58
YBR093C 1.683604e-07 8.301243e-06  9.999915e-01
YBR115C 9.925201e-01 7.479930e-03  4.846615e-56
YBR184W 9.893013e-01 1.069869e-02  8.793410e-33
YBR213W 2.305342e-01 7.694658e-01  1.156212e-61
YBR296C 1.155786e-05 1.431184e-04  9.998453e-01
YCL018W 9.999961e-01 3.872732e-06 4.794590e-114
YDL131W 9.999953e-01 4.689823e-06  2.431397e-79
YDL182W 9.996414e-01 3.586120e-04  4.341127e-55
YDL205C 1.000000e+00 3.378072e-09 1.772021e-100
YDL210W 9.879384e-01 1.206156e-02 5.706838e-109
YDR011W 9.902369e-01 9.763075e-03  1.547597e-85
YDR044W 9.999773e-01 2.267612e-05  1.014397e-88
YDR234W 9.999909e-01 9.112083e-06  5.038586e-29
YDR285W 9.968026e-01 3.197355e-03 5.619457e-115
YDR406W 9.999997e-01 3.049910e-07 1.158944e-131
YDR481C 1.727814e-01 8.272186e-01  2.624158e-25
YDR502C 4.771001e-02 9.522900e-01  1.029678e-30
YEL021W 9.999925e-01 7.535606e-06 6.168593e-126
YEL039C 1.000000e+00 1.204949e-09  4.744005e-88
YER026C 9.997819e-01 2.181082e-04  7.125490e-65
YER086W 1.000000e+00 1.748759e-11 2.221288e-114
YER091C 7.364503e-06 9.999906e-01  2.055956e-06
YER179W 9.999724e-01 2.763965e-05  2.208609e-62
YFR030W 2.926646e-01 7.073354e-01  1.249479e-17
YGL009C 9.942057e-01 5.794262e-03 1.916223e-143
YGL073W 9.999973e-01 2.714160e-06  6.315685e-38
YGL213C 1.000000e+00 4.796649e-08  1.027344e-37
YGR019W 9.090190e-01 9.098097e-02 3.658312e-101
YGR044C 4.670985e-01 5.329015e-01  5.055933e-35
YGR088W 1.000000e+00 2.072870e-10  4.696549e-62
YGR121C 1.000000e+00 2.613599e-11  2.120899e-85
YGR157W 8.712244e-04 9.991288e-01  3.325919e-44
YGR233C 5.068112e-01 4.931888e-01 2.989464e-153
YGR281W 7.699380e-01 2.300620e-01  1.232983e-63
YHL022C 9.999681e-01 3.194122e-05 2.541638e-132
YHL036W 5.228795e-02 9.477120e-01  1.293925e-08
YHR007C 9.742022e-01 2.579784e-02  1.353744e-76
YHR008C 1.000000e+00 1.097086e-08  1.950394e-55
YHR014W 9.998574e-01 1.425688e-04  1.207577e-66
YHR037W 9.999203e-01 7.968792e-05  1.540080e-38
YHR136C 6.605493e-04 9.993395e-01  1.713724e-89
YHR153C 9.539813e-01 4.601868e-02  4.700959e-49
YIL015W 9.976039e-01 2.396143e-03  6.159239e-92
YIL046W 3.179423e-01 5.455469e-01  1.365108e-01
YIL072W 9.960651e-01 3.934898e-03  3.700853e-46
YIR017C 2.884929e-03 9.971151e-01  1.377322e-21
YIR034C 9.544502e-01 4.554984e-02  7.563479e-43
YJL106W 9.998446e-01 1.553782e-04  6.854282e-99
YJL117W 5.298464e-02 9.470153e-01  5.878682e-08
YJL153C 9.046692e-01 9.533081e-02  2.921238e-72
YJL219W 9.998407e-01 1.593080e-04  2.945835e-37
YJR010W 1.648939e-05 9.999835e-01  7.800321e-09
YJR048W 1.000000e+00 2.993921e-08  3.348519e-35
YJR073C 9.882873e-01 1.171266e-02  1.854405e-27
YJR094C 9.993690e-01 6.309869e-04  2.717801e-89
YJR137C 5.010803e-02 9.498920e-01  1.399850e-20
YJR152W 9.999806e-01 1.935770e-05  7.406449e-35
YKL001C 3.429442e-02 9.657056e-01  2.106615e-32
YKL182W 9.999999e-01 6.334565e-08  3.236120e-63
YKL216W 9.999996e-01 3.868479e-07 2.829706e-101
YKR039W 9.999985e-01 1.482058e-06 7.107166e-141
YKR069W 8.619146e-03 9.897675e-01  1.613389e-03
YLR081W 9.897937e-01 1.020627e-02  2.849547e-22
YLR142W 9.980296e-01 1.970352e-03  2.313141e-36
YLR180W 9.262081e-01 7.379188e-02  8.479352e-31
YLR263W 9.986717e-01 1.328333e-03 8.346763e-101
YLR303W 1.785733e-02 9.821427e-01  3.984248e-25
YLR329W 9.991448e-01 8.552276e-04  2.269435e-71
YLR420W 9.998620e-01 1.380138e-04 3.036934e-107
YLR438W 9.942501e-01 5.749911e-03  2.585247e-52
YML051W 9.999999e-01 1.178790e-07 7.708746e-126
YML054C 7.844913e-01 2.155087e-01  6.416833e-17
YML075C 9.452235e-01 5.477652e-02 5.823596e-123
YML123C 1.665909e-06 2.192282e-03  9.978061e-01
YMR108W 9.956225e-01 4.377451e-03 1.267985e-151
YMR133W 9.999889e-01 1.107466e-05  8.977078e-99
YNL052W 9.986734e-01 1.326569e-03 1.139523e-109
YNL104C 9.788100e-01 2.119001e-02  2.526558e-31
YNL142W 1.000000e+00 1.596830e-09 1.503092e-145
YNL210W 9.998143e-01 1.856700e-04 2.347945e-120
YNL241C 9.997859e-01 2.140621e-04  7.258025e-49
YNL277W 5.276120e-06 9.999914e-01  3.363450e-06
YNR001C 9.823699e-01 1.763010e-02 2.681895e-110
YNR050C 6.180133e-01 3.819867e-01  6.999268e-34
YOL006C 9.979662e-01 2.033833e-03 2.983168e-111
YOR065W 9.973723e-01 2.627670e-03  3.995092e-11
YOR120W 9.976361e-01 2.363918e-03  2.973984e-82
YOR153W 9.968336e-01 3.166414e-03  9.644450e-83
YOR328W 9.999999e-01 6.022960e-08  2.738109e-48
YOR351C 9.999996e-01 3.630413e-07  6.479458e-65
YOR375C 7.133084e-01 2.866916e-01  8.218290e-58
YPL111W 9.984696e-01 1.530420e-03 1.886117e-116
YPL231W 8.260019e-01 1.739981e-01  9.797905e-49
YPR065W 9.969986e-01 3.001399e-03  1.527277e-49
YPR138C 9.999989e-01 1.065386e-06 3.200976e-152
YPR145W 9.613359e-01 3.866410e-02  1.431800e-54
YPR167C 9.967433e-01 3.256674e-03 3.584779e-124

$pc.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$pc.stepwise.qda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$pc.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET PHO

$pc.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$pc.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$pc.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$pc.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  78   3   1
   MET   2  13   3
   PHO   0   0   4
attr(,"error")
[1] 0.08653846


$pc.stepwise.qda$best.p
[1] 5

$pc.stepwise.qda$best.vars
[1] 2 1 6 3 7

$pc.stepwise.qda$best.var.names
[1] "Comp.2" "Comp.1" "Comp.6" "Comp.3" "Comp.7"

$pc.stepwise.qda$best.error
[1] 0.08653846

$pc.stepwise.qda$pc.transform
[1] TRUE

$pc.stepwise.qda$var.order
 [1]  2  1  6  3  7  8 12  4  5  9 10 11 13 14 15


$permut.stepwise.qda
$permut.stepwise.qda$confusion.table
        error CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET
1   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
2   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
3   0.2307692      77       3       0      13       3       0       8       0
4   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
5   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
6   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
7   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
8   0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
9   0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
10  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
11  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
12  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
13  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
14  0.2115385      77       1       2      15       1       0       4       0
15  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
16  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
17  0.2403846      77       2       1      14       2       0       8       0
18  0.2500000      78       2       0      16       0       0       8       0
19  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
20  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
21  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
22  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
23  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
24  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
25  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
26  0.2403846      78       2       0      15       1       0       8       0
27  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
28  0.2307692      80       0       0      16       0       0       7       1
29  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
30  0.2307692      77       2       1      13       3       0       8       0
31  0.2211538      77       2       1      12       2       2       6       0
32  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
33  0.2307692      77       3       0      13       3       0       8       0
34  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
35  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
36  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
37  0.2403846      79       0       1      16       0       0       7       1
38  0.2692308      74       6       0      14       2       0       8       0
39  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
40  0.2307692      78       2       0      14       2       0       8       0
41  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
42  0.2211538      78       2       0      13       3       0       8       0
43  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
44  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
45  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
46  0.2403846      77       3       0      14       2       0       8       0
47  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
48  0.2403846      77       3       0      14       2       0       7       1
49  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
50  0.2307692      78       2       0      16       0       0       6       0
51  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
52  0.2307692      75       4       1      13       3       0       6       0
53  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
54  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
55  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
56  0.2211538      77       2       1      12       4       0       8       0
57  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
58  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
59  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
60  0.2307692      78       2       0      14       2       0       8       0
61  0.2307692      77       3       0      13       3       0       7       1
62  0.2211538      79       0       1      16       0       0       6       0
63  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
64  0.2403846      75       5       0      12       4       0       8       0
65  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
66  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
67  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
68  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
69  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
70  0.2500000      78       1       1      16       0       0       8       0
71  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
72  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
73  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
74  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
75  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
76  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
77  0.2500000      74       6       0      12       4       0       8       0
78  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
79  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
80  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
81  0.2019231      78       2       0      14       2       0       4       1
82  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
83  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
84  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
85  0.2500000      76       1       3      14       2       0       6       2
86  0.2500000      78       2       0      16       0       0       8       0
87  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
88  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
89  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
90  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
91  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
92  0.2403846      76       3       1      13       3       0       8       0
93  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
94  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
95  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
96  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
97  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
98  0.2403846      77       2       1      14       2       0       8       0
99  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
100 0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
    PHO.PHO
1         0
2         0
3         0
4         0
5         0
6         0
7         0
8         0
9         0
10        0
11        0
12        0
13        0
14        4
15        0
16        0
17        0
18        0
19        0
20        0
21        0
22        0
23        0
24        0
25        0
26        0
27        0
28        0
29        0
30        0
31        2
32        0
33        0
34        0
35        0
36        0
37        0
38        0
39        0
40        0
41        0
42        0
43        0
44        0
45        0
46        0
47        0
48        0
49        0
50        2
51        0
52        2
53        0
54        0
55        0
56        0
57        0
58        0
59        0
60        0
61        0
62        2
63        0
64        0
65        0
66        0
67        0
68        0
69        0
70        0
71        0
72        0
73        0
74        0
75        0
76        0
77        0
78        0
79        0
80        0
81        3
82        0
83        0
84        0
85        0
86        0
87        0
88        0
89        0
90        0
91        0
92        0
93        0
94        0
95        0
96        0
97        0
98        0
99        0
100       0

$permut.stepwise.qda$errors
    permut.1  permut.2  permut.3  permut.4  permut.5  permut.6  permut.7
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2596154 0.2307692 0.2596154 0.2403846 0.2500000 0.2403846
3  0.2500000 0.2596154 0.2307692 0.2788462 0.2500000 0.2403846 0.2596154
4  0.2500000 0.2788462 0.2500000 0.2884615 0.2788462 0.2788462 0.2884615
5  0.2596154 0.2980769 0.2307692 0.2980769 0.2884615 0.3076923 0.3365385
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
    permut.8  permut.9 permut.10 permut.11 permut.12 permut.13 permut.14
1  0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
2  0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2596154 0.2500000 0.2115385
3  0.2788462 0.2596154 0.2403846 0.2403846 0.2692308 0.2692308 0.2115385
4  0.2692308 0.2692308 0.2692308 0.2596154 0.2788462 0.2980769 0.2403846
5  0.2692308 0.3269231 0.3173077 0.2692308 0.2692308 0.2980769 0.2884615
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.15 permut.16 permut.17 permut.18 permut.19 permut.20 permut.21
1  0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2403846 0.2403846 0.2596154 0.2596154 0.2500000 0.2596154 0.2596154
3  0.2403846 0.2403846 0.2403846 0.2788462 0.2596154 0.2596154 0.2500000
4  0.2788462 0.2596154 0.2596154 0.2692308 0.2884615 0.2596154 0.2596154
5  0.2884615 0.3173077 0.2403846 0.2884615 0.3076923 0.2884615 0.2596154
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.22 permut.23 permut.24 permut.25 permut.26 permut.27 permut.28
1  0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692
2  0.2596154 0.2596154 0.2403846 0.2307692 0.2596154 0.2403846 0.2403846
3  0.2788462 0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2788462 0.2403846 0.2307692
4  0.2692308 0.2596154 0.2596154 0.2500000 0.2692308 0.2500000 0.2692308
5  0.2884615 0.2692308 0.2788462 0.2403846 0.2596154 0.3076923 0.2788462
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.29 permut.30 permut.31 permut.32 permut.33 permut.34 permut.35
1  0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692
2  0.2788462 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2403846
3  0.2692308 0.2788462 0.2307692 0.2596154 0.2403846 0.2500000 0.2692308
4  0.2884615 0.2500000 0.2211538 0.2884615 0.2403846 0.2692308 0.3173077
5  0.3365385 0.2788462 0.2884615 0.2884615 0.2596154 0.2980769 0.3269231
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.36 permut.37 permut.38 permut.39 permut.40 permut.41 permut.42
1  0.2307692 0.2403846 0.2692308 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
2  0.2596154 0.2403846 0.2692308 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2307692
3  0.2692308 0.2403846 0.2692308 0.2596154 0.2596154 0.2692308 0.2307692
4  0.2884615 0.2788462 0.2884615 0.3365385 0.2307692 0.2980769 0.2596154
5  0.2692308 0.3173077 0.2788462 0.3461538 0.2596154 0.2596154 0.2403846
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.43 permut.44 permut.45 permut.46 permut.47 permut.48 permut.49
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2692308 0.2307692 0.2403846 0.2403846
2  0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2884615 0.2403846 0.2596154 0.2692308
3  0.2403846 0.2596154 0.2211538 0.2500000 0.2788462 0.2692308 0.2788462
4  0.2403846 0.2692308 0.2788462 0.2403846 0.3076923 0.2788462 0.3173077
5  0.2788462 0.2692308 0.3365385 0.2500000 0.2884615 0.2884615 0.3269231
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.50 permut.51 permut.52 permut.53 permut.54 permut.55 permut.56
1  0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2211538
3  0.2307692 0.3076923 0.2500000 0.2500000 0.2692308 0.2788462 0.2211538
4  0.2500000 0.3653846 0.2596154 0.2403846 0.2692308 0.2884615 0.2307692
5  0.2596154 0.3557692 0.2788462 0.3269231 0.3269231 0.2980769 0.2596154
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.57 permut.58 permut.59 permut.60 permut.61 permut.62 permut.63
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2211538 0.2403846
3  0.2596154 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2788462 0.2403846
4  0.2692308 0.2692308 0.2692308 0.2788462 0.2500000 0.2980769 0.2500000
5  0.3269231 0.2596154 0.3557692 0.2692308 0.2403846 0.3076923 0.2596154
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.64 permut.65 permut.66 permut.67 permut.68 permut.69 permut.70
1  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2500000
2  0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2788462
3  0.2403846 0.2692308 0.2692308 0.2692308 0.2596154 0.2307692 0.2692308
4  0.2596154 0.2788462 0.2788462 0.2692308 0.2500000 0.2403846 0.2500000
5  0.2596154 0.3269231 0.2980769 0.2596154 0.2980769 0.2403846 0.2788462
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.71 permut.72 permut.73 permut.74 permut.75 permut.76 permut.77
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000
2  0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2500000 0.2403846 0.2596154
3  0.2403846 0.2403846 0.2788462 0.2980769 0.2788462 0.2596154 0.2692308
4  0.3076923 0.2500000 0.2500000 0.3076923 0.2788462 0.2500000 0.2596154
5  0.2980769 0.2980769 0.2692308 0.3365385 0.2884615 0.3076923 0.2500000
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.78 permut.79 permut.80 permut.81 permut.82 permut.83 permut.84
1  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2596154 0.2307692 0.2307692 0.2403846
2  0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.2596154
3  0.2788462 0.2788462 0.2307692 0.2692308 0.2500000 0.2500000 0.2596154
4  0.2884615 0.2884615 0.3076923 0.2692308 0.3365385 0.2500000 0.2596154
5  0.2980769 0.2884615 0.3365385 0.2019231 0.3365385 0.2500000 0.2692308
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.85 permut.86 permut.87 permut.88 permut.89 permut.90 permut.91
1  0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846
2  0.2500000 0.2692308 0.2596154 0.2307692 0.2500000 0.2500000 0.2403846
3  0.2788462 0.2788462 0.2596154 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2500000
4  0.2596154 0.3173077 0.2500000 0.2788462 0.2500000 0.2596154 0.2980769
5  0.2692308 0.3365385 0.2596154 0.3365385 0.2403846 0.2884615 0.2980769
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.92 permut.93 permut.94 permut.95 permut.96 permut.97 permut.98
1  0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000
2  0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2692308 0.2500000 0.2307692 0.2403846
3  0.2500000 0.2596154 0.2307692 0.2692308 0.2307692 0.2500000 0.2403846
4  0.2500000 0.2788462 0.2596154 0.2692308 0.2788462 0.2692308 0.2980769
5  0.2403846 0.2692308 0.2692308 0.2692308 0.3076923 0.2884615 0.3076923
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.99 permut.100  err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.2307692  0.2307692 0.2350962 0.008575794 0.0008575794
2  0.2500000  0.2692308 0.2450000 0.013835142 0.0013835142
3  0.2596154  0.2692308 0.2558654 0.017918254 0.0017918254
4  0.3076923  0.2500000 0.2718269 0.024518517 0.0024518517
5  0.3173077  0.2692308 0.2874038 0.031161753 0.0031161753
6         NA         NA       NaN          NA           NA
7         NA         NA       NaN          NA           NA
8         NA         NA       NaN          NA           NA
9         NA         NA       NaN          NA           NA
10        NA         NA       NaN          NA           NA
11        NA         NA       NaN          NA           NA
12        NA         NA       NaN          NA           NA
13        NA         NA       NaN          NA           NA
14        NA         NA       NaN          NA           NA
15        NA         NA       NaN          NA           NA

$permut.stepwise.qda$best.p
[1] 1

$permut.stepwise.qda$best.error
[1] 0.2307692

$permut.stepwise.qda$best.pda
$permut.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$permut.stepwise.qda$best.pda$posterior
             CTL          MET        PHO
  [1,] 0.6179138 0.1928732398 0.18921297
  [2,] 0.6860261 0.1891119715 0.12486189
  [3,] 0.8088103 0.1240180805 0.06717161
  [4,] 0.7923681 0.1504169927 0.05721492
  [5,] 0.8098990 0.1277081228 0.06239285
  [6,] 0.7961367 0.1463185923 0.05754476
  [7,] 0.8098091 0.1264958863 0.06369504
  [8,] 0.5461041 0.1961904525 0.25770544
  [9,] 0.8023703 0.1413107585 0.05631896
 [10,] 0.7751333 0.1615368891 0.06332984
 [11,] 0.7934532 0.1495567117 0.05699012
 [12,] 0.5801608 0.1950825206 0.22475666
 [13,] 0.8051083 0.1380917571 0.05679991
 [14,] 0.8085456 0.1327173478 0.05873707
 [15,] 0.7874662 0.1540289311 0.05850490
 [16,] 0.7809267 0.1582577018 0.06081556
 [17,] 0.8015590 0.1421770691 0.05626391
 [18,] 0.8082447 0.1333187573 0.05843655
 [19,] 0.8093361 0.1249411491 0.06572271
 [20,] 0.7817513 0.1554735951 0.06277515
 [21,] 0.8089038 0.1319248910 0.05917133
 [22,] 0.8006081 0.1431540084 0.05623789
 [23,] 0.7329247 0.1769221826 0.09015313
 [24,] 0.7601858 0.1646120969 0.07520212
 [25,] 0.8088617 0.1320233337 0.05911492
 [26,] 0.8011413 0.1426110113 0.05624768
 [27,] 0.7851546 0.1555941764 0.05925125
 [28,] 0.8057037 0.1213772307 0.07291911
 [29,] 0.5897748 0.1946214113 0.21560382
 [30,] 0.7924952 0.1534907479 0.05401408
 [31,] 0.7756809 0.1612437446 0.06307537
 [32,] 0.7885136 0.1532920593 0.05819432
 [33,] 0.7868587 0.1544482187 0.05869307
 [34,] 0.7611919 0.1679971368 0.07081101
 [35,] 0.7819286 0.1553777830 0.06269358
 [36,] 0.7555995 0.1658402910 0.07856024
 [37,] 0.7836701 0.1592911956 0.05703866
 [38,] 0.8028606 0.1407706281 0.05636878
 [39,] 0.7727089 0.1627953981 0.06449572
 [40,] 0.4787173 0.1960875170 0.32519514
 [41,] 0.7676668 0.1620184565 0.07031471
 [42,] 0.8096628 0.1296203879 0.06071684
 [43,] 0.7345416 0.1765153196 0.08894312
 [44,] 0.8148270 0.1281786646 0.05699437
 [45,] 0.8124864 0.1308474942 0.05666613
 [46,] 0.7905404 0.1548583289 0.05460131
 [47,] 0.7570570 0.1695961750 0.07334687
 [48,] 0.5202444 0.0001459129 0.47960964
 [49,] 0.7692070 0.1645060823 0.06628694
 [50,] 0.8093354 0.1406524723 0.05001213
 [51,] 0.7146886 0.1809348866 0.10437653
 [52,] 0.8153471 0.1275746942 0.05707818
 [53,] 0.7698029 0.1642235434 0.06597360
 [54,] 0.7048038 0.1827577604 0.11243840
 [55,] 0.7665653 0.1657185710 0.06771615
 [56,] 0.6568024 0.1893726989 0.15382486
 [57,] 0.7764043 0.1608513129 0.06274437
 [58,] 0.8013512 0.1423939835 0.05625486
 [59,] 0.7920367 0.1492590367 0.05870426
 [60,] 0.8032433 0.1403393913 0.05641726
 [61,] 0.7074869 0.1822831977 0.11022986
 [62,] 0.7847006 0.1538334038 0.06146602
 [63,] 0.7488010 0.1724455041 0.07875345
 [64,] 0.7859353 0.1550746061 0.05899008
 [65,] 0.7938533 0.1492333019 0.05691344
 [66,] 0.8098972 0.1274439021 0.06265892
 [67,] 0.8088612 0.1240931581 0.06704559
 [68,] 0.8015590 0.1421770691 0.05626391
 [69,] 0.7289034 0.1778937332 0.09320285
 [70,] 0.7943809 0.1488014736 0.05681762
 [71,] 0.7586102 0.1709854016 0.07040440
 [72,] 0.7971320 0.1455540450 0.05731393
 [73,] 0.7788774 0.1594638363 0.06165875
 [74,] 0.7539158 0.1707307319 0.07535351
 [75,] 0.8043395 0.1390512501 0.05660927
 [76,] 0.7954161 0.1479359457 0.05664797
 [77,] 0.7832386 0.1568317144 0.05992964
 [78,] 0.8044272 0.1389443347 0.05662846
 [79,] 0.7951598 0.1481525413 0.05668763
 [80,] 0.7753163 0.1614392869 0.06324442
 [81,] 0.6941198 0.2000743676 0.10580588
 [82,] 0.8093446 0.1307581531 0.05989725
 [83,] 0.8105800 0.1329546236 0.05646538
 [84,] 0.7941179 0.1490174724 0.05686461
 [85,] 0.7350754 0.1660034482 0.09892112
 [86,] 0.7996180 0.1441325097 0.05624951
 [87,] 0.8041623 0.1392652937 0.05657237
 [88,] 0.7941136 0.1478094832 0.05807687
 [89,] 0.7485357 0.1725303274 0.07893401
 [90,] 0.7740248 0.1621201267 0.06385505
 [91,] 0.7412791 0.1747083053 0.08401255
 [92,] 0.7616369 0.1678173659 0.07054572
 [93,] 0.7495915 0.1721905297 0.07821800
 [94,] 0.7842041 0.1562146464 0.05958127
 [95,] 0.7655225 0.1661798231 0.06829768
 [96,] 0.7853115 0.1554904423 0.05919802
 [97,] 0.8078091 0.1228648894 0.06932600
 [98,] 0.7461032 0.1732900678 0.08060672
 [99,] 0.7995056 0.1442412883 0.05625311
[100,] 0.8002824 0.1434800480 0.05623760
[101,] 0.7598398 0.1685338959 0.07162627
[102,] 0.8254150 0.1310313135 0.04355373
[103,] 0.7618584 0.1677273195 0.07041427
[104,] 0.7633900 0.1670939614 0.06951605

$permut.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL MET MET
 [37] PHO CTL CTL CTL MET CTL CTL MET MET PHO CTL MET CTL PHO CTL MET CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO MET
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL MET CTL MET CTL CTL MET CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$permut.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$permut.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  80  16   8
   MET   0   0   0
   PHO   0   0   0
attr(,"error")
[1] 0.2307692



$permut.pc.stepwise.qda
$permut.pc.stepwise.qda$confusion.table
        error CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET
1   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
2   0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
3   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
4   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
5   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
6   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
7   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
8   0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
9   0.2307692      78       2       0      14       2       0       8       0
10  0.2500000      78       0       2      16       0       0       7       1
11  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
12  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
13  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
14  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
15  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
16  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
17  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
18  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
19  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
20  0.2307692      78       2       0      14       2       0       8       0
21  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
22  0.2115385      78       2       0      12       3       1       6       1
23  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
24  0.2500000      78       0       2      16       0       0       8       0
25  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
26  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
27  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
28  0.2307692      78       1       1      15       1       0       7       0
29  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
30  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
31  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
32  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
33  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
34  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
35  0.2307692      76       3       1      15       1       0       5       0
36  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
37  0.2115385      80       0       0      16       0       0       6       0
38  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
39  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
40  0.2500000      78       0       2      14       0       2       7       1
41  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
42  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
43  0.2307692      79       0       1      16       0       0       7       0
44  0.2307692      79       0       1      16       0       0       7       0
45  0.2211538      80       0       0      15       1       0       8       0
46  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
47  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
48  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
49  0.2211538      78       2       0      13       3       0       8       0
50  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
51  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
52  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
53  0.2500000      78       2       0      16       0       0       8       0
54  0.2211538      79       1       0      14       2       0       8       0
55  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
56  0.2115385      80       0       0      15       0       1       6       0
57  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
58  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
59  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
60  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
61  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
62  0.2307692      78       2       0      14       2       0       8       0
63  0.2500000      75       3       2      13       3       0       8       0
64  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
65  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
66  0.2211538      80       0       0      16       0       0       7       0
67  0.2307692      79       1       0      15       1       0       8       0
68  0.2307692      79       1       0      16       0       0       7       0
69  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
70  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
71  0.2403846      78       2       0      15       1       0       8       0
72  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
73  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
74  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
75  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
76  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
77  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
78  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
79  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
80  0.2307692      77       2       1      11       3       2       5       3
81  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
82  0.2307692      80       0       0      15       0       1       8       0
83  0.2115385      78       2       0      12       4       0       8       0
84  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
85  0.2500000      78       0       2      16       0       0       8       0
86  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
87  0.2403846      79       0       1      15       0       1       8       0
88  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
89  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
90  0.2403846      79       0       1      16       0       0       8       0
91  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
92  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
93  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
94  0.2403846      79       1       0      16       0       0       8       0
95  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
96  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
97  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
98  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
99  0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
100 0.2307692      80       0       0      16       0       0       8       0
    PHO.PHO
1         0
2         0
3         0
4         0
5         0
6         0
7         0
8         0
9         0
10        0
11        0
12        0
13        0
14        0
15        0
16        0
17        0
18        0
19        0
20        0
21        0
22        1
23        0
24        0
25        0
26        0
27        0
28        1
29        0
30        0
31        0
32        0
33        0
34        0
35        3
36        0
37        2
38        0
39        0
40        0
41        0
42        0
43        1
44        1
45        0
46        0
47        0
48        0
49        0
50        0
51        0
52        0
53        0
54        0
55        0
56        2
57        0
58        0
59        0
60        0
61        0
62        0
63        0
64        0
65        0
66        1
67        0
68        1
69        0
70        0
71        0
72        0
73        0
74        0
75        0
76        0
77        0
78        0
79        0
80        0
81        0
82        0
83        0
84        0
85        0
86        0
87        0
88        0
89        0
90        0
91        0
92        0
93        0
94        0
95        0
96        0
97        0
98        0
99        0
100       0

$permut.pc.stepwise.qda$errors
    permut.1  permut.2  permut.3  permut.4  permut.5  permut.6  permut.7
1  0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2403846 0.2788462 0.2596154 0.2596154 0.2596154 0.2596154 0.2403846
3  0.2403846 0.2596154 0.2788462 0.2596154 0.2596154 0.2500000 0.2596154
4  0.2692308 0.2692308 0.2596154 0.3076923 0.2788462 0.3173077 0.2692308
5  0.2788462 0.2788462 0.2980769 0.3076923 0.2980769 0.3846154 0.2884615
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
    permut.8  permut.9 permut.10 permut.11 permut.12 permut.13 permut.14
1  0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2403846 0.2692308 0.2500000 0.2500000 0.2500000 0.2596154
3  0.2692308 0.2596154 0.2980769 0.2596154 0.2692308 0.2596154 0.2692308
4  0.2884615 0.2596154 0.3173077 0.2596154 0.2980769 0.2884615 0.2788462
5  0.3557692 0.2884615 0.3365385 0.2884615 0.3173077 0.2980769 0.2596154
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.15 permut.16 permut.17 permut.18 permut.19 permut.20 permut.21
1  0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692
2  0.2692308 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2692308
3  0.2692308 0.2692308 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2884615
4  0.2596154 0.2692308 0.2788462 0.2980769 0.2596154 0.2788462 0.2884615
5  0.2692308 0.2692308 0.2788462 0.3557692 0.3365385 0.3173077 0.2788462
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.22 permut.23 permut.24 permut.25 permut.26 permut.27 permut.28
1  0.2500000 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846
2  0.2500000 0.2307692 0.2692308 0.2307692 0.2596154 0.2500000 0.2403846
3  0.2115385 0.2307692 0.2788462 0.2403846 0.2788462 0.2596154 0.2307692
4  0.2596154 0.2596154 0.3076923 0.2596154 0.2692308 0.2403846 0.2788462
5  0.2980769 0.2980769 0.2980769 0.2980769 0.2980769 0.2596154 0.2788462
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.29 permut.30 permut.31 permut.32 permut.33 permut.34 permut.35
1  0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2307692
2  0.2596154 0.2692308 0.2403846 0.2307692 0.2596154 0.2884615 0.2307692
3  0.2403846 0.2692308 0.2596154 0.2307692 0.2788462 0.2692308 0.2307692
4  0.2596154 0.2884615 0.2884615 0.2500000 0.2788462 0.2884615 0.2307692
5  0.2788462 0.3076923 0.2692308 0.2788462 0.2596154 0.2500000 0.2788462
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.36 permut.37 permut.38 permut.39 permut.40 permut.41 permut.42
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692
2  0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692
3  0.2500000 0.2115385 0.2500000 0.2403846 0.2500000 0.2211538 0.2403846
4  0.2500000 0.2307692 0.2596154 0.2500000 0.2596154 0.2884615 0.2500000
5  0.3173077 0.2788462 0.2884615 0.3076923 0.2788462 0.3173077 0.2980769
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.43 permut.44 permut.45 permut.46 permut.47 permut.48 permut.49
1  0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2211538
2  0.2307692 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2980769 0.2788462 0.2500000
3  0.2307692 0.2403846 0.2211538 0.2403846 0.3173077 0.2596154 0.2500000
4  0.2307692 0.2500000 0.2788462 0.2500000 0.3076923 0.2692308 0.2788462
5  0.2596154 0.2307692 0.2500000 0.2692308 0.2788462 0.2692308 0.2788462
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.50 permut.51 permut.52 permut.53 permut.54 permut.55 permut.56
1  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2211538 0.2307692 0.2307692
2  0.2500000 0.2596154 0.2403846 0.2596154 0.2403846 0.2596154 0.2115385
3  0.2500000 0.2692308 0.2403846 0.2596154 0.2596154 0.2692308 0.2307692
4  0.2788462 0.3076923 0.2980769 0.2692308 0.2692308 0.2884615 0.2403846
5  0.2980769 0.2980769 0.2980769 0.2980769 0.2692308 0.3076923 0.2788462
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.57 permut.58 permut.59 permut.60 permut.61 permut.62 permut.63
1  0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2403846 0.2500000
2  0.2884615 0.2596154 0.2500000 0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2692308
3  0.2788462 0.2884615 0.2692308 0.2403846 0.2596154 0.2307692 0.2788462
4  0.3076923 0.2884615 0.3173077 0.2692308 0.2788462 0.2500000 0.2500000
5  0.3173077 0.3173077 0.3173077 0.2884615 0.2980769 0.2788462 0.2596154
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.64 permut.65 permut.66 permut.67 permut.68 permut.69 permut.70
1  0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2307692
2  0.2596154 0.2596154 0.2211538 0.2307692 0.2596154 0.2596154 0.2307692
3  0.2500000 0.2980769 0.2500000 0.2596154 0.2307692 0.2500000 0.2500000
4  0.2596154 0.3557692 0.2596154 0.2403846 0.2500000 0.2692308 0.2692308
5  0.2980769 0.3846154 0.2788462 0.2596154 0.2884615 0.2788462 0.2692308
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.71 permut.72 permut.73 permut.74 permut.75 permut.76 permut.77
1  0.2403846 0.2403846 0.2403846 0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2403846
2  0.2788462 0.2596154 0.2500000 0.2596154 0.2596154 0.2692308 0.2596154
3  0.2884615 0.2788462 0.2500000 0.2692308 0.2500000 0.2788462 0.2692308
4  0.3076923 0.2788462 0.2692308 0.2884615 0.2692308 0.3173077 0.2980769
5  0.2596154 0.2596154 0.2980769 0.2884615 0.3076923 0.3076923 0.2980769
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.78 permut.79 permut.80 permut.81 permut.82 permut.83 permut.84
1  0.2307692 0.2403846 0.2500000 0.2403846 0.2307692 0.2500000 0.2403846
2  0.2307692 0.2307692 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.3076923
3  0.2500000 0.2500000 0.2403846 0.2596154 0.2307692 0.2115385 0.2980769
4  0.2403846 0.2500000 0.2596154 0.2692308 0.2884615 0.2211538 0.2980769
5  0.2500000 0.2403846 0.2788462 0.2692308 0.3269231 0.2307692 0.2884615
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.85 permut.86 permut.87 permut.88 permut.89 permut.90 permut.91
1  0.2500000 0.2307692 0.2500000 0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692
2  0.2500000 0.2403846 0.2403846 0.2500000 0.2307692 0.2403846 0.2307692
3  0.2500000 0.2596154 0.2596154 0.2980769 0.2500000 0.2596154 0.2403846
4  0.2692308 0.2596154 0.2980769 0.3173077 0.2596154 0.2596154 0.2692308
5  0.2596154 0.3076923 0.3269231 0.3076923 0.2788462 0.2596154 0.2884615
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.92 permut.93 permut.94 permut.95 permut.96 permut.97 permut.98
1  0.2307692 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2403846 0.2307692 0.2307692
2  0.2788462 0.2403846 0.2788462 0.2596154 0.2307692 0.2596154 0.2596154
3  0.2884615 0.2596154 0.2788462 0.2596154 0.2788462 0.2596154 0.2884615
4  0.2884615 0.2788462 0.2692308 0.2692308 0.2884615 0.2884615 0.3461538
5  0.2884615 0.2692308 0.2596154 0.2500000 0.2980769 0.3653846 0.3461538
6         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
7         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
8         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
9         NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
10        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
11        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
12        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
13        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
14        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
15        NA        NA        NA        NA        NA        NA        NA
   permut.99 permut.100  err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.2307692  0.2307692 0.2354808 0.007166233 0.0007166233
2  0.2307692  0.2596154 0.2501923 0.017393811 0.0017393811
3  0.2788462  0.2596154 0.2573077 0.020686907 0.0020686907
4  0.2692308  0.2692308 0.2748077 0.024069716 0.0024069716
5  0.2884615  0.2692308 0.2900962 0.029121805 0.0029121805
6         NA         NA       NaN          NA           NA
7         NA         NA       NaN          NA           NA
8         NA         NA       NaN          NA           NA
9         NA         NA       NaN          NA           NA
10        NA         NA       NaN          NA           NA
11        NA         NA       NaN          NA           NA
12        NA         NA       NaN          NA           NA
13        NA         NA       NaN          NA           NA
14        NA         NA       NaN          NA           NA
15        NA         NA       NaN          NA           NA

$permut.pc.stepwise.qda$best.p
[1] 1

$permut.pc.stepwise.qda$best.error
[1] 0.2307692

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda
$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$posterior
             CTL          MET        PHO
  [1,] 0.8532615 6.834131e-02 0.07839714
  [2,] 0.8718805 8.472133e-03 0.11964739
  [3,] 0.7156314 2.052198e-01 0.07914876
  [4,] 0.7069606 2.287990e-01 0.06424033
  [5,] 0.7110017 2.208553e-01 0.06814294
  [6,] 0.7105276 2.225287e-01 0.06694370
  [7,] 0.7121821 2.184476e-01 0.06937027
  [8,] 0.8282876 1.999140e-03 0.16971324
  [9,] 0.7039531 2.304326e-01 0.06561430
 [10,] 0.7968227 1.351396e-01 0.06803778
 [11,] 0.7620077 1.737606e-01 0.06423168
 [12,] 0.9776022 5.225133e-03 0.01717267
 [13,] 0.7215864 2.098656e-01 0.06854805
 [14,] 0.7036491 2.274314e-01 0.06891945
 [15,] 0.7250000 2.121763e-01 0.06282365
 [16,] 0.7296223 1.923482e-01 0.07802949
 [17,] 0.7059774 2.294766e-01 0.06454596
 [18,] 0.7046005 2.251833e-01 0.07021617
 [19,] 0.7037661 2.271229e-01 0.06911099
 [20,] 0.7371271 1.997924e-01 0.06308054
 [21,] 0.7052406 2.238461e-01 0.07091330
 [22,] 0.7082250 2.181890e-01 0.07358602
 [23,] 0.8298536 9.716730e-02 0.07297906
 [24,] 0.8638714 5.399818e-02 0.08213041
 [25,] 0.7206191 1.966006e-01 0.08278027
 [26,] 0.7134677 2.207292e-01 0.06580307
 [27,] 0.7198080 2.173053e-01 0.06288669
 [28,] 0.7369298 1.914728e-01 0.07159741
 [29,] 0.8982410 1.709384e-05 0.10174192
 [30,] 0.7031477 2.292069e-01 0.06764534
 [31,] 0.8768258 3.249084e-02 0.09068336
 [32,] 0.7084496 2.177825e-01 0.07376792
 [33,] 0.7245761 2.126001e-01 0.06282380
 [34,] 0.7040622 2.263946e-01 0.06954323
 [35,] 0.7265388 2.152569e-01 0.05820429
 [36,] 0.7668028 1.682357e-01 0.06496145
 [37,] 0.7033974 2.303513e-01 0.06625133
 [38,] 0.7109431 2.133529e-01 0.07570399
 [39,] 0.8019179 1.302163e-01 0.06786583
 [40,] 0.8785795 2.815344e-02 0.09326705
 [41,] 0.7680709 1.668600e-01 0.06506918
 [42,] 0.7320919 1.761260e-01 0.09178204
 [43,] 0.8788283 1.441093e-02 0.10676073
 [44,] 0.7215964 2.151068e-01 0.06329683
 [45,] 0.7059466 2.294965e-01 0.06455692
 [46,] 0.7146933 2.221812e-01 0.06312544
 [47,] 0.7103036 2.261199e-01 0.06357654
 [48,] 0.7085063 2.981741e-04 0.29119555
 [49,] 0.7697856 1.649964e-01 0.06521798
 [50,] 0.7074113 2.284659e-01 0.06412284
 [51,] 0.8769152 1.186202e-02 0.11122282
 [52,] 0.7038571 2.304435e-01 0.06569943
 [53,] 0.8515368 7.056591e-02 0.07789727
 [54,] 0.7895306 1.432823e-01 0.06718713
 [55,] 0.7037374 2.304467e-01 0.06581590
 [56,] 0.8751096 3.600811e-02 0.08888230
 [57,] 0.7580551 1.776718e-01 0.06427312
 [58,] 0.7217185 2.154347e-01 0.06284680
 [59,] 0.8729402 5.658665e-02 0.07047315
 [60,] 0.7398610 1.970394e-01 0.06309959
 [61,] 0.8619064 5.676439e-02 0.08132919
 [62,] 0.7069677 2.287939e-01 0.06423839
 [63,] 0.8801365 2.110086e-02 0.09876269
 [64,] 0.7587152 1.769632e-01 0.06432162
 [65,] 0.8138247 1.158521e-01 0.07032318
 [66,] 0.7031220 2.297905e-01 0.06708751
 [67,] 0.7301826 1.796374e-01 0.09018003
 [68,] 0.7200230 1.976348e-01 0.08234226
 [69,] 0.8310859 9.570434e-02 0.07320973
 [70,] 0.7946252 1.376009e-01 0.06777396
 [71,] 0.8030179 1.281638e-01 0.06881823
 [72,] 0.7264542 2.107170e-01 0.06282886
 [73,] 0.7105321 2.226961e-01 0.06677182
 [74,] 0.8280222 9.933354e-02 0.07264421
 [75,] 0.7035722 2.304254e-01 0.06600246
 [76,] 0.7108427 2.135290e-01 0.07562826
 [77,] 0.7361574 2.008245e-01 0.06301804
 [78,] 0.7062253 2.219068e-01 0.07186795
 [79,] 0.7575272 1.782380e-01 0.06423476
 [80,] 0.7120524 2.228554e-01 0.06509225
 [81,] 0.8176512 1.577024e-03 0.18077174
 [82,] 0.7122613 2.110510e-01 0.07668771
 [83,] 0.7083448 2.301167e-01 0.06153855
 [84,] 0.7070433 2.287388e-01 0.06421787
 [85,] 0.8176107 1.114898e-01 0.07089957
 [86,] 0.7156510 2.126713e-01 0.07167771
 [87,] 0.7110545 2.131575e-01 0.07578795
 [88,] 0.7205035 2.161136e-01 0.06338293
 [89,] 0.8620351 5.400161e-03 0.13256470
 [90,] 0.7177997 2.014795e-01 0.08072085
 [91,] 0.8048525 1.317945e-01 0.06335306
 [92,] 0.7201194 2.170019e-01 0.06287868
 [93,] 0.8640145 5.379417e-02 0.08219135
 [94,] 0.7044707 2.302886e-01 0.06524071
 [95,] 0.7343567 2.026586e-01 0.06298473
 [96,] 0.7117908 2.248221e-01 0.06338704
 [97,] 0.7040569 2.264071e-01 0.06953599
 [98,] 0.7424670 1.943525e-01 0.06318049
 [99,] 0.7269039 1.961729e-01 0.07692326
[100,] 0.7268214 2.103471e-01 0.06283151
[101,] 0.7437721 1.928498e-01 0.06337808
[102,] 0.7297928 1.803477e-01 0.08985946
[103,] 0.7699765 1.647887e-01 0.06523476
[104,] 0.7602158 1.753501e-01 0.06443402

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL MET MET MET CTL CTL CTL MET PHO PHO CTL CTL MET CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL
 [37] CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL MET CTL CTL
 [91] PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL MET PHO

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  80  16   8
   MET   0   0   0
   PHO   0   0   0
attr(,"error")
[1] 0.2307692



$max.p
[1] 15

$errors
   stepwise.lda pc.stepwise.lda permut.stepwise.lda permut.pc.stepwise.lda
1    0.14423077      0.13461538           0.2300962              0.2296154
2    0.06730769      0.09615385           0.2294231              0.2282692
3    0.05769231      0.07692308           0.2286538              0.2273077
4    0.05769231      0.07692308           0.2284615              0.2267308
5    0.05769231      0.06730769           0.2277885              0.2264423
6    0.05769231      0.06730769           0.2279808              0.2264423
7    0.06730769      0.07692308           0.2293269              0.2275000
8    0.05769231      0.06730769           0.2313462              0.2299038
9    0.06730769      0.05769231           0.2349038              0.2325962
10   0.06730769      0.06730769           0.2407692              0.2360577
11   0.08653846      0.06730769           0.2467308              0.2430769
12   0.08653846      0.07692308           0.2547115              0.2496154
13   0.08653846      0.07692308           0.2632692              0.2592308
14   0.10576923      0.07692308           0.2734615              0.2728846
15   0.12500000      0.12500000           0.2926923              0.2925000
   stepwise.qda pc.stepwise.qda permut.stepwise.qda permut.pc.stepwise.qda
1    0.14423077      0.13461538           0.2350962              0.2354808
2    0.09615385      0.10576923           0.2450000              0.2501923
3    0.08653846      0.11538462           0.2558654              0.2573077
4    0.10576923      0.11538462           0.2718269              0.2748077
5    0.13461538      0.08653846           0.2874038              0.2900962
6            NA              NA                 NaN                    NaN
7            NA              NA                 NaN                    NaN
8            NA              NA                 NaN                    NaN
9            NA              NA                 NaN                    NaN
10           NA              NA                 NaN                    NaN
11           NA              NA                 NaN                    NaN
12           NA              NA                 NaN                    NaN
13           NA              NA                 NaN                    NaN
14           NA              NA                 NaN                    NaN
15           NA              NA                 NaN                    NaN

$legend.labels
[1] "LDA"                   "LDA with PC"           "LDA, permuted"        
[4] "LDA with PC, permuted" "QDA"                   "QDA with PC"          
[7] "QDA, permuted"         "QDA with PC, permuted"

$confusion.table
                       p      error CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO MET.CTL MET.MET
stepwise.lda           8 0.05769231      79       1       0       4      12
pc.stepwise.lda        9 0.05769231      78       1       1       3      12
permut.stepwise.lda    7 0.23076923      80       0       0      16       0
permut.pc.stepwise.lda 9 0.23076923      80       0       0      16       0
stepwise.qda           3 0.08653846      77       3       0       3      12
pc.stepwise.qda        5 0.08653846      78       2       0       3      13
permut.stepwise.qda    1 0.23076923      80       0       0      16       0
permut.pc.stepwise.qda 1 0.23076923      80       0       0      16       0
                       MET.PHO PHO.CTL PHO.MET PHO.PHO
stepwise.lda                 0       0       1       7
pc.stepwise.lda              1       0       0       8
permut.stepwise.lda          0       8       0       0
permut.pc.stepwise.lda       0       8       0       0
stepwise.qda                 1       0       2       6
pc.stepwise.qda              0       1       3       4
permut.stepwise.qda          0       8       0       0
permut.pc.stepwise.qda       0       8       0       0

$best.errors
[1] 0.05769231

$best.vars
[1] 10  4  7  9  6 12  1  5

$best.method
[1] "stepwise.lda"

$best.pda
$best.pda$max.p
[1] 15

$best.pda$errors
 [1] 0.14423077 0.06730769 0.05769231 0.05769231 0.05769231 0.05769231
 [7] 0.06730769 0.05769231 0.06730769 0.06730769 0.08653846 0.08653846
[13] 0.08653846 0.10576923 0.12500000

$best.pda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.MET CTL.PHO
1     1  0.144230769230769        10        Met4p.1      78       2       0
2     2 0.0673076923076923         4      Pho4p.g.1      77       1       2
3     3 0.0576923076923077         7      Pho4p.t.1      79       1       0
4     4 0.0576923076923077         9      Pho4p.t.3      79       1       0
5     5 0.0576923076923077         6      Pho4p.g.3      79       1       0
6     6 0.0576923076923077        12        Met4p.3      79       1       0
7     7 0.0673076923076923         1        Pho4p.1      78       1       1
8     8 0.0576923076923077         5      Pho4p.g.2      79       1       0
9     9 0.0673076923076923         2        Pho4p.2      79       1       0
10   10 0.0673076923076923         8      Pho4p.t.2      79       1       0
11   11 0.0865384615384616         3        Pho4p.3      77       3       0
12   12 0.0865384615384616        13       Met31p.1      77       3       0
13   13 0.0865384615384616        11        Met4p.2      77       3       0
14   14  0.105769230769231        15       Met31p.3      76       4       0
15   15              0.125        14       Met31p.2      76       4       0
   MET.CTL MET.MET MET.PHO PHO.CTL PHO.MET PHO.PHO
1        5      11       0       7       1       0
2        3      12       1       0       0       8
3        3      12       1       0       1       7
4        3      12       1       0       1       7
5        3      12       1       0       1       7
6        3      12       1       0       1       7
7        3      12       1       0       1       7
8        4      12       0       0       1       7
9        3      12       1       1       1       6
10       3      12       1       1       1       6
11       3      12       1       1       1       6
12       3      12       1       1       1       6
13       4      11       1       1       0       7
14       4      11       1       1       1       6
15       5      10       1       0       3       5

$best.pda$best.pda
$best.pda$best.pda$class
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET MET CTL CTL
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET PHO

$best.pda$best.pda$posterior
                 CTL          MET          PHO
YAL038W 6.485845e-01 7.197842e-03 3.442176e-01
YAR071W 8.669391e-05 2.725851e-04 9.996407e-01
YBL005W 9.997069e-01 2.928372e-04 2.218980e-07
YBL030C 9.995565e-01 4.421859e-04 1.345976e-06
YBR006W 8.854984e-01 1.144988e-01 2.772038e-06
YBR018C 9.997287e-01 2.711163e-04 2.310348e-07
YBR020W 9.996966e-01 3.031410e-04 2.936740e-07
YBR093C 5.410890e-05 2.235619e-05 9.999235e-01
YBR115C 9.997161e-01 2.836370e-04 2.973116e-07
YBR184W 7.172062e-01 2.827866e-01 7.140849e-06
YBR213W 8.491042e-01 1.508920e-01 3.720250e-06
YBR296C 3.779723e-03 1.644659e-04 9.960558e-01
YCL018W 9.987405e-01 1.259482e-03 1.604590e-08
YDL131W 9.948192e-01 5.179832e-03 9.498577e-07
YDL182W 9.983791e-01 1.585121e-03 3.576390e-05
YDL205C 9.999355e-01 6.440503e-05 4.617750e-08
YDL210W 9.962547e-01 3.745122e-03 1.415622e-07
YDR011W 9.963938e-01 3.605408e-03 7.496034e-07
YDR044W 9.997665e-01 2.334864e-04 2.266382e-08
YDR234W 9.879032e-01 1.189760e-02 1.991951e-04
YDR285W 9.954014e-01 4.598647e-03 1.443506e-09
YDR406W 9.995473e-01 4.525858e-04 1.482481e-07
YDR481C 5.184820e-02 3.374805e-03 9.447770e-01
YDR502C 2.167606e-01 7.832212e-01 1.814156e-05
YEL021W 9.994138e-01 5.862126e-04 1.693104e-09
YEL039C 9.973624e-01 2.637487e-03 1.567524e-07
YER026C 9.839413e-01 1.605035e-02 8.357853e-06
YER086W 9.997419e-01 2.581368e-04 5.800830e-11
YER091C 5.495037e-03 9.936889e-01 8.160862e-04
YER179W 9.999305e-01 6.946221e-05 5.718393e-08
YFR030W 4.331586e-03 9.956648e-01 3.631336e-06
YGL009C 9.999324e-01 6.756452e-05 8.801536e-10
YGL073W 6.983026e-01 2.658352e-01 3.586213e-02
YGL213C 8.869827e-01 6.264796e-03 1.067525e-01
YGR019W 9.983877e-01 1.611281e-03 1.011958e-06
YGR044C 9.533645e-01 1.447621e-02 3.215927e-02
YGR088W 9.944458e-01 5.518328e-03 3.584706e-05
YGR121C 9.999302e-01 6.950290e-05 3.243752e-07
YGR157W 9.453365e-01 5.462726e-02 3.624637e-05
YGR233C 2.756421e-03 2.035136e-01 7.937300e-01
YGR281W 9.530765e-01 4.662659e-02 2.969276e-04
YHL022C 9.999154e-01 8.458431e-05 9.442269e-10
YHL036W 8.547090e-02 8.541420e-01 6.038709e-02
YHR007C 9.723819e-01 2.760770e-02 1.043585e-05
YHR008C 9.900811e-01 9.909775e-03 9.118146e-06
YHR014W 9.293562e-01 7.064049e-02 3.344630e-06
YHR037W 9.796719e-01 1.846593e-02 1.862195e-03
YHR136C 7.735280e-04 9.582183e-01 4.100820e-02
YHR153C 9.981235e-01 1.822341e-03 5.411263e-05
YIL015W 9.973592e-01 2.640643e-03 1.215067e-07
YIL046W 4.962090e-01 1.631960e-02 4.874714e-01
YIL072W 9.971123e-01 2.887143e-03 5.685751e-07
YIR017C 6.323042e-02 9.367655e-01 4.073028e-06
YIR034C 9.918465e-01 5.178870e-03 2.974618e-03
YJL106W 9.977286e-01 2.268146e-03 3.279395e-06
YJL117W 8.586749e-03 7.116688e-02 9.202464e-01
YJL153C 9.624660e-01 3.752832e-02 5.667552e-06
YJL219W 9.982442e-01 1.663930e-03 9.182430e-05
YJR010W 1.226447e-03 9.987698e-01 3.706377e-06
YJR048W 9.799524e-01 2.004439e-02 3.214272e-06
YJR073C 8.851067e-01 1.033911e-01 1.150220e-02
YJR094C 9.990483e-01 8.671303e-04 8.452407e-05
YJR137C 1.626587e-01 8.356544e-01 1.686849e-03
YJR152W 8.142141e-01 1.857504e-01 3.546872e-05
YKL001C 8.115281e-04 9.991884e-01 7.041485e-08
YKL182W 9.894224e-01 1.057742e-02 1.686900e-07
YKL216W 9.999085e-01 9.149383e-05 1.279021e-08
YKR039W 9.998937e-01 1.062476e-04 5.972358e-09
YKR069W 5.630103e-03 8.653841e-01 1.289858e-01
YLR081W 1.350050e-01 8.649872e-01 7.765780e-06
YLR142W 8.864662e-01 1.135190e-01 1.489736e-05
YLR180W 9.982144e-01 3.628751e-04 1.422748e-03
YLR263W 9.993136e-01 6.864067e-04 9.158715e-09
YLR303W 1.215269e-02 9.878408e-01 6.516391e-06
YLR329W 9.979915e-01 2.006933e-03 1.533828e-06
YLR420W 9.993615e-01 6.351787e-04 3.281193e-06
YLR438W 9.973180e-01 2.584256e-03 9.772419e-05
YML051W 9.994514e-01 5.485681e-04 1.144484e-08
YML054C 9.787449e-01 1.413732e-02 7.117749e-03
YML075C 9.999712e-01 2.876555e-05 1.608916e-08
YML123C 6.242387e-06 3.024416e-06 9.999907e-01
YMR108W 9.968649e-01 3.135070e-03 3.759475e-09
YMR133W 9.950647e-01 4.935254e-03 5.772137e-09
YNL052W 9.845528e-01 1.544694e-02 2.941059e-07
YNL104C 3.698620e-01 3.603917e-01 2.697462e-01
YNL142W 9.992032e-01 7.967723e-04 2.522533e-09
YNL210W 9.998444e-01 1.556402e-04 9.507763e-09
YNL241C 9.998665e-01 9.181600e-05 4.166097e-05
YNL277W 1.336573e-04 9.998608e-01 5.571249e-06
YNR001C 9.999859e-01 1.400969e-05 1.301664e-07
YNR050C 9.386745e-01 1.070778e-02 5.061773e-02
YOL006C 9.971034e-01 2.892204e-03 4.347275e-06
YOR065W 6.311109e-01 2.567965e-01 1.120926e-01
YOR120W 9.987123e-01 1.287667e-03 3.176622e-08
YOR153W 9.856644e-01 1.428512e-02 5.052762e-05
YOR328W 9.960023e-01 3.994259e-03 3.464827e-06
YOR351C 9.911069e-01 8.892755e-03 3.309851e-07
YOR375C 9.992749e-01 4.150371e-04 3.100741e-04
YPL111W 9.999734e-01 2.654358e-05 4.053461e-08
YPL231W 9.879968e-01 1.107571e-02 9.275229e-04
YPR065W 8.515814e-01 1.484178e-01 8.387433e-07
YPR138C 9.999907e-01 9.291724e-06 9.920877e-10
YPR145W 9.875262e-01 1.241204e-02 6.173470e-05
YPR167C 3.954555e-01 6.045443e-01 1.705508e-07

$best.pda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$best.pda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$best.pda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO MET CTL CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL MET CTL MET CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL MET CTL CTL CTL MET CTL MET CTL CTL CTL MET CTL CTL MET
 [73] CTL MET CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET MET CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL MET
Levels: CTL MET PHO

$best.pda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$best.pda$best.pda$loo
[1] TRUE

$best.pda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$best.pda$best.pda$confusion
      true
object CTL MET PHO
   CTL  79   4   0
   MET   1  12   1
   PHO   0   0   7
attr(,"error")
[1] 0.05769231


$best.pda$best.p
[1] 8

$best.pda$best.vars
[1] 10  4  7  9  6 12  1  5

$best.pda$best.var.names
[1] "Met4p.1"   "Pho4p.g.1" "Pho4p.t.1" "Pho4p.t.3" "Pho4p.g.3" "Met4p.3"  
[7] "Pho4p.1"   "Pho4p.g.2"

$best.pda$best.error
[1] 0.05769231

$best.pda$pc.transform
[1] FALSE

$best.pda$var.order
 [1] 10  4  7  9  6 12  1  5  2  8  3 13 11 15 14


