; convert-matrix  -v -i /Users/jturatsi/research/project/drosophila/data/oreganno_data/matrices_from_oreganno/Dfd.tab -from meme -to tab -return counts,info,margins,parameters,profile,sites -o html_ready/Dfd_parameters.txt
; Input files
;	input	/Users/jturatsi/research/project/drosophila/data/oreganno_data/matrices_from_oreganno/Dfd.tab
; Output files
;	output	html_ready/Dfd_parameters.txt
; pseudo-weight       	1
;
; MATRIX 1/1 : Dfd
;
;
; Matrix type: counts
; Pos	|	1	2	3	4	5	6	7	8
; -----	|--------|-------|-------|-------|-------|-------|-------|-------|
a	|	0	1	14	14	0	1	8	0
c	|	2	0	1	1	0	0	0	5
g	|	2	0	0	0	0	5	5	2
t	|	11	14	0	0	15	9	2	8
; -----	|--------|-------|-------|-------|-------|-------|-------|-------|
; c.sum	|	15	15	15	15	15	15	15	15	120
; c.max	|	11	14	14	14	15	9	8	8	15
; c.min	|	0	0	0	0	0	0	0	0	0
; Profile matrix
;pos	a	c	g	t	|	sum	max_frq	inf_sum	strict	IUPAC	-----------1-----------2
1	0	2	2	11	|	15	 0.73	 0.41	t	t	gtt
2	1	0	0	14	|	15	 0.93	 0.65	t	t	ttttttt
3	14	1	0	0	|	15	 0.93	 0.69	a	a	aaaaaaa
4	14	1	0	0	|	15	 0.93	 0.69	a	a	aaaaaaa
5	0	0	0	15	|	15	 1.00	 0.84	t	t	tttttttttt
6	1	0	5	9	|	15	 0.60	 0.40	g	k	gt
7	8	0	5	2	|	15	 0.53	 0.30	g	r	at
8	0	5	2	8	|	15	 0.53	 0.39	c	y	gt
;
; Matrix type: information
;P	|    1    2    3    4    5    6    7    8
;-	|-----|----|----|----|----|----|----|----|
a	| -0.1 -0.1  0.8  0.8 -0.1 -0.1  0.2 -0.1
c	| -0.0 -0.0 -0.0 -0.0 -0.0 -0.0 -0.0  0.3
g	| -0.0 -0.0 -0.0 -0.0 -0.0  0.3  0.3 -0.0
t	|  0.5  0.8 -0.1 -0.1  0.9  0.3 -0.1  0.2
;-	|-----|----|----|----|----|----|----|----|
; i.sum	|  0.4  0.7  0.7  0.7  0.8  0.4  0.3  0.4  4.4
; i.max	|  0.5  0.8  0.8  0.8  0.9  0.3  0.3  0.3  0.9
; i.min	| -0.1 -0.1 -0.1 -0.1 -0.1 -0.1 -0.1 -0.1 -0.1
; Sites	15
>Dfd_chr3R_2613659_261366
ttaatgac
>Dfd_chr3R_2612949_261296
ttaattac
>Dfd_chr3R_2613587_261359
ttaattgt
>Dfd_chr3R_2613113_261312
ttaatgat
>Dfd_chr3R_2613168_261317
ctaattgc
>Dfd_chr2R_2013990_201400
ttaattat
>Dfd_chr3R_2613355_261336
gtaatggg
>Dfd_chr3R_2612816_261282
ctaatgat
>Dfd_chr3R_2613438_261344
gtaattat
>Dfd_chr3R_2613323_261334
ttaatttc
>Dfd_chr2R_2013965_201397
ttaatagc
>Dfd_chr2R_2014033_201404
ttacttat
>Dfd_chr3R_2613299_261330
ttcattat
>Dfd_chr3R_2613244_261325
taaatggt
>Dfd_chr2R_2013944_201395
ttaatttg
;
; Matrix parameters
;	Columns                      	8
;	Rows                         	4
;	Alphabet                     	a|c|g|t
;	Prior                        	a:0.358|c:0.142|g:0.142|t:0.358
;	program                      	meme
;	matrix.nb                    	1
;	command                      	meme ../data/oreganno_data/processed_data/regulons_for_one_factor/Dfd_factor_binding_sites_sequences.fa -dna -mod zoops -nmotifs 1 -revcomp -minw 6 -maxw 25 -dir /Users/jturatsi
;	sites                        	15
;	meme.llr                     	80
;	meme.E-value                 	3.2e-08
;	pseudo                       	1
;	info.log.base                	2.71828
;	min.prior                    	0.142
;	alphabet.size                	4
;	max.bits                     	2
;	total.information            	4.37186
;	information.per.column       	0.546482
;	max.possible.info.per.col    	1.95193
;	consensus.strict             	ttaatggc
;	consensus.strict.rc          	gccattaa
;	consensus.IUPAC              	ttaatkry
;	consensus.IUPAC.rc           	rymattaa
;	consensus.regexp             	ttaat[gt][ag][ct]
;	consensus.regexp.rc          	[ag][ct][ac]attaa
;	residues.content.crude.freq  	a:0.3167|c:0.0750|g:0.1167|t:0.4917
;	G+C.content.crude.freq       	0.191667
;	residues.content.corrected.freq	a:0.3192|c:0.0792|g:0.1182|t:0.4833
;	G+C.content.corrected.freq   	0.197437
;	min(P(S|M))                  	2.44645e-16
;	max(P(S|M))                  	0.0785862
;	proba_range                  	0.0785862
;	Wmin                         	-22.4
;	Wmax                         	6.9
;	Wrange                       	29.3
; Job started 2007_12_10.132046
; Job done    2007_12_10.132046